Отдел регуляции генетических процессов

Лаборатория клеточного деления

Омелина Евгения Сергеевна
Заведующий лабораторией

Сотрудники: 
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Омелина Евгения Сергеевна зав. лаб. кбн omelinaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Андреева Евгения Николаевна снс кбн andreevaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Огиенко Анна Александровна снс кбн ogienko [dot] annaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Галимова Юлия Александровна снс кбн galimovaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Климова Наталья Викторовна снс кбн klimovaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Баттулина Надежда Викторовна нс кбн battulinaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Дубатолова Татьяна Дмитриевна нс   tdubatatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg   eLIBRARY_logo.png Летягина Анна Евгеньевна нс   leschenko [dot] annaatmcb [dot] nsc [dot] ru
        Лепехина Татьяна Константиновна ст. лаб.    
        Суркова Элина Сергеевна ст. лаб.    
        Посаженников Макар Андреевич ст. лаб.    
        Шевченко Алексей Денисович ст. лаб.    
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Болдырева Лидия Валерьевна снс совм. кбн asdatmcb [dot] nsc [dot] ru
        Загорская Алла Алексеевна нс совм.    
        Фахрутдинова Алена Игоревна ст. лаб. совм.    

Бывшие сотрудники:

Андерс (Мунзарова) Алина Фирдинантовна
Андреева Елизавета Андреевна
Ачасова Ксения Михайловна
Волегов Григорий Алексеевич
Иванкин Антон Вадимович
Иванкина (Зоткевич) Елена Андреевна
Киселева Елена Владимировна, кбн
Кожевникова Елена Николаевна, кбн
Копыл Сергей Александрович, кбн
Корепина Мария Олеговна
Лебедев Михаил Олегович
Лебедева Лидия Ивановна, дбн
Мальцева Светлана Вадимовна
Медведева (Сайдакова) Снежанна Сергеевна		 Морозова Марьяна Владимировна, кбн
Моторина Дарья Максимовна
Мурсалимов Сергей Рамильевич, кбн
Ощепкова (Алексеева) Анастасия Леонидовна
Никельварт Екатерина Александровна
Павлова Гера Алексеевна, кбн
Пиндюрин Алексей Валерьевич, кбн
Попова Юлия Владимировна, кбн
Разуваева Алена Викторовна
Струнов Антон Александрович, кбн
Федорова Юлия Антоновна
Шерстобитова Наталья Юрьевна
Юшкова Анастасия Александровна
Яринич Любовь Александровна

Направления исследований: 
  • Идентификация и функциональная характеристика факторов, участвующих в эпигенетической регуляции экспрессии генов на периферии клеточного ядра
  • Мультиплексные функциональные исследования регуляторных элементов генома
  • Молекулярные механизмы формирования и функционирования веретена деления
  • Разработка новых оптогенетических инструментов для быстрой релокализации эндогенных белков
  • Молекулярные механизмы регуляции динамики цитоскелета
BDGP_logo.jpg

Сотрудники лаборатории участвовали в создании Release 6 reference sequence of the Drosophila melanogaster genome

Механизмы кинетохор-зависимого образования микротрубочек у Drosophila
(грант Правительства РФ №14.Z50.31.0005)

 

ОБ ИССЛЕДОВАНИЯХ:

Часы для хроматина
Сложное деление на два
Процесс удвоения ДНК может регулироваться и на стадии элонгации

Публикации: 

  1. Medvedeva S, Achasova K, Boldyreva L, Ogienko A, Kozhevnikova E. The application of explants, crypts, and organoids as models in intestinal barrier research. Tissue Barriers, 2024, doi: 10.1080/21688370.2024.2423137

  2. Ogienko AA, Andreyeva EN, Yarinich LA, Pindyurin AV, Battulina NV, Omelina ES. Expression pattern of the AB1-Gal4 driver in Drosophila third-instar larvae. (doi: 10.3390/ijms26093923) Int J Mol Sci 26(9): 3923, 2025

  3. Popova JV, Bets VD, Omelina ES, Boldyreva LV, Kozhevnikova EN. Adapting mouse genome editing technique from scratch using in utero electroporation. (doi: 10.1134/S0026893324060098) Mol Biol 58(6): 1312-1320, 2024

  4. Ruzanova VS, Kirikovich SS, Levites EV, Proskurina AS, Dolgova EV, Ritter GS, Efremov YR, Dubatolova TD, Sysoev AV, Koleno DI, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS. The macrophage activator GcMAF-RF enhances the antitumor effect of Karanahan technology through induction of M2-M1 macrophage reprogramming. (doi: 10.1155/2024/7484490) J Immunol Res 2024: 7484490, 2024

  5. Motorina DM, Galimova YA, Battulina NV, Omelina ES. Systems for targeted silencing of gene expression and their application in plants and animals. (doi: 10.3390/ijms25105231) Int J Mol Sci 25(10): 5231, 2024

  6. Bylino OV, Ogienko AA, Batin MA, Georgiev PG, Omelina ES. Genetic, environmental, and stochastic components of lifespan variability: The Drosophila paradigm. (doi: 10.3390/ijms25084482) Int J Mol Sci 25(8): 4482, 2024

  7. Ogienko AA, Korepina MO, Pindyurin AV, Omelina ES. New functional motifs for the targeted localization of proteins to the nucleolus in Drosophila and human cells. (doi: 10.3390/ijms25021230) Int J Mol Sci 25(2): 1230, 2024

  8. Saydakova S, Morozova K, Snytnikova O, Morozova M, Boldyreva L, Kiseleva E, Tsentalovich Y, Kozhevnikova E. The effect of dietary phospholipids on the ultrastructure and function of intestinal epithelial cells. (doi: 10.3390/ijms24021788) Int J Mol Sci 24(2): 1788, 2023

  9. Яринич ЛА, Огиенко АА, Пиндюрин АВ, Омелина ЕС. Анализ транскрипционной активности модельных piggyBac-трансгенов, стабильно интегрированных в разные локусы генома культивируемых клеток CHO при отсутствии селекционного давления. (doi: 10.18699/VJGB-23-105) Вавиловский журнал генетики и селекции 27(7): 906-915, 2023

  10. Антосюк ОН, Горская ГА, Петровский ДВ, Дубатолова ТД. Изучение токсического проявления этопозида при сопутствующем воздействии ацетилсалициловой кислотой в качестве протектора на примере мышей линии C57Bl/6J. (doi: 10.37489/0235-2990-2023-68-5-6-33-38) Антибиотики и химиотерапия 68(5-6): 33–38, 2023

  11. Воропаева АА, Шимина ГГ, Дубатолова ТД, Цыпленкова ЕС, Батенёва АВ, Симакова ОВ, Гамалей СГ, Даниленко ЕД. Влияние вакцины ЭпиВакКорона на генеративную функцию крыс. (doi: 10.30906/0869-2092-2023-86-6-30-35) Экспериментальная и клиническая фармакология 86(6): 30-35, 2023

  12. Lubyaga Yu, Yarinich L, Drozdova P, Pindyurin A, Gurkov A, Luckenbach T, Timofeyev M. The ABCs of the amphipod P-glycoprotein: Heterologous production of the Abcb1 protein of a model species Eulimnogammarus verrucosus (Amphipoda: Gammaridae) from Lake Baikal. (doi: 10.1016/j.cbpc.2023.109677) Comp Biochem Physiol C Toxicol Pharmacol 271: 109677, 2023

  13. Razuvaeva AV, Graziadio L, Palumbo V, Pavlova GA, Popova JV, Pindyurin AV, Bonaccorsi S, Somma MP, Gatti M. The multiple mitotic roles of the ASPM orthologous proteins: Insight into the etiology of ASPM-dependent microcephaly. (doi: 10.3390/cells12060922) Cells 12(6): 922, 2023

  14. Omelina ES, Letiagina AE, Boldyreva LV, Ogienko AA, Galimova YA, Yarinich LA, Pindyurin AV, Andreyeva EN. Slight variations in the sequence downstream of the polyadenylation signal significantly increase transgene expression in HEK293T and CHO cells. (doi: 10.3390/ijms232415485) Int J Mol Sci 23(24): 15485, 2022

  15. Fishman V, Pindyurin AV. Editorial: The role of high-order chromatin organization in gene regulation. (doi: 10.3389/fgene.2022.1045787) Front Genet 13: 1045787, 2022

  16. Morozova MV, Borisova MA, Snytnikova OA, Achasova KM, Litvinova EA, Tsentalovich YuP, Kozhevnikova EN. Colitis-associated intestinal microbiota regulates brain glycine and host behavior in mice. (doi: 10.1038/s41598-022-19219-z) Sci Rep 12: 16345, 2022

  17. Ogienko AA, Omelina ES, Bylino OV, Batin MA, Georgiev PG, Pindyurin AV. Drosophila as a model organism to study basic mechanisms of longevity. (doi: 10.3390/ijms231911244) Int J Mol Sci 23(19): 11244, 2022

  18. Morgacheva D, Daks A, Smirnova A, Kim A, Ryzhkova D, Mitrofanova L, Staliarova A, Omelina E, Pindyurin A, Fedorova O, Shuvalov O, Petukhov A, Dinikina Yu. Case report: Primary leptomeningeal medulloblastoma in a child: Clinical case report and literature review. (doi: 10.3389/fped.2022.925340) Front Pediatr 10: 925340, 2022

  19. Popova JV, Pavlova GA, Razuvaeva AV, Yarinich LA, Andreyeva EN, Anders AF, Galimova YA, Renda F, Somma MP, Pindyurin AV, Gatti M. Genetic control of kinetochore-driven microtubule growth in Drosophila mitosis. (doi: 10.3390/cells11142127) Cells 11(14): 2127, 2022

  20. Dubatolova TD, Ritter GS, Proskurina AS, Kisaretova PE, Nikolin VP, Popova NA, Ruzanova VS, Taranov OS, Kolchanov NA, Bogachev SS. Changes in the number and morphology of blood cells in mice pretreated with RNA preparations and exposed to 8 Gy of gamma radiation. (doi: 10.52547/ijrr.20.2.16) Int J Rad Res 20(2): 361-368, 2022

  21. Болдырева ЛВ, Андреева ЕН, Пиндюрин АВ. Эффект положения гена: роль локального окружения в регуляции активности генов. (doi: 10.31857/S0026898422030041) Мол Биология 56(3): 355-390, 2022

  22. Strunov A, Boldyreva LV, Pindyurin AV, Gatti M, Kiseleva E. TEM imaging of membrane choreography during mitosis of Drosophila tissue culture cells. In: "The Nuclear Pore Complex" (Goldberg MW Ed.), Humana Press, pp 407-415, 2022 (doi: 10.1007/978-1-0716-2337-4)

  23. Бец ВД, Ачасова КМ, Борисова МА, Кожевникова ЕН, Литвинова ЕА. Роль гликопротеина муцин и L-фукозы во взаимодействии иммунитета и микрофлоры на примере экспериментальной модели воспалительных заболеваний кишечника. (doi: 10.31857/S0320972522030046) Биохимия 87(3): 356-375, 2022

  24. Ilyin AA, Kononkova AD, Golova AV, Shloma VV, Olenkina OM, Nenasheva VV, Abramov YuA, Kotov AA, Maksimov DA, Laktionov PP, Pindyurin AV, Galitsyna AA, Ulianov SV, Khrameeva EE, Gelfand MS, Belyakin SN, Razin SV, Shevelyov YuY. Comparison of genome architecture at two stages of male germline cell differentiation in Drosophila. (doi: 10.1093/nar/gkac109) Nucleic Acids Res  50(6): 3203–3225, 2022

  25. Ogienko AG, Myz SA, Nefedov AA, Ogienko AA, Adamova TP, Voronkova OM, Amosova SV, Trofimov BA, Boldyrev VV, Boldyreva EV. Clathrate hydrates of organic solvents as auxiliary intermediates in pharmaceutical research and development: improving dissolution behaviour of a new anti-tuberculosis drug, Perchlozon. (doi: 10.3390/pharmaceutics14030495) Pharmaceutics 14(3): 495, 2022

  26. Omelina ES, Yushkova AA, Motorina DM, Volegov GA, Kozhevnikova EN, Pindyurin AV. Optogenetic and chemical induction systems for regulation of transgene expression in plants: use in basic and applied research. (doi: 10.3390/ijms23031737) Int J Mol Sci 23(3): 1737, 2022

Публикации за предыдущие годы

Финансирование: 

Программа фундаментальных научных исследований

FWGZ-2021-0017 (122011900429-5) Регуляция генной активности и эпигенетической наследственности. 

Гранты РНФ

22-74-10118 (122072900024-3) Применение оптогенетической системы BphP1-QPAS1 в растениях. Омелина ЕС

Завершенные гранты

Материалы конференций: 

  1. Летягина АЕ. Рациональный дизайн терминаторов транскрипции РНК-полимеразы II для повышения наработки белков в клетках млекопитающих. Сборник тезисов докладов участников IX Всероссийского молодежного научного форума "Наука будущего — наука молодых", 427 c, Самара, 2024, с. 194

  2. Летягина АЕ, Пиндюрин АВ, Яринич ЛА, Болдырева ЛВ, Огиенко АА, Галимова ЮА, Андреева ЕН, Омелина ЕС. Разработка модели, способной предсказать уровень зрелой мРНК в культивируемых клетках млекопитающих на основе последовательности DSE терминатора транскрипции. Сборник тезисов Международного конгресса "VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300-летию российской науки и высшей школы", Издательский дом "Петрополис", Санкт‑Петербург, 2024, 804 с, ISBN 978‑5‑9676‑1604-4, с. 386

  3. Medvedeva SS, Boldyreva LV, Achasova KM, Ogienko AA, Kozhevnikova EN. Disfunction of intercellular junctions in chronic colitis models. (doi: 10.18699/bgrs2024-7.2-08) Биоинформатика регуляции и структуры геномов / системная биология. Четырнадцатая международная мультиконференция. Тезисы докладов. Новосибирск, ИЦиГ СО РАН, 2024, 2372 с, ISBN 978-5-91291-067-8, с. 1278-1279

  4. Medvedeva S, Boldyreva L, Achasova K, Ogienko A, Kozhevnikova E. Ceramide affects intestinal epithelial barrier integrity via destabilization of actin cytoskeleton in chronic colitis. (doi: 10.18699/bgrs2024-7.2-07) Биоинформатика регуляции и структуры геномов / системная биология. Четырнадцатая международная мультиконференция. Тезисы докладов. Новосибирск, ИЦиГ СО РАН, 2024, 2372 с, ISBN 978-5-91291-067-8, с. 1277

  5. Моторина ДМ, Баттулина НВ. Репрессия генов с помощью белка DCAS12 на модельном объекте Drosophila melanogaster. (doi: 10.25205/978-5-4437-1526-1-350) Сборник тезисов Международной научно-практической конференции молодых ученых OpenBio-2023. c. 686-687, Новосибирск, ИПЦ НГУ, 2023, 814 с, ISBN 978-5-4437-1526-1

  6. Andreyeva EN, Letiagina AE, Boldyreva LV, Ogienko AA, Galimova YA, Yarinich LA, Pindyurin AV, Omelina ES. Multiplex analysis of the effect of transcription termination on gene activity in eukaryotes. Материалы международной конференции "Хромосома 2023". c. 7. Новосибирск, 2023

  7. Somma PM, Andreyeva EN, D’Alessandro A, Pucinischi G, Bonaccorsi S, Cenci G, Picchetta L, Marzullo M, Popova JuV, Maltceva SV, Yarinich LA, Pavlova GA, Omelina ES, Pindyurin AV, Gatti M. The mitotic roles of nucleolar proteins. Материалы международной конференции "Хромосома 2023". c. 49. Новосибирск, 2023

  8. Летягина АЕ, Пиндюрин АВ, Яринич ЛА, Болдырева ЛВ, Огиенко АА, Галимова ЮА, Андреева ЕН, Омелина ЕС. Небольшие изменения последовательности ДНК, расположенной после сайта полиаденилирования, влияют на экспрессию трансгена в клетках линий HEK293T и CHO. Материалы международной конференции "Хромосома 2023". с.135-136. Новосибирск, 2023

  9. Мальцева МВ, Ватолина ТЮ, Баттулина НВ, Омелина ЕС, Жимулёв ИФ. Консервативный белок RCC1 – новый компонент неактивных районов политенных хромосом Drosophila. Материалы международной конференции "Хромосома 2023". с. 142. Новосибирск, 2023

  10. Болдырева ЛВ, Огиенко АА, Сайдакова СС, Ачасова КМ, Кожевникова ЕН. Возможности прижизненного имиджинга эксплантов эпителия кишечника для персонализированной диагностики и подбора терапии при ВЗК. Материалы Всероссийской конференции "Синтетическая биология и биофармацевтика" (ISBN 978-5-85957-199-4), 24–28 июля 2022, Новосибирск, с. 157

  11. Болдырева ЛВ, Огиенко АА, Ачасова КМ, Сайдакова СС, Кожевникова ЕН. Прижизненный имиджинг эксплантов эпителия как перспектива для персонализированной диагностики воспалительных заболеваний кишечника. с. 32-33 (doi: 10.18720/SPBPU/2/id22-106). Сборник тезисов докладов Всероссийской школы-конференции "Коллекции культур клеток человека и животных: Современные вызовы и сетевые решения" (ISBN 978-5-7422-7822-1), СПб, Политех-Пресс, 2022, 136 с.

  12. Saydakova SS, Ogienko AA, Boldyreva LV, Kozhevnikova EN. Distribution of cell junction proteins in the descending colon of Muc2 mice. The 13th International Multiconference "Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology", Abstract book (ISBN 978-5-91291-059-3), Novosibirsk, 2022, p. 721

  13. Morozova MV, Borisova MA, Snytnikova OA, Tsentalovich Y, Kozhevnikova EN. Investigation of influence of the gut microbial composition associated with colitis on mice behavior. The 13th International Multiconference "Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology", Abstract book (ISBN 978-5-91291-059-3), Novosibirsk, 2022, p. 946-947

Материалы конференций за предыдущие годы

Доклады: 

  1. Суркова ЭС. Модификация оптогенетической системы BphP1/QPAS1 для работы в табаке Nicotiana benthamiana. XXXI Международная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных "Ломоносов", 12-26 апреля 2024, Москва

  2. Болдырева ЛВ. ДНК мотивы в 3' области гена,  модулирующие транскрипцию.  Школа-конференция "Геномные технологии в получении вирус-нейтрализующих антител", 9 сентября 2022, Носоибирск

  3. Болдырева ЛВ. Возможности прижизненного имиджинга эксплантов эпителия кишечника для персонализированной диагностики и подбора терапии при ВЗК. Всероссийская школа-конференция "Биоресурсные коллекции биологических образцов пациентов с генетическими заболеваниями". 22-23 июня 2022, Санкт-Петербург

  4. Пиндюрин АВ. Таргетное высокопроизводительное секвенирование ДНК для молекулярно-генетической характеристики онкологических заболеваний. Симпозиум "Single-cell профилирование в онкологии". 17 декабря 2021, Санкт-Петербург

  5. Болдырева Л. Подход с применением мультиплекского анализа для моделирования в культуре клеток генетичски обусловленных заболеваний. Семинар с международным участием "Современные методы создания и функциональной оценки иПК". 11-12 ноября 2021, Санкт-Петербург

  6. Огиенко А. Преимущества и недостатки методов прижизненной визуализации цитоскелета. Семинар с международным участием "Современные методы создания и функциональной оценки иПК". 11-12 ноября 2021, Санкт-Петербург

  7. Болдырева ЛВ. Поиск нуклеотидных мотивов, регулирующих процесс терминации транскрипции. IX Российский симпозиум "Белки и пептиды". 1-6 октября 2019, Сочи-Дагомыс

  8. Болдырева ЛВ. Широкомасштабный поиск нуклеотидных мотивов, регулирующих процесс терминации транскрипции у млекопитающих. VII съезд ВОГиС, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, 18-22 июня 2019, Санкт-Петербург

  9. Pavlova G. The role of Drosophila NSL complex in centromere/kinetochore assembly. 14th International conference on Drosophila heterochromatin, 9-15 June 2019, Spoleto, Italy

Доклады за предыдущие годы

Международное сотрудничество: 

  • Università di Roma “Sapienza”, Roma, Italy 
    Механизмы кинетохор-зависимого образования микротрубочек у Drosophila (2014 – н. вр.)
    Роль белкового комплекса NSL/KANSL в процессе митоза у дрозофилы и человека (2017 – н. вр.)

  • The Netherlands Cancer Institute, Amsterdam, Netherlands
    Особенности гетерохроматина в специализированных клеточных типах дрозофилы (2017 – 2018)
    Влияние локального хроматинового окружения на функциональную активность промоторных элементов (2014-2016)
    Применение метода TRIP для анализа функционирования энхансерных элементов генома (2015) 

  • Ludwig-Maximilians-University Munich, Germany
    Динамика взаимодействия белка-репрессора Polycomb с геномом дрозофилы при развитии крыловых имагинальных дисков (2017 – 2018)

  • Virginia Polytechnic Institute and State University, Blacksburg, VA, USA
    Особенности взаимодействия генома с внутренней ядерной оболочкой в клетках дрозофилы при нокдауне белка Lamin B (2017 – н. вр.)

  • Albert Einstein College of Medicine, New York, NY, USA
    Functions and chromatin loading dynamics of linker histone H1 (2016 – 2023)

  • Department of Biochemistry and Molecular Biology, Mayo Clinic, Rochester, MN, USA 
    Идентификация районов генома, контактирующих с внутренней ядерной оболочкой в клетках слюнных желез Drosophila (2014-2015)

  • Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA, USA 
    Регуляция процесса удвоения ДНК на стадии продвижения реплисомы (2014)

  • Department of Molecular Biology, Umeå University, Umeå, Sweden
    Применение технологии мультиплексирования репортёрных конструкций для исследования механизмов эпигенетической регуляции экспрессии генов, осуществляемой белками группы Polycomb (2020)

Патенты: 

  • Омелина ЕС, Андреева ЕН, Болдырева ЛВ. Рекомбинантная плазмидная ДНК phPGK-eGFP-CATTCGCC-CMV-mCherry, обеспечивающая высокую экспрессию репортерного белка eGFP в культивируемых клетках яичника китайского хомячка. Патент на изобретение №2822596. Зарегистрирован в Государственном реестре изобретений Российской Федерации 09.07.2024

  • Шляхова ЕВ, Булушева ЛГ, Окотруб АВ, Гурова ОВ, Омельянчук ЛВ, Дубатолова ТД, Окотруб КА, Суровцев НВ. Способ детекции проникновения углеродных нанотрубок в биологическую ткань. Патент на изобретение №2582286. Зарегистрирован в Государственном реестре изобретений Российской Федерации 30.03.2016

Награды: 

Медаль и премия РАН для молодых ученых

Андреева ЕН (2006)

Медаль и премия Европейской академии (Academia Europaea) для молодых ученых

Андреева ЕН (2007)

Пиндюрин АВ (2009)

Национальная премия Л'Ореаль-ЮНЕСКО при поддержке РАН “Для женщин в науке”

Болдырева ЛВ (2013)

Отдел регуляции генетических процессов

Служебные ссылки