Лаборатория структурной, функциональной и сравнительной геномики

nsu_logo_blue.jpg Лаборатория структурной, функциональной и сравнительной геномики создана в Новосибирском государственном университете в 2014 году и является частью Стратегической академической единицы Синтетическая биология
5-100_logo.jpg В период с 2014 по 2020 гг Лаборатория работала в рамках проекта по повышению конкурентоспособности российских вузов 5-100
Жимулев Игорь Федорович
Заведующий лабораторией

Curriculum vitae

Сотрудники: 

thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Жимулев Игорь Федорович дбн zhimulevatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Графодатский Александр Сергеевич дбн grafatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Таранин Александр Владимирович дбн taraninatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Вершинин Александр Васильевич дбн avershinatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Трифонов Владимир Александрович дбн vladatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Романенко Светлана Анатольевна дбн rosaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Колесникова Татьяна Дмитриевна дбн kolesnikovaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Горчаков Андрей Александрович кбн gorchakovatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Перельман Полина Львовна кбн perelmanpatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Пиндюрин Алексей Валерьевич кбн a [dot] pindyurinatmcb [dot] nsc [dot] ru
  scopus_logo.jpg   eLIBRARY_logo.png Титов Сергей Евгеньевич кбн  
Направления исследований: 

  • структурно-функциональная организация хромосом
  • кластерная организация генов
  • молекулярная организация гетерохроматина животных и растений
  • разработка системы для внесения направленных модификаций в геном
  • организация и эволюция хромосом и геномов позвоночных
  • палеогеномика
  • структура добавочных хромосом
  • хромосомные системы определения пола
  • функциональный и эволюционный анализ геномной компоненты иммунной системы

 

ПУБЛИКАЦИИ: 

2021

  1. Pan Q, ..., Trifonov V, ..., Guiguen Y. The rise and fall of the ancient northern pike master sex determining gene. (doi: 10.7554/eLife.62858) eLife 10: e62858, 2021
    (IF = 8.140)

  2. Zykova T, Maltseva M, Goncharov F, Boldyreva L, Pokholkova G, Kolesnikova T, Zhimulev I. The organization of pericentromeric heterochromatin in polytene chromosome 3 of the Drosophila melanogaster line with the Rif11; SuURES Su(var)3-906 mutations suppressing underreplication. (doi: 10.3390/cells10112809) Cells 10(11): 2809, 2021
    (IF = 6.600)

  3. Lisachov AP, Tishakova KV, Romanenko SA, Molodtseva AS, Prokopov DYu, Pereira JC, Ferguson-Smith MA, Borodin PM, Trifonov VA. Whole-chromosome fusions in the karyotype evolution of Sceloporus (Iguania, Reptilia) are more frequent in sex chromosomes than autosomes. (doi: 10.1098/rstb.2020.0099) Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 376(1833): 20200099, 2021
    (IF = 6.237)

  4. Das S, Caballero M, Kolesnikova T, Zhimulev I, Koren A, Nordman J. Replication timing analysis in polyploid cells reveals Rif1 uses multiple mechanisms to promote underreplication in Drosophila. (doi: 10.1093/genetics/iyab147) Genetics 219(3): iyab147, 2021
    (IF = 4.562)

  5. Elisafenko EA, Evtushenko EV, Vershinin AV. The origin and evolution of a two-component system of paralogous genes encoding the centromeric histone CENH3 in cereals. (doi: 10.1186/s12870-021-03264-3) BMC Plant Biol 21: 541, 2021
    (IF = 4.215)

  6. Lisachov A, Andreyushkova D, Davletshina G, Prokopov D, Romanenko S, Galkina S, Saifitdinova A, Simonov E, Borodin P, Trifonov V. Amplified fragments of an autosome-borne gene constitute a significant component of the W sex chromosome of Eremias velox (Reptilia, Lacertidae). (doi: 10.3390/genes12050779) Genes 12(5): 779, 2021
    (IF = 4.096)

  7. Konnikova MR, Cherkasova OP, Nazarov MM, Vrazhnov DA, Kistenev YV, Titov SE, Kopeikina EV, Shevchenko SP, Shkurinov AP. Malignant and benign thyroid nodule differentiation through the analysis of blood plasma with terahertz spectroscopy. (doi: 10.1364/BOE.412715) Biomed Opt Express 12(2): 1020-1035, 2021
    (IF = 3.732)

  8. Bishani A, Prokopov DYu, Romanenko SA, Molodtseva AS, Perelman PL, Interesova EA, Beklemisheva VR, Graphodatsky AS, Trifonov VA. Evolution of tandemly arranged repetitive DNAs in three species of Cyprinoidei with different ploidy levels. (doi: 10.1159/000513274) Cytogenet Genome Res 161: 32-42, 2021
    (IF = 1.636)

  9. Побединцева МА, Решетникова СН, Сердюкова НА, Бишани А, Трифонов ВА, Интересова ЕА. Генетическая гетерогенность серебряного карася Carassius gibelio (Cyprinidae) в бассйне средней Оби. (doi: 10.31857/S0016675821040111) Генетика 57(4): 429-436, 2021
    (IF = 0.581)

  10. Лукьянов СА, Сергийко СВ, Титов СЕ, Веряскина ЮА, Мудунов АМ, Доброхотова ВЗ, Козорезова ЕС, Воробьев СЛ, Важенин АВ, Романчишен АФ, Вабалайте КВ, Вилкова АС, Тимофеева НИ, Ильина ТЕ. Новые возможности дооперационной диагностики анапластического рака щитовидной железы (doi: 10.17650/2222-1468-2021-11-1-34-40) Опухоли головы и шеи 11(1): 34-40, 2021

  11. Vershinin AV, Lux T, Gundlach H, Elisafenko EA, Keilwagen J, Mayer KFX, Spannagl M. The gene and repetitive element landscape of the rye genome. In: "The Rye Genome" (Rabanus-Wallace MT, Stein N, Eds), Springer, pp 117-133, 2021 (doi: 10.1007%2F978-3-030-83383-1_8)

2020

  1. Du K, … Prokopov D, Makunin A, Kichigin I, … Trifonov V, … Schartl M. The sterlet sturgeon genome sequence and the mechanisms of segmental rediploidization. (doi: 10.1038/s41559-020-1166-x) Nat Ecol Evol 4: 841–852, 2020
    (IF = 12.541)

  2. Yang C, Li F, Xiong Z, Koepfli K-P, Ryder O, Perelman P, Li Q, Zhang G. A draft genome assembly of spotted hyena, Crocuta crocuta. (doi: 10.1038/s41597-020-0468-9) Sci Data 7: 126, 2020
    (IF = 5.541)

  3. Fofanov MV, Prokopov DY, Kuhl H, Schartl M, Trifonov VA. Evolution of microRNA biogenesis genes in the sterlet (Acipenser ruthenus) and other polyploid vertebrates. (doi: 10.3390/ijms21249562) Int J Mol Sci 21(24): 9562, 2020
    (IF = 4.556)

  4. Levitsky VG, Zykova TYu, Moshkin YuM, Zhimulev IF. Nucleosome positioning around transcription start site correlates with gene expression only for active chromatin state in Drosophila interphase chromosomes. (doi: 10.3390/ijms21239282) Int J Mol Sci 21(23): 9282, 2020
    (IF = 4.556)

  5. Kolesnikova TD, Kolodyazhnaya AV, Pokholkova GV, Schubert V, Dovgan VV, Romanenko SA, Prokopov DYu, Zhimulev IF. Effects of mutations in the Drosophila melanogaster Rif1 gene on the replication and underreplication of pericentromeric heterochromatin in salivary gland polytene chromosomes. (doi: 10.3390/cells9061501) Cells 9(6): 1501, 2020 
    (IF = 4.366)

  6. Romanenko SA, Smorkatcheva AV, Kovalskaya YM, Prokopov DY, Lemskaya NA, Gladkikh OL, Polikarpov IA, Serdyukova NA, Trifonov VA, Molodtseva AS, O’Brien PCM, Golenishchev FN, Ferguson-Smith MA, Graphodatsky AS. Complex structure of Lasiopodomys mandarinus vinogradovi sex chromosomes, sex determination, and intraspecific autosomal polymorphism.(doi: 10.3390/genes11040374) Genes 11(4): 374, 2020
    (IF = 3.759)

  7. Khoroshko VA, Pokholkova GV, Levitsky VG, Zykova TY, Antonenko OV, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Genes containing long introns occupy series of bands and interbands in Drosophila melanogaster polytene chromosomes. (doi: 10.3390/genes11040417) Genes 11(4): 417, 2020
    (IF = 3.759)

  8. Biltueva LS, Prokopov DY, Romanenko SA, Interesova EA, Schartl M, Trifonov VA. Chromosome distribution of highly conserved tandemly arranged repetitive DNAs in the Siberian sturgeon (Acipenser baerii). (doi: 10.3390/genes11111375) Genes 11(11): 1375, 2020
    (IF = 3.759)

  9. Ogienko AA, Andreyeva EN, Omelina ES, Oshchepkova AL, Pindyurin AV. Molecular and cytological analysis of widely-used Gal4 driver lines for Drosophila neurobiology. (doi: 10.1186/s12863-020-00895-7) BMC Genetics 21: 96, 2020
    (IF = 2.567)

  10. Smagina AS, Kulemzin SV, Yusubalieva GM, Kedrova AG, Sanzharov AE, Ivanov YV, Matvienko DA, Kalsin VA, Gorchakov AA, Baklaushev VP, Taranin AV. VAV1‐overexpressing YT cells display improved cytotoxicity against malignant cells. (doi: 10.1002/bab.2001) Biotechnol Appl Biochem 68(4): 849-855, 2021
    (IF = 1.638)

  11. Lisachov AP, Giovannotti M, Pereira JC, Andreyushkova DA, Romanenko SA, Ferguson-Smith MA, Borodin PM, Trifonov VA. Chromosome painting does not support a sex chromosome turnover in Lacerta agilis Linnaeus, 1758. (doi: 10.1159/000506321) Cytogenet Genome Res 160: 134-140, 2020
    (IF = 1.423)

  12. Ellis THN, Vershinin AV. Retrotransposons and the evolution of genome size in Pisum. (doi: 10.3390/biotech9040024) BioTech 9(4): 24, 2020

  13. Лукьянов СА, Сергийко СВ, Титов СЕ, Решетов ИВ, Веряскина ЮА, Важенин АВ, Гостимский АВ, Ипполитов ЛИ, Рогова МО. Стратификация риска рецидива папиллярного рака щитовидной железы на основании результатов молекулярно-генетических исследований. (doi: 10.17650/2222-1468-2020-10-1-93-100) Опухоли головы и шеи 10(1): 93-100, 2020

Публикации за 2014-2019

Отдел регуляции генетических процессов