Отдел структуры и функции хромосом

Лаборатория молекулярной цитогенетики

Жимулев Игорь Федорович
Заведующий отделом
Заведующий лабораторией

Curriculum vitae

Сотрудники: 
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Жимулев Игорь Федорович зав. лаб. дбн zhimulevatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg   eLIBRARY_logo.png Похолкова Галина Витальевна внс дбн galinaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg   eLIBRARY_logo.png Демакова Ольга Викторовна внс кбн demakovaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Коряков Дмитрий Евгеньевич внс кбн koryakovatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Колесникова Татьяна Дмитриевна внс кбн kolesnikovaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg   eLIBRARY_logo.png Антоненко Оксана Викторовна нс кбн ovantatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Хорошко Варвара Андреевна мнс   vicernaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg   Макунин Игорь Васильевич ст. лаб.-иссл.  кбн  
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Гончаров Фёдор Павлович ст. лаб.-иссл.   fedoratmcb [dot] nsc [dot] ru
        Мальцева Мария Васильевна ст. лаб.-иссл.    
        Довгань Виктория Викторовна ст. лаб.   dovganatmcb [dot] nsc [dot] ru
        Колодяжная Александра Владимировна ст. лаб.    
        Шулуткова Алена Евгеньевна ст. лаб.   shulutkova [dot] alenaatmcb [dot] nsc [dot] ru
        Графодатская Виктория Евгеньевна ст. лаб.   vikaatmcb [dot] nsc [dot] ru
        Шмакова Маргарита Алексеевна ст. лаб.    
        Долбак Евгения Александровна ст. лаб.   eugenyatmcb [dot] nsc [dot] ru
  scopus_logo.jpg   Мошкин Юрий Михайлович нс совм. кбн  
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Андреенкова Наталья Григорьевна ст. лаб.-иссл. совм. кбн anataatmcb [dot] nsc [dot] ru
        Татаринов Михаил Васильевич инженер совм.    

Бывшие сотрудники:

Беляева Елена Сергеевна, дбн
Иванов Роман Артемович
Нерушева (Кокоза) Елена Борисовна, кбн
Семешин Валерий Федорович, дбн
Скворцова Татьяна Эвальдовна

Направления исследований: 
  • Организация хроматина в интерфазных хромосомах
  • Гетерохроматин
  • Политенные хромосомы в питающих клетках ооцитов
BDGP_logo.jpg

Сотрудники лаборатории участвовали в создании Release 6 reference sequence of the Drosophila melanogaster genome

 

ПУБЛИЧНЫЕ ЛЕКЦИИ:

you_tube.jpg Эпигенетика и полифенизм насекомых. Публичная лекция кбн ТД Колесниковой
you_tube.jpg Эпигенетика. Новая парадигма? Публичная лекция кбн ТД Колесниковой

Публикации: 

  1. Kolesnikova TD, Kolodyazhnaya AV, Pokholkova GV, Schubert V, Dovgan VV, Romanenko SA, Prokopov DYu, Zhimulev IF. Effects of mutations in the Drosophila melanogaster Rif1 gene on the replication and underreplication of pericentromeric heterochromatin in salivary gland polytene chromosomes. (doi: 10.3390/cells9061501) Cells 9(6): 1501, 2020 

  2. Veryaskina YuA, Titov SE, Kometova VV, Rodionov VV, Zhimulev IF. Intratumoral heterogeneity of expression of 16 miRNA in luminal cancer of the mammary gland. (doi: 10.3390/ncrna6020016) Non-Coding RNA 6(2): 16, 2020

  3. Khoroshko VA, Pokholkova GV, Levitsky VG, Zykova TY, Antonenko OV, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Genes containing long introns occupy series of bands and interbands in Drosophila melanogaster polytene chromosomes. (doi: 10.3390/genes11040417) Genes 11(4): 417, 2020

  4. Веряскина ЮА, Титов СЕ, Агакишиев ММ, Забела АВ, Селиванов ВС, Мелихов СП, Ковынев ИБ, Поспелова ТИ, Жимулёв ИФ. Профилирование экспрессии микроРНК в клетках острого проимелоцитарного лейкоза при различном кариотипе. (doi: 10.31857/S0041377120050077) Цитология 62(4): 250-257, 2020

  5. Demakova OV, Demakov SA, Boldyreva LV, Zykova TYu, Levitsky VG, Semeshin VF, Pokholkova GV, Sidorenko DS, Goncharov FP, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Faint gray bands in Drosophila melanogaster polytene chromosomes are formed by coding sequences of housekeeping genes. (doi: 10.1007/s00412-019-00728-2) Chromosoma 129(1): 25-44, 2020

  6. Literák I, Skyrpan M, Andreyenkova NG. A mixed pair of black and red kites in ukraine, including DNA analysis of hybrid offspring. (doi: 10.2478/s11756-019-00268-1) Biologia 75: 115-120, 2020

  7. Volkova EI, Andreyenkova NG, Andreyenkov OV, Sidorenko DS, Zhimulev IF, Demakov SA.  Structural and functional dissection of the 5’ region of the Notch gene in Drosophila melanogaster. (doi: 10.3390/genes10121037) Genes 10(12): 1037, 2019

  8. Titov SE, Ivanov MK, Demenkov PS, Katanyan GA, Kozorezova ES, Malek AV, Veryaskina YuA, Zhimulev IF. Combined quantitation of HMGA2 mRNA, microRNAs, and mitochondrial-DNA content enables the identification and typing of thyroid tumors in fine-needle aspiration smears. (doi: 10.1186/s12885-019-6154-7) BMC Cancer 19: 1010, 2019

  9. Maksimov DA, Koryakov DE. Binding of SU(VAR)3-9 partially depends on SETDB1 in the chromosomes of Drosophila melanogaster. (doi: 10.3390/cells8091030) Cells 8(9): 1030, 2019

  10. Kolesnikov NN, Veryaskina YuA, Titov SE, Rodionov VV, Gening TP, Abakumova TV, Kometova VV, Torosyan MKh, Zhimulev IF. Expression of micrornas in molecular genetic breast cancer subtypes. (doi: 10.1016/j.ctarc.2016.08.006) Cancer Treat Res Commun 20: 100026, 2019

  11. Зыкова ТЮ, Левицкий ВГ, Жимулев ИФ. Архитектура промоторов генов "домашнего хозяйства" в междисках политенных хромосом Drosophila melanogaster. (doi: 10.31857/S0869-56524851104-109) Доклады Академии Наук 485(1): 104-109, 2019

  12. Sidorenko DS, Sidorenko IA, Zykova TY, Goncharov FP, Larsson J, Zhimulev IF. Molecular and genetic organization of bands and interbands in the dot chromosome of Drosophila melanogaster. (doi: 10.1007/s00412-019-00703-x) Chromosoma 128(2): 97-117, 2019

  13. de Jong TV, Moshkin YuM, Guryev V. Gene expression variability: the other dimension in transcriptome analysis. (doi: 10.1152/physiolgenomics.00128.2018) Physiol Genomics 51(5): 145–158, 2019

  14. Хорошко ВА, Похолкова ГВ, Зыкова ТЮ, Осадчий ИС, Жимулев ИФ. Локализация гена dunce в большой серии близлежащих структур политенной хромосомы Drosophila melanogaster. (doi: 10.31857/S0869-56524844507-510) Доклады Академии Наук 484(4): 507-510, 2019

  15. Maslennikova SO, Gerlinskaya LA, Kontsevaya GV, Anisimova MV, Nedospasov SA,  Feofanova NA, Moshkin MP, Moshkin YM. TNFα is responsible for the canonical offspring number-size trade-off. (doi: 10.1038/s41598-019-38844-9) Sci Reports 9(1): 4568, 2019

  16. Andreyenkova NG, Starikov IJ, Wink M, Karyakin IV, Andreyenkov OV, Zhimulev IF. The problems of genetic support of dividing the black kite (Milvus migrans) into subspecies. (doi: 10.18699/VJ19.486) Вавиловский журнал генетики и селекции 23(2): 226-231, 2019

  17. Andreyenkov OV, Volkova EI, Andreyenkova NG, Demakov SA. The study of the regulatory region of the Drosophila melanogaster Notch gene by new methods of directed genome editing. (doi: 10.18699/VJ19.482) Вавиловский журнал генетики и селекции 23(2): 199-202, 2019

  18. Sidorenko DS, Zykova TYu, Khoroshko VA, Pokholkova GV, Demakov SA, Larsson J, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Polytene chromosomes reflect functional organization of the Drosophila genome. (doi: 10.18699/VJ19.474) Вавиловский журнал генетики и селекции 23(2): 148-153, 2019

  19. Kolesnikova TD, Antonenko OV, Makunin IV. Replication timing in Drosophila and its peculiarities in polytene chromosomes. (doi: 10.18699/VJ19.473) Вавиловский журнал генетики и селекции 23(2): 140-147, 2019

  20. Андреенков ОВ, Андреенкова НГ. Обзор современных данных о состоянии популяции орлана-долгохвоста. (doi: 10.19074/1814-8654-2018-37-54-65) Пернатые хищники и их охрана 37: 54-65, 2018

  21. Зыкова ТЮ, Попова ОО, Хорошко ВА, Левицкий ВГ, Лавров СА, Жимулев ИФ. Генетическая организация доменов открытого типа, расположенных в междисках политенных хромосом дрозофилы. (doi: 10.31857/S086956520003420-5) Доклады Академии Наук 483(1): 98-102, 2018

  22. Андреенкова Н, Андреенков О, Карякин И, Жимулев И. Новые гаплотипы митохондриального гена CytB в гнездящейся популяции сибирского подвида черного коршуна Milvus migrans lineatus Gray, 1831 на территории республики Тыва. (doi: 10.31857/S086956520003206-9) Доклады Академии Наук 482(2): 217-219, 2018

  23. Хорошко ВА, Зыкова TЮ, Попова ОО, Жимулев ИФ. Структура границ дисков интеркалярного гетерохроматина политенных хромосом Drosophila melanogaster. (doi: 10.7868/S0869565218110257) Доклады Академии Наук 479(5): 589-592, 2018

  24. Колесникова ТД. Дисковый рисунок политенных хромосом как отражение универсальных принципов организации хроматина в топологические домены. (doi: 10.1134/S0006297918040053) Биохимия 83(4): 480-492, 2018

  25. Kolesnikova TD, Goncharov FP, Zhimulev IF. Similarity in replication timing between polytene and diploid cells is associated with the organization of the Drosophila genome. (doi: 10.1371/journal.pone.0195207) PLoS ONE 13(4): e0195207, 2018

  26. Pokholkova GV, Demakov SA, Andreenkov OV, Andreenkova NG, Volkova EI, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Tethering of CHROMATOR and dCTCF proteins results in decompaction of condensed bands in the Drosophila melanogaster polytene chromosomes but does not affect their transcription and replication timing. (doi: 10.1371/journal.pone.0192634) PLoS ONE 13(4): e0192634, 2018

  27. Zykova TYu, Levitsky VG, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Polytene chromosomes – a portrait of functional organization of the Drosophila genome. (doi: 10.2174/1389202918666171016123830) Curr Genomics 19(3): 179-191, 2018

  28. Maksimov DA, Laktionov PP, Posukh OV, Belyakin SN, Koryakov DE. Genome-wide analysis of SU(VAR)3-9 distribution in chromosomes of Drosophila melanogaster. (doi: 10.1007/s00412-017-0647-4) Chromosoma 127(1): 85-102, 2018 

Публикации за предыдущие годы

Финансирование: 

Программа фундаментальных научных исследований

0310-2019-0003 Организация интерфазных хромосом и структура генома. Жимулев ИФ

Гранты РНФ

19-14-00051 Функционирование генома в составе интерфазных хромосом дрозофилы и ржи. Жимулев ИФ

Гранты РФФИ

17-00-00284 Комплексный анализ организации промоторов повсеместно активных и тканеспецифичных генов Drosophila melanogaster. Жимулев ИФ

19-04-00352 Функциональное взаимодействие гистонметилтрансфераз SetDB1 и Su(var)3-9 в хромосомах дрозофилы. Коряков ДЕ

19-44-543017 Картирование белков открытого хроматина и их участие в организации и функционировании генома дрозофилы. Хорошко ВА

20-54-12016 (АААА-А20-120013190007-4) Исследование репликации ДНК в политенных хромосомах Drosophila melanogaster при помощи микроскопии сверхвысокого разрешения. Колесникова ТД

Завершенные гранты

Материалы конференций: 

  1. Kolesnikova TD, Pokholkova GV, Kolodyazhnaya AV, Dovgan VV, Schubert V, Zhimulev I. Super-resolution microscopy reveals the replication dynamics in Drosophila polytene chromosomes. International mini-conference "Chromosomes and Mitosis - 2019". Abstracts book (ISBN 978-5-4437-0971-0). Novosibirsk, 2019. p. 10-11

  2. Kolesnikova TD, Pokholkova GV, Kolodyazhnaya AV, Schubert V. Ultrastructural investigation of early replication in Drosophila polytene chromosomes. Biopolymeres & Cell 35(3): 187-188, 2019

  3. Жимулев ИФ, Демаков СА. Хромосома 2018. Вавиловский журнал генетики и селекции 23(2): 127-128, 2019

  4. Андреенков ОВ, Андреенкова НГ, Волкова ЕИ, Демаков СА. Получение направленных делеций в регуляторной зоне гена Notch с использованием CRISPR/Cas-опосредованного метода редактирования геномов. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 92

  5. Zhimulev IF, Zykova TYu, Levitsky VG, Antonenko O, Belyaeva ES. A portrait of functional organization of the Drosophila genome – polytene chromosomes. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 88

  6. Zykova TYu, Levitsky VG, Zhimulev IF. Interband architecture in Drosophila polytene chromosomes. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с.89

  7. Sidorenko DS, Sidorenko IA, Zykova TYu, Kolesnikova TD, Goncharov FP, Zhimulev IF. Molecular and genetic organization of bands and interbands in the dot chromosome of Drosophila melanogaster. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 75

  8. Pokholkova GV, Demakov SA, Andreenkov OV, Andreenkova NG, Volkova EI, Antonenko OV, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Tethering of insulator proteins results in decompaction of condensed bands in the Drosophila melanogaster polytene chromosomes. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 60

  9. Maksimov DA, Laktionov PP, Posukh OV, Belyakin SN, Koryakov DE. Genome-wide analysis of SU(VAR)3-9 distribution in chromosomes of Drosophila melanogaster. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 49

  10. Kolesnikova TD, Goncharov FP, Zhimulev IF. Spatial-temporal organization of replication in polytene chromosomes of Drosophila. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 38

  11. Khoroshko V, Pokholkova G, Zykova T, Zhimulev I. Gene location in intercalary heterochromatin bands of Drosophila melanogaster polytene chromosomes. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 32

  12. Andreyenkova NG, Andreyenkov OV, Karyakin IV, Popova OO, Zhimulev IF. Рhylogeography of the black kite (Milvus migrans) based on mitochondrial cytochrome b gene polymorphism. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 1

  13. Ступак ЕВ, Титов СЕ, Ступак ВВ, Веряскина ЮА, Ахмерова ЛГ, Иванов МК, Жилулев ИФ, Колесников НН, Рабинович СС. МикроРНК как генетические маркеры в диагностике глиом головного мозга. Российский нейрохирургический журнал им. профессора АЛ Поленова X(S): 235, 2018

  14. Веряскина ЮА, Катанян ГА, Жимулев ИФ, Титов СЕ, Малек АВ, Козорезова ЕС, Шевченко СП, Иванов МК. Молекулярно-генетический анализ смывов с цитологических препаратов узлов щитовидной железы для повышения точности и информативности дооперационной диагностики. Материалы IV Петербургского международного онкологического форума. 2018, с. 173, ISBN 978-5-9908557-7-9

Материалы конференций за предыдущие годы

Доклады: 

  1. Kolesnikova T. The organization of replication in Drosophila polytene chromosomes. 14th International conference on Drosophila heterochromatin, 9-15 June 2019, Spoleto, Italy

  2. Kolesnikova T. Ultrastructural investigation of early replication in Drosophila polytene chromosomes. 26th Wilhelm Bernhard Workshop, 20-23 May 2019, Dijon, France

  3. Zhimulev IF. Polytene chromosomes – a portrait of functional organization of the Drosophila genome. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  4. Kolesnikova TD. Spatial-temporal organization of replication in polytene chromosomes of Drosophila. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  5. Koryakov DE. Genome-wide analysis of Su(var)3-9 distribution in chromosomes of Drosophila melanogaster. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  6. Колесникова ТД. Особенности эволюции районов поздней репликации в геноме дрозофилы. III международная конференция "Современные проблемы биологической эволюции", 16-20 октября 2017, Москва

  7. Хорошко ВА. Диски интеркалярного гетерохроматина в политенных хромосомах дрозофилы. Всероссийская конференция "Дрозофила в генетике и медицине", 4-6 октября 2017, Санкт-Петербург

  8. Kolesnikova T. Similarity in replication timing between polytene and diploid cells is associated with the organization of the Drosophila genome. 25th Wilhelm Bernhard Workshop on the Cell Nucleus, June 19-22, 2017, Nizhny Novgorod, Russia

  9. Kolesnikova T. Similarity in replication timing between polytene and diploid cells is associated with the organization of the Drosophila genome. 13th International conference on Drosophila heterochromatin, June 4-10, 2017, Cagliari, Italy

  10. Khoroshko V. Gene location in intercalary chromatin bands in polytene chromosomes of Drosophila melanogaster. 13th International conference on Drosophila heterochromatin, June 4-10, 2017, Cagliari, Italy

  11. Kolesnikova TD. Similarity in replication timing between polytene and diploid cells is associated with the organization of the Drosophila genome. International mini-conference "Chromosomes and Mitosis – 2016", November 25, 2016, Novosibirsk

Доклады за предыдущие годы ​

Международное сотрудничество: 

  • The University of California, Berkeley, CA, USA
    Исследование прицентромерного гетерохроматина дрозофилы

  • Netherlands Cancer Institute, Amsterdam, Netherlands
    Микрочиповый анализ данных по экспрессии генов

  • Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Halle, Germany
    Исследование прицентромерного гетерохроматина дрозофилы

  • Università di Roma “Sapienza”, Italy
    Исследование прицентромерного гетерохроматина дрозофилы

  • Universidad Autónoma de Madrid, Spain
    Исследование прицентромерного гетерохроматина дрозофилы

  • Harvard University, Boston, MA, USA
    Исследование системы дозовой компенсации дрозофилы

  • Department of Molecular Biology, Umeå University, Umeå, Sweden
    Молекулярная организация хромосомы 4 дрозофилы

  • University of Veterinary and Pharmaceutical Science, Brno, Czech Republic
    Молекулярная генетика птиц

  • Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, Gatersleben, Germany
    Микроскопия сверхвысокого разрешения

Патенты: 

  • Ступак ЕВ, Рабинович СС, Ступак ВВ, Колесников НН, Титов СЕ, Ахмерова ЛГ, Веряскина ЮА, Жимулев ИФ. Способ интраоперационного забора биоптата глиомы и морфологически неизменной ткани головного мозга для молекулярно-генетических исследований. Патент на изобретение №2651749. Зарегистрирован в Государственном реестре изобретений Российской Федерации 23.04.2018

  • Колесников НН, Титов СЕ, Ахмерова ЛГ, Веряскина ЮА, Иванов МК, Ступак ВВ, Ступак ЕВ, Мишинов СВ, Жимулев ИФ. Cпособ дифференциальной диагностики глиом головного мозга человека. Патент на изобретение №2583871. Зарегистрирован в Государственном реестре изобретений Российской Федерации 14.04.2016

  • Колесников НН, Титов СЕ, Ахмерова ЛГ, Веряскина ЮА, Иванов МК, Цивликова ЕС, Полоз ТЛ, Шевченко СП, Карпинская ЕВ, Жимулев ИФ. Cпособ дифференциальной диагностики новообразований щитовидной железы человека. Патент на изобретение №2569154. Зарегистрирован в Государственном реестре изобретений Российской Федерации 26.10.2015

  • Колесников НН, Титов СЕ, Ахмерова ЛГ, Веряскина ЮА, Иванов МК, Шевченко СП, Карпинская ЕВ, Жимулев ИФ. Способ определения доброкачественных и злокачественных новообразований щитовидной железы человека. Патент на изобретение №2548773. Зарегистрирован в Государственном реестре изобретений Российской Федерации 24.03.2015

  • Гончаров ФП, Болдырева ЛВ, Демакова ОВ, Жимулев ИФ. Программа для ЭВМ HMM4Band. Свидетельство №2014618888. Зарегистрирована в Государственном реестре программ для ЭВМ 01.09.2014

Награды: 

Государственные награды

Медаль ордена “За заслуги перед Отечеством” II степени

Беляева ЕС (1999)

Жимулев ИФ (2008)

Звание “Заслуженный деятель науки Российской Федерации”

Беляева ЕС (2007)

Государственная премия Российской Федерации

Жимулев ИФ, Беляева ЕС, Семешин ВФ (2002)

Премия РАН имени Н.К. Кольцова

Жимулев ИФ, Беляева ЕС, Семешин ВФ (2000)

Премия Президиума СО АН СССР

Жимулев ИФ, Беляева ЕС, Семешин ВФ (1984)

Медаль и премия РАН для молодых ученых

Коряков ДЕ (2002)

Колесникова ТД (2006)

Медаль и премия Европейской академии (Academia Europaea) для молодых ученых

Коряков ДЕ (1999)

Колесникова ТД (2008)

Императорский и Царский Орден Святого Станислава 3 степени

Жимулев ИФ (2012) (фото) (фото)

Памятная медаль в честь 60-летия СО РАН

Жимулев ИФ (2017)

Юбилейная медаль “80 лет Новосибирской области”

Жимулев ИФ, Беляева ЕС (2017)

Памятный знак "За труд на благо города"

Беляева ЕС (2013)

Жимулев ИФ (2003, 2013)

Коряков ДЕ (2003)

Похолкова ГВ (2013)

Семешин ВФ (2013)

Шмакова МА (2013)

Почетная грамота СО РАН

Коряков ДЕ (2007)

Отдел регуляции генетических процессов