Отдел регуляции генетических процессов

Лаборатория клеточного деления

Омелина Евгения Сергеевна
Заведующий лабораторией

Сотрудники: 
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Омелина Евгения Сергеевна зав. лаб. кбн omelinaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Андреева Евгения Николаевна снс кбн andreevaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Огиенко Анна Александровна снс кбн ogienko [dot] annaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Галимова Юлия Александровна снс кбн galimovaatmcb [dot] nsc [dot] ru
        Баттулина Надежда Викторовна нс кбн  
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Дубатолова Татьяна Дмитриевна нс   tdubatatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg   eLIBRARY_logo.png Летягина Анна Евгеньевна ст. лаб.-иссл.   leschenko [dot] annaatmcb [dot] nsc [dot] ru
  scopus_logo.jpg     Волегов Григорий Алексеевич ст. лаб.-иссл.    
  scopus_logo.jpg     Моторина Дарья Максимовна ст. лаб.-иссл.    
        Лепехина Татьяна Константиновна ст. лаб.    
        Корепина Мария Олеговна ст. лаб.    
        Суркова Элина Сергеевна ст. лаб.    
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Кожевникова Елена Николаевна снс совм. кбн  
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Болдырева Лидия Валерьевна снс совм. кбн asdatmcb [dot] nsc [dot] ru
  scopus_logo.jpg     Морозова Марьяна Владимировна нс совм. кбн  
  scopus_logo.jpg     Ачасова Ксения Михайловна мнс совм.    
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Попова Юлия Владимировна мнс совм.   popovaatmcb [dot] nsc [dot] ru
  scopus_logo.jpg     Сайдакова Снежанна Сергеевна мнс совм.    
        Фахрутдинова Алена Игоревна ст. лаб. совм.    

Бывшие сотрудники:

Андерс (Мунзарова) Алина Фирдинантовна
Иванкин Антон Вадимович
Иванкина (Зоткевич) Елена Андреевна
Киселева Елена Владимировна, кбн
Копыл Сергей Александрович, кбн
Лебедев Михаил Олегович
Лебедева Лидия Ивановна, дбн
Мальцева Светлана Вадимовна
Мурсалимов Сергей Рамильевич, кбн		 Ощепкова (Алексеева) Анастасия Леонидовна
Павлова Гера Алексеевна, кбн
Пиндюрин Алексей Валерьевич, кбн
Разуваева Алена Викторовна
Струнов Антон Александрович, кбн
Федорова Юлия Антоновна
Шерстобитова Наталья Юрьевна
Юшкова Анастасия Александровна
Яринич Любовь Александровна

Направления исследований: 
  • Идентификация и функциональная характеристика факторов, участвующих в эпигенетической регуляции экспрессии генов на периферии клеточного ядра
  • Мультиплексные функциональные исследования регуляторных элементов генома
  • Молекулярные механизмы формирования и функционирования веретена деления
  • Разработка новых оптогенетических инструментов для быстрой релокализации эндогенных белков
  • Молекулярные механизмы регуляции динамики цитоскелета
BDGP_logo.jpg

Сотрудники лаборатории участвовали в создании Release 6 reference sequence of the Drosophila melanogaster genome

Механизмы кинетохор-зависимого образования микротрубочек у Drosophila
(грант Правительства РФ №14.Z50.31.0005)

 

ОБ ИССЛЕДОВАНИЯХ:

Часы для хроматина
Сложное деление на два
Процесс удвоения ДНК может регулироваться и на стадии элонгации

Публикации: 

  1. Razuvaeva AV, Graziadio L, Palumbo V, Pavlova GA, Popova JV, Pindyurin AV, Bonaccorsi S, Somma MP, Gatti M. The multiple mitotic roles of the ASPM orthologous proteins: Insight into the etiology of ASPM-dependent microcephaly. (doi: 10.3390/cells12060922) Cells 12(6): 922, 2023

  2. Omelina ES, Letiagina AE, Boldyreva LV, Ogienko AA, Galimova YA, Yarinich LA, Pindyurin AV, Andreyeva EN. Slight variations in the sequence downstream of the polyadenylation signal significantly increase transgene expression in HEK293T and CHO cells. (doi: 10.3390/ijms232415485) Int J Mol Sci 23(24): 15485, 2022

  3. Fishman V, Pindyurin AV. Editorial: The role of high-order chromatin organization in gene regulation. (doi: 10.3389/fgene.2022.1045787) Front Genet 13: 1045787, 2022

  4. Morozova MV, Borisova MA, Snytnikova OA, Achasova KM, Litvinova EA, Tsentalovich YuP, Kozhevnikova EN. Colitis-associated intestinal microbiota regulates brain glycine and host behavior in mice. (doi: 10.1038/s41598-022-19219-z) Sci Rep 12: 16345, 2022

  5. Ogienko AA, Omelina ES, Bylino OV, Batin MA, Georgiev PG, Pindyurin AV. Drosophila as a model organism to study basic mechanisms of longevity. (doi: 10.3390/ijms231911244) Int J Mol Sci 23(19): 11244, 2022

  6. Morgacheva D, Daks A, Smirnova A, Kim A, Ryzhkova D, Mitrofanova L, Staliarova A, Omelina E, Pindyurin A, Fedorova O, Shuvalov O, Petukhov A, Dinikina Yu. Case report: Primary leptomeningeal medulloblastoma in a child: Clinical case report and literature review. (doi: 10.3389/fped.2022.925340) Front Pediatr 10: 925340, 2022

  7. Popova JV, Pavlova GA, Razuvaeva AV, Yarinich LA, Andreyeva EN, Anders AF, Galimova YA, Renda F, Somma MP, Pindyurin AV, Gatti M. Genetic control of kinetochore-driven microtubule growth in Drosophila mitosis. (doi: 10.3390/cells11142127) Cells 11(14): 2127, 2022

  8. Dubatolova TD, Ritter GS, Proskurina AS, Kisaretova PE, Nikolin VP, Popova NA, Ruzanova VS, Taranov OS, Kolchanov NA, Bogachev SS. Changes in the number and morphology of blood cells in mice pretreated with RNA preparations and exposed to 8 Gy of gamma radiation. (doi: 10.52547/ijrr.20.2.16) Int J Rad Res 20(2): 361-368, 2022

  9. Болдырева ЛВ, Андреева ЕН, Пиндюрин АВ. Эффект положения гена: роль локального окружения в регуляции активности генов. (doi: 10.31857/S0026898422030041) Мол Биология 56(3): 355-390, 2022

  10. Strunov A, Boldyreva LV, Pindyurin AV, Gatti M, Kiseleva E. TEM imaging of membrane choreography during mitosis of Drosophila tissue culture cells. In: "The Nuclear Pore Complex" (Goldberg MW Ed.), Humana Press, pp 407-415, 2022 (doi: 10.1007/978-1-0716-2337-4)

  11. Бец ВД, Ачасова КМ, Борисова МА, Кожевникова ЕН, Литвинова ЕА. Роль гликопротеина муцин и L-фукозы во взаимодействии иммунитета и микрофлоры на примере экспериментальной модели воспалительных заболеваний кишечника. (doi: 10.31857/S0320972522030046) Биохимия 87(3): 356-375, 2022

  12. Ilyin AA, Kononkova AD, Golova AV, Shloma VV, Olenkina OM, Nenasheva VV, Abramov YuA, Kotov AA, Maksimov DA, Laktionov PP, Pindyurin AV, Galitsyna AA, Ulianov SV, Khrameeva EE, Gelfand MS, Belyakin SN, Razin SV, Shevelyov YuY. Comparison of genome architecture at two stages of male germline cell differentiation in Drosophila. (doi: 10.1093/nar/gkac109) Nucleic Acids Res  50(6): 3203–3225, 2022

  13. Ogienko AG, Myz SA, Nefedov AA, Ogienko AA, Adamova TP, Voronkova OM, Amosova SV, Trofimov BA, Boldyrev VV, Boldyreva EV. Clathrate hydrates of organic solvents as auxiliary intermediates in pharmaceutical research and development: improving dissolution behaviour of a new anti-tuberculosis drug, Perchlozon. (doi: 10.3390/pharmaceutics14030495) Pharmaceutics 14(3): 495, 2022

  14. Omelina ES, Yushkova AA, Motorina DM, Volegov GA, Kozhevnikova EN, Pindyurin AV. Optogenetic and chemical induction systems for regulation of transgene expression in plants: use in basic and applied research. (doi: 10.3390/ijms23031737) Int J Mol Sci 23(3): 1737, 2022

  15. Boldyreva LV, Morozova MV, Saydakova SS, Kozhevnikova EN. Fat of the gut: epithelial phospholipids in inflammatory bowel diseases. (doi: 10.3390/ijms222111682) Int J Mol Sci 22(21): 11682, 2021

  16. Zykova T, Maltseva M, Goncharov F, Boldyreva L, Pokholkova G, Kolesnikova T, Zhimulev I. The organization of pericentromeric heterochromatin in polytene chromosome 3 of the Drosophila melanogaster line with the Rif11; SuURES Su(var)3-906 mutations suppressing underreplication. (doi: 10.3390/cells10112809) Cells 10(11): 2809, 2021

  17. Achasova KM, Kozhevnikova EN, Borisova MA, Litvinova EA. Fucose ameliorates Tritrichomonas sp.-associated illness in tntibiotic-treated Muc2−/− mice. (doi: 10.3390/ijms221910699) Int J Mol Sci 22(19): 10699, 2021

  18. Dolgova EV, ... Dubatolova TD, ... Bogachev SS. Efficacy of the new therapeutic approach in curing malignant neoplasms on the model of human glioblastoma. (doi: 10.20892/j.issn.2095-3941.2020.0511) Cancer Biol Med 18(3): 910-930, 2021

  19. Letiagina AE, Omelina ES, Ivankin AV, Pindyurin AV. MPRAdecoder: processing of the raw MPRA data with a priori unknown sequences of the region of interest and associated barcodes. (doi: 10.3389/fgene.2021.618189) Front Genet 12: 618189, 2021

  20. Галимова ЮА, Дорогова НВ, Федорова СА. Функции Е3 убиквитин-лигазы Hyd в тканях дрозофилы. (doi: 10.31857/S002689842103006X) Мол Биология 55(3): 355-361, 2021

  21. Litvinova EA, Bets VD, Feofanova NA, Gvozdeva OV, Achasova KM, Alperina EL, Kozhevnikova EN. Dietary fucose affects macrophage polarization and reproductive performance in mice. (doi: 10.3390/nu13030855) Nutrients 13(3): 855, 2021

  22. Boldyreva LV, Yarinich LA, Kozhevnikova EN, Ivankin AV, Lebedev MO, Pindyurin AV. Fine gene expression regulation by minor sequence variations downstream of the polyadenylation signal. (doi: 10.1007/s11033-021-06160-z) Mol Biol Rep 48: 1539-1547, 2021

  23. Dolskiy AA, Yarushkin AA, Grishchenko IV, Lemskaya NA, Pindyurin AV, Boldyreva LV, Pustylnyak VO, Yudkin DV. miRNA expression and interaction with the 3′UTR of FMR1 in FRAXopathy pathogenesis. (doi: 10.1016/j.ncrna.2020.11.006) Non-coding RNA Res 6(1): 1-7, 2021

Публикации за предыдущие годы

Финансирование: 

Программа фундаментальных научных исследований

FWGZ-2021-0017 (122011900429-5) Регуляция генной активности и эпигенетической наследственности. 

Гранты РНФ

20-74-10022 (122040800197-4) Механизмы регуляции динамики цитоскелета при развитии воспаления и формировании защитного барьера кишки на мышиных моделях хронического колита. Кожевникова ЕН

22-74-10118 (122072900024-3) Применение оптогенетической системы BphP1-QPAS1 в растениях. Омелина ЕС

23-24-00619 (123021000052-2) Роль ядрышка и гетерохроматина в доменной организации генома в клетках мозга при старении. Огиенко АА

Завершенные гранты

Материалы конференций: 

  1. Болдырева ЛВ, Огиенко АА, Сайдакова СС, Ачасова КМ, Кожевникова ЕН. Возможности прижизненного имиджинга эксплантов эпителия кишечника для персонализированной диагностики и подбора терапии при ВЗК. Материалы Всероссийской конференции "Синтетическая биология и биофармацевтика" (ISBN 978-5-85957-199-4), 24–28 июля 2022, Новосибирск, с. 157

  2. Болдырева ЛВ, Огиенко АА, Ачасова КМ, Сайдакова СС, Кожевникова ЕН. Прижизненный имиджинг эксплантов эпителия как перспектива для персонализированной диагностики воспалительных заболеваний кишечника. с. 32-33 (doi: 10.18720/SPBPU/2/id22-106). Сборник тезисов докладов Всероссийской школы-конференции "Коллекции культур клеток человека и животных: Современные вызовы и сетевые решения" (ISBN 978-5-7422-7822-1), СПб, Политех-Пресс, 2022, 136 с.

  3. Saydakova SS, Ogienko AA, Boldyreva LV, Kozhevnikova EN. Distribution of cell junction proteins in the descending colon of Muc2 mice. The 13th International Multiconference "Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology", Abstract book (ISBN 978-5-91291-059-3), Novosibirsk, 2022, p. 721

  4. Morozova MV, Borisova MA, Snytnikova OA, Tsentalovich Y, Kozhevnikova EN. Investigation of influence of the gut microbial composition associated with colitis on mice behavior. The 13th International Multiconference "Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology", Abstract book (ISBN 978-5-91291-059-3), Novosibirsk, 2022, p. 946-947

  5. Dolskiy AA, Krainikova LV, Pindyurin AV, Boldyreva LV, Yudkin DV. Human FMR1 gene expression regulation by microRNA in a cellular model. Abstracts from the 53rd European Society of Human Genetics Conference (#P08.043.A). (doi: 10.1038/s41431-020-00739-z) Eur J Hum Genet 28(S1): 337, 2020

  6. Maltseva SV, Omelina ES, Popova JV, Pavlova GA, Yarinich LA, Razuvaeva AV, Yushkova AA, Ogienko AA, Pindyurin AV, Andreyeva EN. Conservative mitotic localization and functions of the nucleolar RPF2/Non3 protein in human and Drosophila cells. (doi: 10.18699/BGRS/SB-2020-140) The 12th International Multiconference "Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology". Abstract book (ISBN 978-5-91291-051-7). Novosibirsk, 2020, p. 221-222

  7. Юшкова АА, Андреева ЕН, Огиенко АА, Попова ЮВ, Пиндюрин АВ. Белок Non3 (Novel Nucleolar protein 3) необходим для формирования прицентромерного гетерохроматина Drosophila melanogaster. II межвузовская студенческая конференция "Студенческий биохимический форум - 2020". Материалы конференции (ISBN 978-5-9500298-8-2). Москва, 2020, с. 49

Материалы конференций за предыдущие годы

Доклады: 

  1. Болдырева ЛВ. ДНК мотивы в 3' области гена,  модулирующие транскрипцию.  Школа-конференция "Геномные технологии в получении вирус-нейтрализующих антител", 9 сентября 2022, Носоибирск

  2. Болдырева ЛВ. Возможности прижизненного имиджинга эксплантов эпителия кишечника для персонализированной диагностики и подбора терапии при ВЗК. Всероссийская школа-конференция "Биоресурсные коллекции биологических образцов пациентов с генетическими заболеваниями". 22-23 июня 2022, Санкт-Петербург

  3. Пиндюрин АВ. Таргетное высокопроизводительное секвенирование ДНК для молекулярно-генетической характеристики онкологических заболеваний. Симпозиум "Single-cell профилирование в онкологии". 17 декабря 2021, Санкт-Петербург

  4. Болдырева Л. Подход с применением мультиплекского анализа для моделирования в культуре клеток генетичски обусловленных заболеваний. Семинар с международным участием "Современные методы создания и функциональной оценки иПК". 11-12 ноября 2021, Санкт-Петербург

  5. Огиенко А. Преимущества и недостатки методов прижизненной визуализации цитоскелета. Семинар с международным участием "Современные методы создания и функциональной оценки иПК". 11-12 ноября 2021, Санкт-Петербург

  6. Болдырева ЛВ. Поиск нуклеотидных мотивов, регулирующих процесс терминации транскрипции. IX Российский симпозиум "Белки и пептиды". 1-6 октября 2019, Сочи-Дагомыс

  7. Болдырева ЛВ. Широкомасштабный поиск нуклеотидных мотивов, регулирующих процесс терминации транскрипции у млекопитающих. VII съезд ВОГиС, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, 18-22 июня 2019, Санкт-Петербург

  8. Pavlova G. The role of Drosophila NSL complex in centromere/kinetochore assembly. 14th International conference on Drosophila heterochromatin, 9-15 June 2019, Spoleto, Italy

  9. Pindyurin AV. Input of DNA sequences located in the transcription termination region in gene expression level. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  10. Ogienko AA. The influence of genetic background in Drosophila fly lines on results on example of line №6458 from Bloomington Drosophila Stock Center. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  11. Pavlova GA. Roles of Drosophila NSL complex components in mitosis. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  12. Popova JV. The moonlighting functions of the NON3 protein in Drosophila melanogaster. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  13. Andreyeva EN. The CG17337 protein is involved in mitosis progression and control the cell death in Drosophila melanogaster. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

Доклады за предыдущие годы

Международное сотрудничество: 

  • Università di Roma “Sapienza”, Roma, Italy 
    Механизмы кинетохор-зависимого образования микротрубочек у Drosophila (2014 – н. вр.)
    Роль белкового комплекса NSL/KANSL в процессе митоза у дрозофилы и человека (2017 – н. вр.)

  • The Netherlands Cancer Institute, Amsterdam, Netherlands
    Особенности гетерохроматина в специализированных клеточных типах дрозофилы (2017 – 2018)
    Влияние локального хроматинового окружения на функциональную активность промоторных элементов (2014-2016)
    Применение метода TRIP для анализа функционирования энхансерных элементов генома (2015) 

  • Ludwig-Maximilians-University Munich, Germany
    Динамика взаимодействия белка-репрессора Polycomb с геномом дрозофилы при развитии крыловых имагинальных дисков (2017 – 2018)

  • Virginia Polytechnic Institute and State University, Blacksburg, VA, USA
    Особенности взаимодействия генома с внутренней ядерной оболочкой в клетках дрозофилы при нокдауне белка Lamin B (2017 – н. вр.)

  • Albert Einstein College of Medicine, New York, NY, USA
    Functions and chromatin loading dynamics of linker histone H1 (2016 – н. вр.)

  • Department of Biochemistry and Molecular Biology, Mayo Clinic, Rochester, MN, USA 
    Идентификация районов генома, контактирующих с внутренней ядерной оболочкой в клетках слюнных желез Drosophila (2014-2015)

  • Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA, USA 
    Регуляция процесса удвоения ДНК на стадии продвижения реплисомы (2014)

  • Department of Molecular Biology, Umeå University, Umeå, Sweden
    Применение технологии мультиплексирования репортёрных конструкций для исследования механизмов эпигенетической регуляции экспрессии генов, осуществляемой белками группы Polycomb (2020)

Патенты: 

Шляхова ЕВ, Булушева ЛГ, Окотруб АВ, Гурова ОВ, Омельянчук ЛВ, Дубатолова ТД, Окотруб КА, Суровцев НВ. Способ детекции проникновения углеродных нанотрубок в биологическую ткань. Патент на изобретение №2582286. Зарегистрирован в Государственном реестре изобретений Российской Федерации 30.03.2016

Награды: 

Медаль и премия РАН для молодых ученых

Андреева ЕН (2006)

Медаль и премия Европейской академии (Academia Europaea) для молодых ученых

Андреева ЕН (2007)

Пиндюрин АВ (2009)

Национальная премия Л'Ореаль-ЮНЕСКО при поддержке РАН “Для женщин в науке”

Болдырева ЛВ (2013)

Отдел регуляции генетических процессов