Отдел разнообразия и эволюции геномов

Лаборатория сравнительной геномики

Трифонов Владимир Александрович
Заведующий лабораторией
тел: 363-90-62

Сотрудники: 
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Трифонов Владимир Александрович зав. лаб. дбн vladatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Воробьева Надежда Валентиновна снс кбн vornatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Билтуева Лариса Семеновна снс кбн bilaratmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg   Кливер Сергей Федорович нс    
        Фофанов Михаил Викторович мнс    
  scopus_logo.jpg     Побединцева Мария Алексеевна ст. лаб.-иссл.   mapobatmcb [dot] nsc [dot] ru
        Тишакова Катерина Валерьевна ст. лаб.    
        Бишани Али ст. лаб.    
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Андреюшкова Дарья Александровна мнс  совм.   adaatmcb [dot] nsc [dot] ru
        Давлетшина Гузель Ильдаровна мнс  совм.    

Бывшие сотрудники:

Дементьева Полина Владимировна, кбн
Кичигин Илья Геннадьевич
Попова Ксения Олеговна
Сарачаков Александр Евгеньевич

Направления исследований: 
  • Структура добавочных хромосом
  • Хромосомные системы определения пола

 

ПОПУЛЯРНОЕ ИЗЛОЖЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ ИССЛЕДОВАНИЙ И ПУБЛИЧНЫЕ ЛЕКЦИИ:

Обская стерлядь генетически более разнообразна, чем енисейская
Добавочные хромосомы – фабрика для образования новых генов
Эволюционируешь? Удваивайся!
Половые хромосомы ящериц
Как и когда курицы попали на север Европы
Секвенирование ДНК вымершей лошади
Определение пола: хромосомы от X до Z
Скрестить хомяка с уткой не получится
Геномный зоопарк
Исследование осетровых рыб
Рыба мечты… осётр!
Любой вид животных - совокупность решения разных биохимических проблем

gutenberg.jpg Половое размножение. Публичная лекция дбн ВА Трифонова в Просветительском проекте Курилка Гутенберга
you_tube.jpg Полногеномные дупликации и эволюция позвоночных. Публичная лекция дбн ВА Трифонова
you_tube.jpg Мифы и факты об осетровых рыбах. Публичная лекция МА Побединцевой

Публикации: 

  1. Biltueva LS, Prokopov DY, Romanenko SA, Interesova EA, Schartl M, Trifonov VA. Chromosome distribution of highly conserved tandemly arranged repetitive DNAs in the Siberian sturgeon (Acipenser baerii). (doi: 10.3390/genes11111375Genes 11(11): 1375, 2020

  2. Vorobieva NV, Makunin AI, Druzhkova AS, Kusliy MA, Trifonov VA, Popova KO, Polosmak NV, Molodin VI, Vasiliev SK, Shunkov MV, Graphodatsky AS. High genetic diversity of ancient horses from the Ukok Plateau. (doi: 10.1371/journal.pone.0241997PLoS ONE 15(11): e0241997, 2020

  3. Rayko M, Komissarov A, Kwan JC, Lim-Fong G, Rhodes AC, Kliver S, Kuchur P, O’Brien SJ, Lopez JV. Draft genome of Bugula neritina, a colonial animal packing powerful symbionts and potential medicines. (doi: 10.1038/s41597-020-00684-y) Sci Data 7: 356, 2020

  4. Du K, … Prokopov D, Makunin A, Kichigin I, … Trifonov V, … Schartl M. The sterlet sturgeon genome sequence and the mechanisms of segmental rediploidization. (doi: 10.1038/s41559-020-1166-xNat Ecol Evol 4: 841–852, 2020

  5. Martins C, Trifonov V, Houben A. Addressing long-standing questions with advanced approaches: The 4th B chromosome conference. (doi: 10.1159/000506695Cytogenet Genome Res 160: 111-117, 2020 

  6. Lisachov AP, Giovannotti M, Pereira JC, Andreyushkova DA, Romanenko SA, Ferguson-Smith MA, Borodin PM, Trifonov VA. Chromosome painting does not support a sex chromosome turnover in Lacerta agilis Linnaeus, 1758. (doi: 10.1159/000506321Cytogenet Genome Res 160: 134-140, 2020

  7. Билтуева ЛС, Перельман ПЛ, Проскурякова АА, Лемская НА, Сердюкова НА, Графодатский АС. Хромосомы индийского мунтжака (Muntiacus muntjak). Возвращение. (doi: 10.31857/S0041377120050016) Цитология 62(5): 316–321, 2020

  8. Romanenko SA, Smorkatcheva AV, Kovalskaya YM, Prokopov DY, Lemskaya NA, Gladkikh OL, Polikarpov IA, Serdyukova NA, Trifonov VA, Molodtseva AS, O’Brien PCM, Golenishchev FN, Ferguson-Smith MA, Graphodatsky AS. Complex structure of Lasiopodomys mandarinus vinogradovi sex chromosomes, sex determination, and intraspecific autosomal polymorphism.(doi: 10.3390/genes11040374Genes 11(4): 374, 2020

  9. Графодатский АС, Трифонов ВА. Родиться баобабом. Наука из первых рук 85(5/6): 16-31, 2019

  10. Tchurikov NA, Kretova OV, Fedoseeva DM, Sosin DV, Grachev SA, Serebraykova MV, Romanenko SA, Vorobieva NV, Kravatsky YuV. DNA double-strand breaks coupled with PARP1 and HNRNPA2B1 binding sites flank coordinately expressed domains in human chromosomes. Chapter 10 in Top 10 Contributions on Genetics. 2nd ed. Avid Science, India. 2019

  11. Beichman AC, Koepfli K-P, Li G, Murphy W, Dobrynin P, Kliver S, Tinker MT, Murray MJ, Johnson J, Lindblad-Toh K, Karlsson EK, Lohmueller KE, Wayne RK. Aquatic adaptation and depleted diversity: A deep dive into the genomes of the sea otter and giant otter. (doi: 10.1093/molbev/msz101) Mol Biol Evol, msz101, 2019 

  12. Lind AL,... Kichigin IG, Makunin AI,... Trifonov VA,... Bruneau BG. Genome of the Komodo dragon reveals adaptations in the cardiovascular and chemosensory systems of monitor lizards. (doi: 10.1038/s41559-019-0945-8Nature Ecol Evol 3 (8): 1241-1252, 2019

  13. Lisachov AP, Makunin AI, Giovannotti M, Pereira JC, Druzhkova AS, Barucchi VC, Ferguson-Smith MA, Trifonov VA. Genetic content of the neo-sex chromosomes in Ctenonotus and Norops (Squamata, Dactyloidae) and degeneration of the Y chromosome as revealed by high-throughput sequencing of individual chromosomes. (doi: 10.1159/000497091Cytogenet Genome Res 157(1-2): 115-122, 2019

  14. Chavez DE, Gronau I, Hains T, Kliver S, Koepfli K-P, Wayne RK. Comparative genomics provides new insights into the remarkable adaptations of the African wild dog (Lycaon pictus). (doi: 10.1038/s41598-019-44772-5) Sci Rep 9(1): 8329, 2019

  15. Kosova AA, Kutuzov MM, Evdokimov AN, Ilina ES, Belousova EA, Romanenko SA, Trifonov VA, Khodyreva SN, Lavrik OI. Poly(ADP-ribosyl)ation and DNA repair synthesis in the extracts of naked mole rat, mouse, and human cells. (doi: 10.18632/aging.101959Aging 11(9): 2852-2873, 2019

  16. Lisachov AP, Galkina SA, Saifitdinova AF, Romanenko SA, Andreyushkova DA, Trifonov VA, Borodin PM. Identification of sex chromosomes in Eremias velox (Lacertidae, Reptilia) using lampbrush chromosome analysis. (doi: 10.3897/CompCytogen.v13i2.34116Comp Cytogenet 13(2): 121-132, 2019

  17. Bulatova NS, Biltueva LS, Pavlova SV, Zhdanova NS, Zima J. Chromosomal differentiation in the common shrew and related species. Shrews, Chromosomes and Speciation (eds. Searle J, Polly P, Zima J), 476 p,  Cambridge University Press, Cambridge, UK, 2019, pp. 134-185 (doi: 10.1017/9780511895531.006)

  18. Houben A, Jones N, Martins C, Trifonov V. Evolution, composition and regulation of supernumerary B chromosomes. (doi: 10.3390/genes10020161) Genes 10(2): 161, 2019

  19. Barby FF, Bertollo LAC, Oliveira EA, Yano CF, Hatanaka T, Rab P, Sember A, Ezaz T, Artoni RF, Liehr T, Al-Rikabi AB, Trifonov VA, Oliveira EHC, Molina WF, Jegede OI, Tanomtong A, Cioffi MB. Emerging patterns of genome organization in Notopteridae species (Teleostei, Osteoglossiformes) as revealed by Zoo-FISH and Comparative Genomic Hybridization (CGH). (doi: 10.1038/s41598-019-38617-4) Sci Reports 9: 1112, 2019

  20. Kichigin IG, Lisachov AP, Giovannotti M, Makunin AI, Kabilov MR, O’Brien PCM, Ferguson-Smith MF, Graphodatsky AS, Trifonov VA. First report on B chromosome content in a reptilian species: the case of Anolis carolinensis. (doi: 10.1007/s00438-018-1483-9Mol Genet Genomics 294(1): 13-21, 2019 

  21. Pobedintseva MA, Makunin AI, Kichigin IG, Kulemzina AI, Serdyukova NA, Romanenko SA, Vorobieva NV, Interesova EA, Korentovich MA, Zaytsev VF, Mischenko AV, Zadelenov VA, Yurchenko AA, Sherbakov DYu, Graphodatsky AS, Trifonov VA. Population genetic structure and phylogeography of sterlet (Acipenser ruthenus, Acipenseridae) in the Ob and Yenisei river basins. (doi: 10.1080/24701394.2018.1467409Mitochondrial DNA Part A 30(1): 156-164, 2019

Публикации за предыдущие годы

Финансирование: 

Программа фундаментальных научных исследований

0310-2019-0002 (АААА-А20-120031190005-4) Изучение разнообразия геномов человека и животных. Графодатский АС

Гранты РНФ

18-44-04007 Полиплоидная организация геномов и эволюция осетровых (Acipenseridae). Трифонов ВА

Гранты РФФИ

19-54-26017 Сравнительные и геномные аспекты кариотипической эволюции рептилий. Трифонов ВА

20-04-00213 (АААА-А20-120013190042-5) Палеогеномика плейстоценовой фауны Сибири. Воробьева НВ

Завершенные гранты

Материалы конференций: 

  1. Tishakova K, Prokopov D, Kichigin I, Molodtseva A, Kratochvil L, Lisachov A, Trifonov V. Analysis of sequenced chromosome-specific libraries of gekkonids sheds light to large scale genome reshuffling in reptiles. The Twelfth International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS/SB-2020). Abstracts book. (doi: 10.18699/BGRS/SB-2020-164) Novosibirsk, 2020, p. 260

  2. Popov A, Evdokimov A, Petruseva I, Romanenko S, Trifonov V, Koval O, Lavrik I, Ryabchikova E, Lavrik O. Regulated cell death in Hetherocephalus glaber. The Twelfth International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS/SB-2020). Abstracts book. (doi: 10.18699/BGRS/SB-2020-365) Novosibirsk, 2020, p. 597

  3. Davletshina G, Kliver S, Prokopov D, Interesova E, Trifonov V. Application of ITS1 and ITS2 for population genetic studies of sturgeons (Acipenseridae). The Twelfth International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS/SB-2020). Abstracts book. (doi: 10.18699/BGRS/SB-2020-133) Novosibirsk, 2020, p. 209

  4. Fofanov M, Sheglova T, Trifonov V, Schartl M. Bioinformatic methods applied to the analysis of the genes retained after the whole genome duplication events in the sterlet genome (Acipenser ruthenus). (doi: 10.1109/CSGB51356.2020.9214587) Proceedings - 2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics, pp 53-56

  5. Воробьева НВ, Куслий МА, Дружкова АС, Макунин АИ, Попова КО, Трифонов ВА, Графодатский АС, Васильев СК, Полосьмак НВ, Молодин ВИ. Филогеография древних лошадей из курганов плато Укок. C. 232-235. В кн.: Экология древних и традиционных обществ. Материалы VI Международной научной конференции (ISBN 978-5-89181-072-3) (doi: 10.20874/978-5-89181-072-3). Тюмень: Изд-во ТюмНЦ СО РАН, 2020. Вып 6. 438 с. 

  6. Andreyushkova DA, Lisachov AP, Romanenko SA, Giovannotti M, Pereira JC, Ferguson-Smith MA, Borodin PM, Trifonov VA. Investigation of Lacerta agilis sex chromosomes origin using Lacerta strigata flow-sorted fluorescence probes. International mini-conference "Chromosomes and Mitosis - 2019". Abstracts book (ISBN 978-5-4437-0971-0). Novosibirsk, 2019. p. 21-22

  7. Biltueva LS, Prokopov DYu, Romanenko SA, Schartl Manfred, Trifonov VA. Chromosomal organization and physical mapping of Siberian sturgeon genome (Acipenser baerii). International mini-conference "Chromosomes and Mitosis - 2019". Abstracts book (ISBN 978-5-4437-0971-0). Novosibirsk, 2019. p. 24

  8. Bishani A, Prokopov DYu, Romanenko SA, Druzhkova AS, Interesova EA, Graphodatsky AS, Trifonov VA. Repetitive DNA characterization in cyprinid species with different ploidy level. International mini-conference "Chromosomes and Mitosis - 2019". Abstracts book (ISBN 978-5-4437-0971-0). Novosibirsk, 2019. p. 25

  9. Tishakova KV, Lisachov AP, Galkina SA, Saifitdinova AF, Romanenko SA, Andreyushkova DA, Davletshina GI, Trifonov VA. An autosome-borne gene is extensively amplified in the W chromosome of Eremias velox (Lacertidae, Reptilia). International mini-conference "Chromosomes and Mitosis - 2019". Abstracts book (ISBN 978-5-4437-0971-0). Novosibirsk, 2019. p. 34-35

  10. Андреюшкова ДА, Лисачев АП, Трифонов ВА. Получение хромосомспецифичных библиотек быстрой ящурки, Eremias velox (семейство Настоящие ящерицы). (doi: 10.17116/molgen2019s-tez) Молекулярная генетика, микробиология и вирусология 37(Спецвыпуск): 13, 2019

  11. Побединцева МА, Макунин АИ, Кичигин ИГ, Сердюкова НА, Интересова ЕА, Заделенов ВА, Юрченко АА, Щербаков ДЮ, Графодатский АС, Трифонов ВА. Популяционная генетика осетровых в реках Сибири. (doi: 10.17116/molgen2019s-tez) Молекулярная генетика, микробиология и вирусология 37(Спецвыпуск): 43, 2019

  12. Прокопов ДЮ, Билтуева ЛС, Трифонов ВА. Идентификация и аннотация повторяющейся ДНК в геноме стерляди (Acipenser ruthenus). (doi: 10.17116/molgen2019s-tez) Молекулярная генетика, микробиология и вирусология 37(Спецвыпуск): 56-57, 2019

  13. Трифонов ВА. Параллелизм и конвергенция в эволюции половых хромосом позвоночных. VII съезд ВОГиС. Сборник тезисов. С-Пб: ООО Издательство ВВМ, 2019. ISBN 978-5-9651-1237-1. с. 201

​Материалы конференций за предыдущие годы

Доклады: 

  1. Trifonov VA. Лекция “Evolution of Sex determination”. Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil, 26 July 2019

  2. Trifonov V. Origin and evolution of mammalian B chromosomes. 4th B Chromosome Conference. 20-23 July 2019, Botucatu, Brazil

  3. Трифонов ВА. Параллелизм и конвергенция в эволюции половых хромосом позвоночных. VII съезд ВОГиС, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, 18-22 июня 2019, Санкт-Петербург

  4. Trifonov VA. Polyploidy and genome evolution of ray-finned fishes. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  5. Kichigin IG. Studying anolis and gekkota sex chromosomes by isolated chromosome sequencing. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  6. Trifonov V. Evolutionary sex chromosome translocations in amniotes. 23rd International Colloquium on Animal Cytogenetics and Genomics, June 9-12, 2018, Saint-Petersburg, Russia

  7. Трифонов ВА. Курс лекций "Фундаментальные и прикладные аспекты сравнительной геномики". Красноярский государственный медицинский университет им. проф. ВФ Войно-Ясенецкого Минздрава России, май 2018

  8. Побединцева МА. Генетическое разнообразие древней и современной стерляди (Acipenser ruthenus) в бассейне Волги. XXV Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых "Ломоносов", 9-13 апреля 2018, Москва

  9. Trivonof V. Whole genome duplications in vertebrate evolution. 11th European Cytogenetics Conference, 1-4 July 2017, Florence, Italy

  10. Трифонов В. Секвенирование и анализ генома и транскриптома стерляди (Acipenser ruthenus). II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике", 18-23 июня 2017, Новосибирск

  11. Андреюшкова Д. Анализ микродиссекционных библиотек хромосом стерляди (Acipenser ruthenus) с использованием данных высокопроизводительного секвенирования. II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике", 18-23 июня 2017, Новосибирск

  12. Побединцева М. Молекулярная филогения гаплогрупп стерляди Acipenser ruthenus и сибирского осетра A. baerii, основанная на анализе полных митохондриальных геномов. II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике", 18-23 июня 2017, Новосибирск

  13. Трифонов ВА. Сравнительная геномика осетровых: эволюционный и прикладной аспекты. Международная конференция "Водные экосистемы Сибири и перспективы их использования", 22-24 ноября 2016, Томск

  14. Побединцева МА. Генетическое разнообразие осетровых (Acipenseridae) в Обь- Иртышском бассейне. Международная конференция "Водные экосистемы Сибири и перспективы их использования", 22-24 ноября 2016, Томск

  15. Trifonov V. Evolutionary plasticity of sturgeon genomes. 21st International Chromosome Conference. 10-13 July 2016, Foz do Iguaçu, Brazil

Доклады за предыдущие годы

Международное сотрудничество: 

  • Cambridge Resource Centre for Comparative Genomics, University of Cambridge, UK
    Эволюция кариотипов и половых хромосом рептилий

  • National Cancer Institute at Frederick, MD, USA
    Сравнительная геномика млекопитающих

  • Cornell University, Ithaca, NY, USA
    Сравнительная геномика

  • University of North Carolina at Chapel Hill, NC, USA
    Сравнительная геномика

  • Institut für Humangenetik, Jena, Germany
    Сравнительная геномика

  • Muséum national d'histoire naturelle, Paris, France
    Сравнительная геномика

  • Università degli Studi di Firenze, Florence, Italy
    Сравнительная геномика

  • Università Politécnica delle Marche, Ancona, Italy
    Исследование половых хромосом

  • Kunming Institute of Zoology, China
    Сравнительная геномика

  • Zhejiang Ocean University, China
    Исследование половых хромосом

  • Universidade de São Paulo, Câmpus de Rio Claro, Brasil
    Цитогенетика неотропических рыб

  • Julius-Maximilians-Universität Würzburg, Germany
    Организация геномов и эволюция осетровых

  • Institute for Biological Research "Siniša Stanković", Belgrade, Serbia
    Исследование добавочных хромосом

  • Universidade Estadual Paulista, São Paulo, Brazil
    Сравнительная геномика

Награды: 

Звание “Лучший аспирант РАН”

Дементьева ПВ (2011)

Медаль и премия Европейской академии (Academia Europaea) для молодых ученых

Трифонов ВА (2008)

Премия СО РАН для молодых ученых им. ДК Беляева

Трифонов ВА (2007)

Премия РАН для молодых ученых им. ВЕ Соколова

Трифонов ВА (2005)

Памятный знак "За труд на благо города"

Воробьева НВ (2013, 2018)