Отдел структуры и функции хромосом

Лаборатория молекулярной цитогенетики

Жимулев Игорь Федорович
Заведующий отделом
Заведующий лабораторией

Curriculum vitae

Сотрудники: 
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Жимулев Игорь Федорович зав. лаб. дбн zhimulevatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg   eLIBRARY_logo.png Похолкова Галина Витальевна внс дбн galinaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg   eLIBRARY_logo.png Демакова Ольга Викторовна внс кбн demakovaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Коряков Дмитрий Евгеньевич внс кбн koryakovatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Колесникова Татьяна Дмитриевна внс кбн kolesnikovaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Зыкова Татьяна Юрьевна внс кбн vatolinaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg   eLIBRARY_logo.png Антоненко Оксана Викторовна нс кбн ovantatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Хорошко Варвара Андреевна мнс   vicernaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg   Макунин Игорь Васильевич ст. лаб.-иссл.  кбн  
        Мальцева Мария Витальевна ст. лаб.-иссл.    
        Довгань Виктория Викторовна ст. лаб.   dovganatmcb [dot] nsc [dot] ru
        Веселова Ольга Валерьевна ст. лаб.    
        Графодатская Виктория Евгеньевна ст. лаб.   vikaatmcb [dot] nsc [dot] ru
        Шмакова Маргарита Алексеевна ст. лаб.    
        Долбак Евгения Александровна ст. лаб.   eugenyatmcb [dot] nsc [dot] ru
  scopus_logo.jpg   Мошкин Юрий Михайлович нс совм. кбн  
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Андреенкова Наталья Григорьевна ст. лаб.-иссл. совм. кбн anataatmcb [dot] nsc [dot] ru
        Татаринов Михаил Васильевич инженер совм.    

Бывшие сотрудники:

Беляева Елена Сергеевна, дбн
Гончаров Фёдор Павлович
Иванов Роман Артемович
Колодяжная Александра Владимировна
Нерушева (Кокоза) Елена Борисовна, кбн
Семешин Валерий Федорович, дбн
Скворцова Татьяна Эвальдовна
Шулуткова Алена Евгеньевна

Направления исследований: 
  • Организация хроматина в интерфазных хромосомах
  • Гетерохроматин
  • Политенные хромосомы в питающих клетках ооцитов
BDGP_logo.jpg

Сотрудники лаборатории участвовали в создании Release 6 reference sequence of the Drosophila melanogaster genome

 

ПУБЛИЧНЫЕ ЛЕКЦИИ:

you_tube.jpg Борьба с эпидемиями в России. Публичная лекция академика ИФ Жимулева
you_tube.jpg Эпигенетика и полифенизм насекомых. Публичная лекция кбн ТД Колесниковой
you_tube.jpg Эпигенетика. Новая парадигма? Публичная лекция кбн ТД Колесниковой

Публикации: 
  1. de Jong TV, Guryev V, Moshkin YM. Estimates of gene ensemble noise highlight critical pathways and predict disease severity in H1N1, COVID-19 and mortality in sepsis patients. (doi: 10.1038/s41598-021-90192-9) Sci Rep 11: 10793, 2021

  2. Sabirov M, Kyrchanova O, Pokholkova GV, Bonchuk A, Klimenko N, Belova E, Zhimulev IF, Maksimenko O, Georgiev P. Mechanism and functional role of the interaction between CP190 and the architectural protein Pita in Drosophila melanogaster. (doi: 10.1186/s13072-021-00391-x) Epigenetics Chromatin 14: 16, 2021

  3. Kalashnikova DA, Maksimov DA, Romanov SE, Laktionov PP, Koryakov DE. SetDB1 and Su(var)3-9 play non-overlapping roles in somatic cell chromosomes of Drosophila melanogaster. (doi: 10.1242/jcs.253096) J Cell Sci 134(2): jcs253096, 2021

  4. Андреенков ОВ, Андреенкова НГ, Жимулёв ИФ, Богомолова ИН, Равкин ЮС, Цыбулин СМ, Кашинская ЮО, Штоль ДА. Инвазии ястребиной совы в лесостепь Западной Сибири. (doi: 10.19074/1814-8654-2020-40-116-124) Пернатые хищники и их охрана 40: 116-124, 2020

  5. Kovynev IB, Titov SE, Ruzankin PS, Agakishiev MM, Veryaskina YA, Nedel’ko VM, Pospelova TI, Zhimulev IF. Profiling 25 bone marrow microRNAs in acute leukemias and secondary nonleukemic hematopoietic conditions. (doi: 10.3390/biomedicines8120607Biomedicines 8(12): 607, 2020

  6. Levitsky VG, Zykova TYu, Moshkin YuM, Zhimulev IF. Nucleosome positioning around transcription start site correlates with gene expression only for active chromatin state in Drosophila interphase chromosomes. (doi: 10.3390/ijms21239282) Int J Mol Sci 21(23): 9282, 2020

  7. Жимулев ИФ, Антоненко ОВ, Деева ЕА, Андреенков ОВ, Андреенкова НГ, Цыбулин СМ, Богомолова ИН, Равкин ЮС, Зыкова ТЮ, Кашинская ЮО, Романов КВ, Сысоев БА, Шнайдер ЕП, Штоль ДА, Машков ВЕ, Жимулев ЕИ, Карякин ИВ. Встречи птиц, редких для Новосибирского Академгородка и его окрестностей на Правобережье Оби (Новосибирская область). Русский орнитологический журнал 29(1959): 3611-3631, 2020

  8. Бияшева ЗМ, Зарипова ЮА, Демакова ОВ, Журалиева АА. Некоторые вопросы антирадоновой защиты в Казахстане. (doi: 10.26577/JAPJ.2020.v95.i3.03) Вестник КазНУ (серия юридическая) №3(95): 24-33, 2020

  9. Veryaskina YuA, Titov SE, Kovynev IB, Pospelova TI, Zhimulev IF. The miRNA profile in non-Hodgkin’s lymphoma patients with secondary myelodysplasia. (doi: 10.3390/cells9102318Cells 9(10): 2318, 2020

  10. Veryaskina YuA, Titov SE, Kovynev IB, Pospelova TI, Zhimulev IF. Prognostic markers of myelodysplastic syndromes. (doi: 10.3390/medicina56080376Medicina 56(8): 376, 2020

  11. Kolesnikova TD, Kolodyazhnaya AV, Pokholkova GV, Schubert V, Dovgan VV, Romanenko SA, Prokopov DYu, Zhimulev IF. Effects of mutations in the Drosophila melanogaster Rif1 gene on the replication and underreplication of pericentromeric heterochromatin in salivary gland polytene chromosomes. (doi: 10.3390/cells9061501) Cells 9(6): 1501, 2020 

  12. Veryaskina YuA, Titov SE, Kometova VV, Rodionov VV, Zhimulev IF. Intratumoral heterogeneity of expression of 16 miRNA in luminal cancer of the mammary gland. (doi: 10.3390/ncrna6020016) Non-Coding RNA 6(2): 16, 2020

  13. Khoroshko VA, Pokholkova GV, Levitsky VG, Zykova TY, Antonenko OV, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Genes containing long introns occupy series of bands and interbands in Drosophila melanogaster polytene chromosomes. (doi: 10.3390/genes11040417) Genes 11(4): 417, 2020

  14. Веряскина ЮА, Титов СЕ, Агакишиев ММ, Забела АВ, Селиванов ВС, Мелихов СП, Ковынев ИБ, Поспелова ТИ, Жимулёв ИФ. Профилирование экспрессии микроРНК в клетках острого проимелоцитарного лейкоза при различном кариотипе. (doi: 10.31857/S0041377120050077Цитология 62(4): 250-257, 2020

  15. Demakova OV, Demakov SA, Boldyreva LV, Zykova TYu, Levitsky VG, Semeshin VF, Pokholkova GV, Sidorenko DS, Goncharov FP, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Faint gray bands in Drosophila melanogaster polytene chromosomes are formed by coding sequences of housekeeping genes. (doi: 10.1007/s00412-019-00728-2Chromosoma 129(1): 25-44, 2020

  16. Literák I, Skyrpan M, Andreyenkova NG. A mixed pair of black and red kites in ukraine, including DNA analysis of hybrid offspring. (doi: 10.2478/s11756-019-00268-1Biologia 75: 115-120, 2020

  17. Андреенков ОВ, Андреенкова НГ, Боксорн АЮ, Кашинская ЮО, Штоль ДА. Новые данные о распространении домового сыча в Новосибирской области и северной части Алтайского края, Россия. (doi: 10.19074/1814-8654-2019-39-282-285) Пернатые хищники и их охрана 39: 282-285, 2019

  18. Андреенков ОВ, Андреенкова НГ, Дубиковский ДВ, Урусов ЛВ, Жимулев ИФ. Новые данные о гнездовании бородатой неясыти в лесостепной зоне Новосибирской области, Россия. (doi: 10.19074/1814-8654-2019-39-275-281) Пернатые хищники и их охрана 39: 275-281, 2019

  19. Карякин ИВ, Николенко ЭГ, Шнайдер ЕП, Зиневич ЛС, Пуликова ГИ, Бартошук К, Хорват М, Юхаш Т, Агабабян К, Андреенкова НГ. Результаты GPS/GSM-трекинга ювенильных степных орлов из России и Казахстана. (doi: 10.19074/1814-8654-2019-39-71-227) Пернатые хищники и их охрана 39: 71-227, 2019

  20. Volkova EI, Andreyenkova NG, Andreyenkov OV, Sidorenko DS, Zhimulev IF, Demakov SA.  Structural and functional dissection of the 5’ region of the Notch gene in Drosophila melanogaster. (doi: 10.3390/genes10121037) Genes 10(12): 1037, 2019

  21. Titov SE, Ivanov MK, Demenkov PS, Katanyan GA, Kozorezova ES, Malek AV, Veryaskina YuA, Zhimulev IF. Combined quantitation of HMGA2 mRNA, microRNAs, and mitochondrial-DNA content enables the identification and typing of thyroid tumors in fine-needle aspiration smears. (doi: 10.1186/s12885-019-6154-7BMC Cancer 19: 1010, 2019

  22. Maksimov DA, Koryakov DE. Binding of SU(VAR)3-9 partially depends on SETDB1 in the chromosomes of Drosophila melanogaster. (doi: 10.3390/cells8091030) Cells 8(9): 1030, 2019

  23. Kolesnikov NN, Veryaskina YuA, Titov SE, Rodionov VV, Gening TP, Abakumova TV, Kometova VV, Torosyan MKh, Zhimulev IF. Expression of micrornas in molecular genetic breast cancer subtypes. (doi: 10.1016/j.ctarc.2016.08.006) Cancer Treat Res Commun 20: 100026, 2019

  24. Зыкова ТЮ, Левицкий ВГ, Жимулев ИФ. Архитектура промоторов генов "домашнего хозяйства" в междисках политенных хромосом Drosophila melanogaster. (doi: 10.31857/S0869-56524851104-109) Доклады Академии Наук 485(1): 104-109, 2019

  25. Sidorenko DS, Sidorenko IA, Zykova TY, Goncharov FP, Larsson J, Zhimulev IF. Molecular and genetic organization of bands and interbands in the dot chromosome of Drosophila melanogaster. (doi: 10.1007/s00412-019-00703-x) Chromosoma 128(2): 97-117, 2019

  26. de Jong TV, Moshkin YuM, Guryev V. Gene expression variability: the other dimension in transcriptome analysis. (doi: 10.1152/physiolgenomics.00128.2018) Physiol Genomics 51(5): 145–158, 2019

  27. Хорошко ВА, Похолкова ГВ, Зыкова ТЮ, Осадчий ИС, Жимулев ИФ. Локализация гена dunce в большой серии близлежащих структур политенной хромосомы Drosophila melanogaster. (doi: 10.31857/S0869-56524844507-510) Доклады Академии Наук 484(4): 507-510, 2019

  28. Maslennikova SO, Gerlinskaya LA, Kontsevaya GV, Anisimova MV, Nedospasov SA,  Feofanova NA, Moshkin MP, Moshkin YM. TNFα is responsible for the canonical offspring number-size trade-off. (doi: 10.1038/s41598-019-38844-9) Sci Reports 9(1): 4568, 2019

  29. Andreyenkova NG, Starikov IJ, Wink M, Karyakin IV, Andreyenkov OV, Zhimulev IF. The problems of genetic support of dividing the black kite (Milvus migrans) into subspecies. (doi: 10.18699/VJ19.486) Вавиловский журнал генетики и селекции 23(2): 226-231, 2019

  30. Andreyenkov OV, Volkova EI, Andreyenkova NG, Demakov SA. The study of the regulatory region of the Drosophila melanogaster Notch gene by new methods of directed genome editing. (doi: 10.18699/VJ19.482) Вавиловский журнал генетики и селекции 23(2): 199-202, 2019

  31. Sidorenko DS, Zykova TYu, Khoroshko VA, Pokholkova GV, Demakov SA, Larsson J, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Polytene chromosomes reflect functional organization of the Drosophila genome. (doi: 10.18699/VJ19.474) Вавиловский журнал генетики и селекции 23(2): 148-153, 2019

  32. Kolesnikova TD, Antonenko OV, Makunin IV. Replication timing in Drosophila and its peculiarities in polytene chromosomes. (doi: 10.18699/VJ19.473) Вавиловский журнал генетики и селекции 23(2): 140-147, 2019

  33. Ступак ЕВ, Титов СЕ, Веряскина ЮА, Ахмерова ЛГ, Жимулёв ИФ, Ступак ВВ, Рабинович СС, Симонович АЕ, Долженко ДА. Значимость микроРНК в прогнозе выживаемости больных с супратенториальными глиомами головного мозга. (doi: 10.21688/1681-3472-2019-1-61-70Патология кровообращения и кардиохирургия 23(1): 61-70, 2019

Публикации за предыдущие годы

Финансирование: 

Программа фундаментальных научных исследований

0246-2021-0014 Организация и функционирование геномов в интерфазных хромосомах. Жимулев ИФ

Гранты РНФ

19-14-00051 Функционирование генома в составе интерфазных хромосом дрозофилы и ржи. Жимулев ИФ

Гранты РФФИ

19-04-00352 Функциональное взаимодействие гистонметилтрансфераз SetDB1 и Su(var)3-9 в хромосомах дрозофилы. Коряков ДЕ

19-44-543017 Картирование белков открытого хроматина и их участие в организации и функционировании генома дрозофилы. Хорошко ВА

20-54-12016 (АААА-А20-120013190007-4) Исследование репликации ДНК в политенных хромосомах Drosophila melanogaster при помощи микроскопии сверхвысокого разрешения. Колесникова ТД

Завершенные гранты

Материалы конференций: 

  1. Kolesnikova TD, Pokholkova GV, Kolodyazhnaya AV, Dovgan VV, Schubert V, Zhimulev I. Super-resolution microscopy reveals the replication dynamics in Drosophila polytene chromosomes. International mini-conference "Chromosomes and Mitosis - 2019". Abstracts book (ISBN 978-5-4437-0971-0). Novosibirsk, 2019. p. 10-11

  2. Kolesnikova TD, Pokholkova GV, Kolodyazhnaya AV, Schubert V. Ultrastructural investigation of early replication in Drosophila polytene chromosomes. Biopolymeres & Cell 35(3): 187-188, 2019

  3. Жимулев ИФ, Демаков СА. Хромосома 2018. Вавиловский журнал генетики и селекции 23(2): 127-128, 2019

  4. Ступак ЕВ, Титов СЕ, Веряскина ЮА, Усмонов ДБ, Кылданов ИК, Жимулев ИФ, Рабинович СС, Ступак ВВ. миРНК как потенциальные предикторы выживания больных с супратенториальными глиомами головного мозга. Российский нейрохирургический журнал им. профессора АЛ Поленова 11(S): 210, 2019

  5. Ступак ЕВ, Титов СЕ, Веряскина ЮА, Жимулев ИФ, Рабинович СС, Ступак ВВ. Результаты профилирования микроРНК в глиомах головного мозга разной степени злокачественности. Цивьяновские чтения. Материалы ХI Всероссийской научно-практической конференции. 2019. с. 183-185

  6. Шевченко СП, Титов СЕ, Веряскина ЮА, Малахина ЕС, Копейкина ЕВ, Гуляева ЛФ, Жимулев ИФ. Использование нескольких типов молекулярных маркеров повышает точность дооперационной диагностики узлов щитовидной железы. Сборник тезисов VIII (XXVI) национального конгресса эндокринологов "Персонализированная медицина и практическое здравоохранение". 2019. с. 732-733

Материалы конференций за предыдущие годы

Доклады: 

  1. Колесникова ТД. Исследование репликационной динамики в политенных хромосомах слюнных желез при помощи микроскопии сверхвысокого разрешения. Международная конференция "Дрозофила в генетике и медицине", 30 сентября – 2 октября 2020, Гатчина, Ленинградская область

  2. Kolesnikova T. The organization of replication in Drosophila polytene chromosomes. 14th International conference on Drosophila heterochromatin, 9-15 June 2019, Spoleto, Italy

  3. Kolesnikova T. Ultrastructural investigation of early replication in Drosophila polytene chromosomes. 26th Wilhelm Bernhard Workshop, 20-23 May 2019, Dijon, France

  4. Zhimulev IF. Polytene chromosomes – a portrait of functional organization of the Drosophila genome. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  5. Kolesnikova TD. Spatial-temporal organization of replication in polytene chromosomes of Drosophila. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  6. Koryakov DE. Genome-wide analysis of Su(var)3-9 distribution in chromosomes of Drosophila melanogaster. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  7. Колесникова ТД. Особенности эволюции районов поздней репликации в геноме дрозофилы. III международная конференция "Современные проблемы биологической эволюции", 16-20 октября 2017, Москва

  8. Жимулев ИФ. Организация интерфазной хромосомы. Научная школа по молекулярной и клеточной биологии. 5-6 октября 2017, Новосибирск

  9. Колесникова ТД. Организация репликации в хромосомах дрозофилы. Научная школа по молекулярной и клеточной биологии. 5-6 октября 2017, Новосибирск

  10. Хорошко ВА. Диски интеркалярного гетерохроматина в политенных хромосомах дрозофилы. Всероссийская конференция "Дрозофила в генетике и медицине", 4-6 октября 2017, Санкт-Петербург

  11. Kolesnikova T. Similarity in replication timing between polytene and diploid cells is associated with the organization of the Drosophila genome. 25th Wilhelm Bernhard Workshop on the Cell Nucleus, June 19-22, 2017, Nizhny Novgorod, Russia

  12. Kolesnikova T. Similarity in replication timing between polytene and diploid cells is associated with the organization of the Drosophila genome. 13th International conference on Drosophila heterochromatin, June 4-10, 2017, Cagliari, Italy

  13. Khoroshko V. Gene location in intercalary chromatin bands in polytene chromosomes of Drosophila melanogaster. 13th International conference on Drosophila heterochromatin, June 4-10, 2017, Cagliari, Italy

  14. Kolesnikova TD. Similarity in replication timing between polytene and diploid cells is associated with the organization of the Drosophila genome. International mini-conference "Chromosomes and Mitosis – 2016", November 25, 2016, Novosibirsk

Доклады за предыдущие годы 

Международное сотрудничество: 

  • The University of California, Berkeley, CA, USA
    Исследование прицентромерного гетерохроматина дрозофилы

  • Netherlands Cancer Institute, Amsterdam, Netherlands
    Микрочиповый анализ данных по экспрессии генов

  • Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Halle, Germany
    Исследование прицентромерного гетерохроматина дрозофилы

  • Università di Roma “Sapienza”, Italy
    Исследование прицентромерного гетерохроматина дрозофилы

  • Universidad Autónoma de Madrid, Spain
    Исследование прицентромерного гетерохроматина дрозофилы

  • Harvard University, Boston, MA, USA
    Исследование системы дозовой компенсации дрозофилы

  • Department of Molecular Biology, Umeå University, Umeå, Sweden
    Молекулярная организация хромосомы 4 дрозофилы

  • University of Veterinary and Pharmaceutical Science, Brno, Czech Republic
    Молекулярная генетика птиц

  • Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, Gatersleben, Germany
    Микроскопия сверхвысокого разрешения

Патенты: 

  • Ступак ЕВ, Рабинович СС, Ступак ВВ, Колесников НН, Титов СЕ, Ахмерова ЛГ, Веряскина ЮА, Жимулев ИФ. Способ интраоперационного забора биоптата глиомы и морфологически неизменной ткани головного мозга для молекулярно-генетических исследований. Патент на изобретение №2651749. Зарегистрирован в Государственном реестре изобретений Российской Федерации 23.04.2018

  • Колесников НН, Титов СЕ, Ахмерова ЛГ, Веряскина ЮА, Иванов МК, Ступак ВВ, Ступак ЕВ, Мишинов СВ, Жимулев ИФ. Cпособ дифференциальной диагностики глиом головного мозга человека. Патент на изобретение №2583871. Зарегистрирован в Государственном реестре изобретений Российской Федерации 14.04.2016

  • Колесников НН, Титов СЕ, Ахмерова ЛГ, Веряскина ЮА, Иванов МК, Цивликова ЕС, Полоз ТЛ, Шевченко СП, Карпинская ЕВ, Жимулев ИФ. Cпособ дифференциальной диагностики новообразований щитовидной железы человека. Патент на изобретение №2569154. Зарегистрирован в Государственном реестре изобретений Российской Федерации 26.10.2015

  • Колесников НН, Титов СЕ, Ахмерова ЛГ, Веряскина ЮА, Иванов МК, Шевченко СП, Карпинская ЕВ, Жимулев ИФ. Способ определения доброкачественных и злокачественных новообразований щитовидной железы человека. Патент на изобретение №2548773. Зарегистрирован в Государственном реестре изобретений Российской Федерации 24.03.2015

  • Гончаров ФП, Болдырева ЛВ, Демакова ОВ, Жимулев ИФ. Программа для ЭВМ HMM4Band. Свидетельство №2014618888. Зарегистрирована в Государственном реестре программ для ЭВМ 01.09.2014

Награды: 

Государственные награды

Медаль ордена “За заслуги перед Отечеством” II степени

Беляева ЕС (1999)

Жимулев ИФ (2008)

Звание “Заслуженный деятель науки Российской Федерации”

Беляева ЕС (2007)

Государственная премия Российской Федерации

Жимулев ИФ, Беляева ЕС, Семешин ВФ (2002)

Премия РАН имени Н.К. Кольцова

Жимулев ИФ, Беляева ЕС, Семешин ВФ (2000)

Премия Президиума СО АН СССР

Жимулев ИФ, Беляева ЕС, Семешин ВФ (1984)

Медаль и премия РАН для молодых ученых

Коряков ДЕ (2002)

Колесникова ТД (2006)

Медаль и премия Европейской академии (Academia Europaea) для молодых ученых

Коряков ДЕ (1999)

Колесникова ТД (2008)

Императорский и Царский Орден Святого Станислава 3 степени

Жимулев ИФ (2012) (фото) (фото)

Памятная медаль в честь 60-летия СО РАН

Жимулев ИФ (2017)

Юбилейная медаль “80 лет Новосибирской области”

Жимулев ИФ, Беляева ЕС (2017)

Памятный знак "За труд на благо города"

Беляева ЕС (2013)

Жимулев ИФ (2003, 2013)

Коряков ДЕ (2003)

Похолкова ГВ (2013)

Семешин ВФ (2013)

Шмакова МА (2013)

Почетная грамота СО РАН

Коряков ДЕ (2007)