Отдел разнообразия и эволюции геномов

Лаборатория сравнительной геномики

Трифонов Владимир Александрович
Заведующий лабораторией
тел: 363-90-62

Сотрудники: 
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Трифонов Владимир Александрович зав. лаб. дбн vladatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Билтуева Лариса Семеновна снс кбн bilaratmcb [dot] nsc [dot] ru
  scopus_logo.jpg     Побединцева Мария Алексеевна нс кбн mapobatmcb [dot] nsc [dot] ru
  scopus_logo.jpg     Тотиков Азамат Альбертович мнс    
  scopus_logo.jpg     Томаровский Андрей Александрович мнс    
  scopus_logo.jpg     Уткин Ярослав Александрович ст. лаб.-иссл.    
        Лисачева Лада Сергеевна ст. лаб.-иссл.    
        Модина Светлана Андреевна ст. лаб.    
        Яковлев Артём Владимирович ст. лаб.    
        Власов Евгений Вячеславович ст. лаб.-иссл. совм.    

Бывшие сотрудники:

Андреюшкова Дарья Александровна
Бишани Али
Воробьева Надежда Валентиновна, кбн
Дементьева Полина Владимировна, кбн
Кичигин Илья Геннадьевич
Кливер Сергей Федорович, кбн
Попова Ксения Олеговна
Румянцев Александр Васильевич
Сарачаков Александр Евгеньевич
Тишакова Катерина Валерьевна

Направления исследований: 
  • Структура добавочных хромосом
  • Хромосомные системы определения пола
IMCB_DNA_Zoo.JPG

Сотрудники лаборатории составляют филиал международного консорциума DNA Zoo – DNA Zoo Novosibirsk. Задача консорциума - это сборка и исследование трехмерной организации геномов млекопитающих, птиц, рептилий и беспозвоночных

 

ОБ ИССЛЕДОВАНИЯХ:

Обская стерлядь генетически более разнообразна, чем енисейская
Добавочные хромосомы – фабрика для образования новых генов
Эволюционируешь? Удваивайся!
Половые хромосомы ящериц
Как и когда курицы попали на север Европы
Секвенирование ДНК вымершей лошади
Определение пола: хромосомы от X до Z
Скрестить хомяка с уткой не получится
Геномный зоопарк
Исследование осетровых рыб
Рыба мечты… осётр!
Любой вид животных - совокупность решения разных биохимических проблем

gutenberg.jpg Половое размножение. Публичная лекция дбн ВА Трифонова в Просветительском проекте Курилка Гутенберга
you_tube.jpg Полногеномные дупликации и эволюция позвоночных. Публичная лекция дбн ВА Трифонова
you_tube.jpg Мифы и факты об осетровых рыбах. Публичная лекция МА Побединцевой

Публикации: 

  1. Romanenko SA, Malikov VG, Mahmoudi A, Golenishchev FN, Lemskaya NA, Pereira JC, Trifonov VA, Serdyukova NA, Ferguson-Smith MA, Aliabadian  Mansour, Graphodatsky AS. New data on comparative cytogenetics of the mouse-like hamsters (Calomyscus Thomas, 1905) from Iran and Turkmenistan. In: The Stability and Evolution of Genes and Genomes (eds. Viggiano L, Marsano RM), MDPI, Basel, Switzerland, 2024, pp 56-72 (doi: 10.3390/books978-3-0365-9802-4)

  2. Kononova Y, Adamenko L, Kazachkova E, Solomatina M, Romanenko S, Proskuryakova A, Utkin Y, Gulyaeva M, Spirina A, Kazachinskaia E, Palyanova N, Mishchenko O, Chepurnov A, Shestopalov A. Features of SARS-CoV-2 replication in various types of reptilian and fish cell cultures. (doi: 10.3390/v15122350) Viruses 15(12): 2350, 2023

  3. Romanenko SA, Kliver SF, Serdyukova NA, Perelman PL, Trifonov VA, Seluanov A, Gorbunova V, Azpurua J, Pereira JC, Ferguson-Smith MA, Graphodatsky AS. Integration of fluorescence in situ hybridization and chromosome-length genome assemblies revealed synteny map for guinea pig, naked mole-rat, and human. (doi: 10.1038/s41598-023-46595-x) Sci Rep 13: 21055, 2023

  4. Lisachov A, Tishakova K, Romanenko S, Lisachova L, Davletshina G, Prokopov D, Kratochvíl L, O'Brien P, Ferguson-Smith M, Borodin P, Trifonov V. Robertsonian fusion triggers recombination suppression on sex chromosomes in Coleonyx geckos. (doi: 10.1038/s41598-023-39937-2) Sci Rep 13: 15502, 2023

  5. Kliver S, Houck ML, Perelman PL, Totikov A, Tomarovsky A, Dudchenko O, Omer AD, Colaric Z, Weisz D, Aiden EL, Chan S, Hastie A, Komissarov A, Ryder OA, Graphodatsky A, Johnson WE, Maldonado JE, Pukazhenthi BS, Marinari PE, Wildt DE, Koepfli K-P. Chromosome-length genome assembly and karyotype of the endangered black-footed ferret (Mustela nigripes). (doi: 10.1093/jhered/esad035) J Heredity 114(5): 539-548, 2023

  6. Kusliy MA, Yurlova AA, Neumestova AI, Vorobieva NV, Gutorova NV, Molodtseva AS, Trifonov VA, Popova KO, Polosmak NV, Molodin VI, Vasiliev SK, Semibratov VP, Iderkhangai T-O, Kovalev AA, Erdenebaatar D, Graphodatsky AS, Tishkin AA. Genetic history of the Altai breed horses: from ancient times to modernity. (doi: 10.3390/genes14081523Genes 14(8): 1523, 2023

  7. Biltueva LS, Vorobieva NV, Lemskya NA, Perelman PL, Trifonov VA, Panov VV, Abramov AV, Kawada S-i, Serdukova NA, Graphodatsky AS. Chromosomal evolution of the Talpinae. (doi: 10.3390/genes14071472Genes 14(7): 1472, 2023

  8. Томаровский АА, Тотиков АА, Якупова АР, Графодатский АС, Кливер СФ. Обзор способов визуализации гетерозиготности в контексте природоохранных исследований. (doi: 10.17816/ecogen609552) Экологическая генетика 21(4): 383-400, 2023

  9. Тотиков АА, Томаровский АА, Якупова АР, Графодатский АС, Кливер СФ. Обзор методов реконструкции демографической истории популяций в природоохранной биологии. (doi: 10.17816/ecogen120078) Экологическая генетика 21(1): 85-102, 2023

  10. Yakupova A, Tomarovsky A, Totikov A, Beklemisheva V, Logacheva M, Perelman PL, Komissarov A, Dobrynin P, Krasheninnikova K, Tamazian G, Serdyukova NA, Rayko M, Bulyonkova T, Cherkasov N, Pylev V, Peterfeld V, Penin A, Balanovska E, Lapidus A, Consortium DZ, O'Brien SJ, Graphodatsky A, Koepfli K-P, Kliver S. Chromosome-length assembly of the Baikal seal (Pusa sibirica) genome reveals a historically large population prior to isolation in lake Baikal. (doi: 10.3390/genes14030619Genes 14(3): 619, 2023

  11. Beklemisheva VR, Lemskaya NA, Prokopov DY, Perelman PL, Romanenko SA, Proskuryakova AA, Serdyukova NA, Utkin YA, Nie W, Ferguson-Smith MA, Fentang Y, Graphodatsky AS. Maps of constitutive-heterochromatin distribution for four martes species (Mustelidae, Carnivora, Mammalia) show the formative role of macrosatellite repeats in interspecific variation of chromosome structure. (doi: 10.3390/genes14020489) Genes 14(2): 489, 2023

  12. Lisachov A, Rumyantsev A, Prokopov D, Ferguson-Smith M, Trifonov V. Conservation of major satellite DNAs in snake heterochromatin. (doi: 10.3390/ani13030334) Animals 13(3): 334, 2023

  13. Dumas F, Perelman PL, Biltueva L, Roelke M. Retrotransposon mapping in spider monkey genomes of the family Atelidae (Platyrrhini, Primates) shows a high level of LINE-1 amplification. (doi: 10.4081/jbr.2022.10725J Biol Res 95(2): 10725, 2022

  14. Interesova EA, Babkina IB, Romanov VI, Pozdnyak IV, Davletshina GI, Trifonov VA. New data on small lampreys of the genus Lethenteron (Petromyzontidae) of the Tom river, a typical habitat of the Siberian brook lamprey Lethenteron kessleri. (doi: 10.1134/S003294522206011X) J Ichthyol 62(7): 1230-1236, 2022

  15. Karamysheva TV, Gayner TA, Elisaphenko EA, Trifonov VA, Zakirova EG, Orishchenko KE, Prokhorovich MA, Lopatkina ME, Skryabin NA, Lebedev IN, Rubtsov NB. The Precise breakpoint mapping in paracentric inversion 10q22.2q23.3 by comprehensive cytogenomic analysis, multicolor banding, and single-copy chromosome sequencing. (doi.org/10.3390/biomedicines10123255) Biomedicines 10(12): 3255, 2022

  16. Tishakova KV, Prokopov DY, Davletshina GI, Rumyantsev AV, O’Brien PCM, Ferguson-Smith MA, Giovannotti M, Lisachov AP, Trifonov VA. Identification of Iguania ancestral syntenic blocks and putative sex chromosomes in the veiled chameleon (Chamaeleo calyptratus, Chamaeleonidae, Iguania). (doi: 10.3390/ijms232415838Int J Mol Sci 23(24): 15838, 2022

  17. Ochkalova S, Korchagin V, Vergun A, Urin A, Zilov D, Ryakhovsky S, Girnyk A, Martirosyan I, Zhernakova DV, Arakelyan M, Danielyan F, Kliver S, Brukhin V, Komissarov A, Ryskov A. First genome of rock lizard Darevskia valentini involved in formation of several parthenogenetic species. (doi: 10.3390/genes13091569) Genes 13(9): 1569, 2022

  18. Romanenko SA, Prokopov DY, Proskuryakova AA, Davletshina GI, Tupikin AE, Kasai F, Ferguson-Smith MA, Trifonov VA. The cytogenetic map of the Nile crocodile (Crocodylus niloticus, Crocodylidae, Reptilia) with fluorescence in situ localization of major repetitive DNAs. (doi: 10.3390/ijms232113063Int J Mol Sci 23(21): 13063, 2022

  19. Romanenko S, Trifonov V. Chapter 3. Generation of microdissection-derived painting probes from single copy chromosomes. In: Liehr T (ed.) Cytogenetics and Molecular Cytogenetics, CRC Press, Boca Raton, FL, USA, 2022, pp 27-34 (doi: 10.1201/9781003223658)

  20. Milioto V, Perelman PL, Paglia LL, Biltueva L, Roelke M, Dumas F. Mapping retrotransposon LINE-1 sequences into two Cebidae species and Homo sapiens genomes and a short review on primates. (doi: 10.3390/genes13101742) Genes 13(10): 1742, 2022

  21. de Ferran V, ..., Kliver S, Serdyukova N, ..., Eizirik E. Phylogenomics of the world’s otters. (doi: 10.1016/j.cub.2022.06.036Curr Biol 32(16): 3650-3658.e4, 2022

  22. Интересова ЕА, Романов ВИ, Давлетшина ГИ, Федорова ВС, Трифонов ВА. Расширение ареала вьюна Никольского Misgurnus nikolskyi (Cobitidae) на юге Западной Сибири. (doi: 10.35885/1996-1499-15-2-38-42) Российский журнал биологических инвазий 15(2): 38-42, 2022

  23. Derežanin L, Blažytė A, Dobrynin P, Duchêne DA, Grau JH, Jeon S, Kliver S, Koepfli K-P, Meneghini D, Preick M, Tomarovsky A, Totikov A, Fickel J, Förster DW. Multiple types of genomic variation contribute to adaptive traits in the mustelid subfamily Guloninae. (doi: 10.1111/mec.16443Mol Ecol 31(10): 2898-2919, 2022 

  24. Molodtseva AS, Makunin AI, Salomashkina VV, Kichigin IG, Vorobieva NV, Vasiliev SK, Shunkov MV, Tishkin AA, Grushin SP, Anijalg P, Tammeleht E, Keis M, Boeskorov GG, Mamaev N, Okhlopkov IM, Kryukov AP, Lyapunova EA, Kholodova MV, Seryodkin IV, Saarma U, Trifonov VA, Graphodatsky AS. Phylogeography of ancient and modern brown bears from eastern Eurasia. (doi: 10.1093/biolinnean/blac009) Biol J Linn Soc 135(4): 722-733, 2022

  25. Rajičić M, Makunin A, Adnađević T, Trifonov V, Vujošević M, Blagojević J. B chromosomes’ sequences in yellow-necked mice Apodemus flavicollis — exploring the transcription. (doi: 10.3390/life12010050Life 12(1): 50, 2022

Публикации за предыдущие годы

Финансирование: 

Программа фундаментальных научных исследований

FWGZ-2021-0015 (122011800125-7) Изучение разнообразия геномов человека и животных. Графодатский АС

Завершенные гранты

Материалы конференций: 

  1. Romanenko S, Lemskaya N, Kusliy M, Serdyukova N, Modina C, Tishakova K, Proskuryakova A, Trifonov V, Pavlov I, Pavlova N, Plotnikov V, Protopopov A, Perelman P, Graphodatsky A. Mammoth nuclei isolation for Hi-C and molecular cytogenetics. The Plant and Animal Genome Conference, 20-22 September 2023, The Westin Perth, Australia. Abstract #51346

  2. Лемская НА, Беклемишева ВР, Романенко СА, Билтуева ЛС, Проскурякова АА, Павлова СВ, Перельман ПЛ, Графодатский АС. Дифференциальное окрашивание гетерохроматина методом CDAG. Материалы международной конференции "Хромосома 2023". с. 134. Новосибирск, 2023

  3. Лисачева ЛС, Лисачев АП, Романенко СА, Андреюшкова ДА, Давлетшина ГИ, Назаров РА, Трифонов ВА. Эволюция сателлитной ДНК у ящурок (Eremias, Lacertidae). Материалы международной конференции "Хромосома 2023". с. 137. Новосибирск, 2023

  4. Модина СА, Куслий МА, Молодцева АС, Маликов ДГ. Филогеография шерстистого мамонта (Mammuthus primigenius) Восточной Сибири в позднем плейстоцене. Материалы международной конференции "Хромосома 2023". с.145. Новосибирск, 2023

  5. Молодцева АС, Модина СА, Яковлев АВ, Алишер кызы С, Абдыканова А, Чаргынов Т, Шнайдер СА. Видовое определение млекопитающих сопровождающих человека на стоянках в горных районах Центральной Азии. Материалы международной конференции "Хромосома 2023". с. 146-147. Новосибирск, 2023

  6. Томаровский АА, Тотиков АА, Перельман ПЛ, Беклемишева ВР, Сердюкова НА, Бульонкова ТМ, Сидоров М, Мамаев Н, Охлопков И, Мухачева А, Коняева К, Абрамов АВ, Графодатский АС, Кливер СФ. Оценка уровня гетерозиготности соболя (Martes zibellina), лесной куницы (Martes martes) и их гибридов. Материалы международной конференции "Хромосома 2023". с. 198-199. Новосибирск, 2023

  7. Тотиков АА, Томаровский АА, Перельман ПЛ, Беклемишева ВР, Сердюкова НА, Бульонкова ТМ, Панов ВВ, Мухачева АС, Абрамов АВ, Графодатский АС, Кливер СФ. Оценка уровня гетерозиготности представителей рода Mustela. Материалы международной конференции "Хромосома 2023". с. 200-201. Новосибирск, 2023

  8. Уткин ЯА. Генетическое разнообразие серебряного карася (Carassius gibelio) Сибири и Дальнего Востока. Материалы международной конференции "Хромосома 2023". с. 206. Новосибирск, 2023

  9. Трифонов ВА, Фофанов МВ. Паттерны редиплоидизации после полногеномных дупликаций у животных. Материалы Юбилейной научной конференции "Николай Константинович Кольцов и биология XXI века", М. Издательство Перо, 2022, 1.38 Мб [Электронное издание], ISBN 978-5-00204-554-9. с. 85

  10. Fofanov MV, Prokopov DYu, Trifonov VA, Beklemisheva VR, Khan R, Aiden E, Graphodatsky AS, Perelman PL. Comparative bioinformatic analysis of Hi-C chromosome-level scaffolds and chromosome painting maps of Vulpes vulpes and Canis familiaris (Canidae, Carnivora, Mammalia). The 13th International Multiconference "Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology", Abstract book (ISBN 978-5-91291-059-3), Novosibirsk, 2022, p. 113-114

  11. Beklemisheva VR, Lemskaya NA, Prokopov DYu, Romanenko SA, Serdyukova NA, Utkin YaA, Graphodatsky AS. Detailed analysis of distribution of repetitive sequences across genomes of Martes (Mustelidae, Carnivora, Mammalia). The 13th International Multiconference "Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology", Abstract book (ISBN 978-5-91291-059-3), Novosibirsk, 2022, p. 137-138

  12. Romanenko SA, Proskuryakova AA, Prokopov DYu, Davletshina GI, Pereira JC, Ferguson-Smith MA, Trifonov VA. The cytogenetic map of the Nile crocodile (Crocodylus niloticus, Crocodylidae, Reptilia) with in situ localization of major tandemly arranged repetitive DNAs. The 13th International Multiconference "Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology", Abstract book (ISBN 978-5-91291-059-3), Novosibirsk, 2022, p. 167-168

  13. Tishakova K, Prokopov D, Davletshina G, O’Brien P, Ferguson-Smith M, Giovannotti M, Trifonov V. Composition of sex chromosomes of veiled chameleon (Chamaeleo calyptratus, Iguania, Squamata) reveals new insights into sex chromosome evolution of iguanian lizards. The 13th International Multiconference "Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology", Abstract book (ISBN 978-5-91291-059-3), Novosibirsk, 2022, p. 179

​Материалы конференций за предыдущие годы

Доклады: 

  1. Trifonov VA. Лекция “Evolution of Sex determination”. Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil, 26 July 2019

  2. Trifonov V. Origin and evolution of mammalian B chromosomes. 4th B Chromosome Conference. 20-23 July 2019, Botucatu, Brazil

  3. Трифонов ВА. Параллелизм и конвергенция в эволюции половых хромосом позвоночных. VII съезд ВОГиС, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, 18-22 июня 2019, Санкт-Петербург

  4. Trifonov VA. Polyploidy and genome evolution of ray-finned fishes. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  5. Kichigin IG. Studying anolis and gekkota sex chromosomes by isolated chromosome sequencing. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  6. Trifonov V. Evolutionary sex chromosome translocations in amniotes. 23rd International Colloquium on Animal Cytogenetics and Genomics, June 9-12, 2018, Saint-Petersburg, Russia

  7. Трифонов ВА. Курс лекций "Фундаментальные и прикладные аспекты сравнительной геномики". Красноярский государственный медицинский университет им. проф. ВФ Войно-Ясенецкого Минздрава России, май 2018

  8. Побединцева МА. Генетическое разнообразие древней и современной стерляди (Acipenser ruthenus) в бассейне Волги. XXV Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых "Ломоносов", 9-13 апреля 2018, Москва

  9. Трифонов ВА. Эволюционная пластичность геномов. Научная школа по молекулярной и клеточной биологии. 5-6 октября 2017, Новосибирск

  10. Trivonof V. Whole genome duplications in vertebrate evolution. 11th European Cytogenetics Conference, 1-4 July 2017, Florence, Italy

  11. Трифонов В. Секвенирование и анализ генома и транскриптома стерляди (Acipenser ruthenus). II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике", 18-23 июня 2017, Новосибирск

  12. Андреюшкова Д. Анализ микродиссекционных библиотек хромосом стерляди (Acipenser ruthenus) с использованием данных высокопроизводительного секвенирования. II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике", 18-23 июня 2017, Новосибирск

  13. Побединцева М. Молекулярная филогения гаплогрупп стерляди Acipenser ruthenus и сибирского осетра A. baerii, основанная на анализе полных митохондриальных геномов. II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике", 18-23 июня 2017, Новосибирск

Доклады за предыдущие годы

Международное сотрудничество: 

  • Cambridge Resource Centre for Comparative Genomics, University of Cambridge, UK
    Эволюция кариотипов и половых хромосом рептилий

  • National Cancer Institute at Frederick, MD, USA
    Сравнительная геномика млекопитающих

  • Cornell University, Ithaca, NY, USA
    Сравнительная геномика

  • University of North Carolina at Chapel Hill, NC, USA
    Сравнительная геномика

  • Institut für Humangenetik, Jena, Germany
    Сравнительная геномика

  • Julius-Maximilians-Universität Würzburg, Germany
    Организация геномов и эволюция осетровых

  • Muséum national d'histoire naturelle, Paris, France
    Сравнительная геномика

  • Università degli Studi di Firenze, Florence, Italy
    Сравнительная геномика

  • Università Politécnica delle Marche, Ancona, Italy
    Исследование половых хромосом

  • Kunming Institute of Zoology, China
    Сравнительная геномика

  • Zhejiang Ocean University, China
    Исследование половых хромосом

  • Universidade de São Paulo, Câmpus de Rio Claro, Brasil
    Цитогенетика неотропических рыб

  • Universidade Estadual Paulista, São Paulo, Brazil
    Сравнительная геномика

  • Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brasil
    Исследование неоцентромер

  • Institute for Biological Research "Siniša Stanković", Belgrade, Serbia
    Исследование добавочных хромосом

  • Univerzita Karlova, Praha, Czech Republick
    Сравнительная геномика

Награды: 

Медаль Минобрнауки РФ 
“За вклад в реализацию государственной политики в области научно-технического развития”

Трифонов ВА (2021)

Медаль и премия Европейской академии (Academia Europaea) для молодых ученых

Трифонов ВА (2008)

Премия РАН имени НК Кольцова

Трифонов ВА (2021)

Премия РАН для молодых ученых им. ВЕ Соколова

Трифонов ВА (2005)

Премия СО РАН для молодых ученых им. ДК Беляева

Трифонов ВА (2007)

Памятный знак "За труд на благо города"

Воробьева НВ (2013, 2018)

Трифонов ВА (2023)

Звание “Лучший аспирант РАН”

Дементьева ПВ (2011)