Отдел структуры и функции хромосом

Лаборатория молекулярной цитогенетики

Жимулев Игорь Федорович
Заведующий отделом
Заведующий лабораторией

Curriculum vitae

Сотрудники: 
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Жимулев Игорь Федорович зав. лаб. дбн zhimulevatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg   eLIBRARY_logo.png Похолкова Галина Витальевна внс дбн galinaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg   eLIBRARY_logo.png Демакова Ольга Викторовна внс кбн demakovaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Коряков Дмитрий Евгеньевич внс кбн koryakovatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Колесникова Татьяна Дмитриевна внс кбн kolesnikovaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg   eLIBRARY_logo.png Антоненко Оксана Викторовна нс кбн ovantatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Хорошко Варвара Андреевна мнс   vicernaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg   Макунин Игорь Васильевич ст. лаб.-иссл.  кбн  
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Гончаров Фёдор Павлович ст. лаб.-иссл.   fedoratmcb [dot] nsc [dot] ru
        Шулуткова Алена Евгеньевна ст. лаб.   shulutkova [dot] alenaatmcb [dot] nsc [dot] ru
        Графодатская Виктория Евгеньевна ст. лаб.   vikaatmcb [dot] nsc [dot] ru
        Шмакова Маргарита Алексеевна ст. лаб.    
        Долбак Евгения Александровна ст. лаб.   eugenyatmcb [dot] nsc [dot] ru
        Довгань Виктория Викторовна ст. лаб.   dovganatmcb [dot] nsc [dot] ru
  scopus_logo.jpg   Мошкин Юрий Михайлович нс совм. кбн  
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Андреенкова Наталья Григорьевна ст. лаб.-иссл. совм. кбн anataatmcb [dot] nsc [dot] ru
        Скворцова Татьяна Эвальдовна ст. лаб.-иссл.
совм.		    
        Татаринов Михаил Васильевич инженер совм.    

Бывшие сотрудники:

Беляева Елена Сергеевна, дбн
Иванов Роман Артемович
Нерушева (Кокоза) Елена Борисовна, кбн
Семешин Валерий Федорович, дбн

Направления исследований: 
  • Организация хроматина в интерфазных хромосомах
  • Гетерохроматин
  • Политенные хромосомы в питающих клетках ооцитов
BDGP_logo.jpg

Сотрудники лаборатории участвовали в создании Release 6 reference sequence of the Drosophila melanogaster genome

 

ПУБЛИЧНЫЕ ЛЕКЦИИ:

you_tube.jpg Эпигенетика и полифенизм насекомых. Публичная лекция кбн ТД Колесниковой
you_tube.jpg Эпигенетика. Новая парадигма? Публичная лекция кбн ТД Колесниковой

Публикации: 

  1. Literák I, Skyrpan M, Andreyenkova NG. A mixed pair of black and red kites in ukraine, including DNA analysis of hybrid offspring. Biologia, 2019, doi: 10.2478/s11756-019-00268-1

  2. Maksimov DA, Koryakov DE. Binding of SU(VAR)3-9 partially depends on SETDB1 in the chromosomes of Drosophila melanogaster. (doi: 10.3390/cells8091030) Cells 8(9): 1030, 2019

  3. Kolesnikov NN, Veryaskina YuA, Titov SE, Rodionov VV, Gening TP, Abakumova TV, Kometova VV, Torosyan MKh, Zhimulev IF. Expression of micrornas in molecular genetic breast cancer subtypes. (doi: 10.1016/j.ctarc.2016.08.006) Cancer Treat Res Commun 20: 100026, 2019

  4. Зыкова ТЮ, Левицкий ВГ, Жимулев ИФ. Архитектура промоторов генов "домашнего хозяйства" в междисках политенных хромосом Drosophila melanogaster. (doi: 10.31857/S0869-56524851104-109) Доклады Академии Наук 485(1): 104-109, 2019

  5. Sidorenko DS, Sidorenko IA, Zykova TY, Goncharov FP, Larsson J, Zhimulev IF. Molecular and genetic organization of bands and interbands in the dot chromosome of Drosophila melanogaster. (doi: 10.1007/s00412-019-00703-x) Chromosoma 128(2): 97-117, 2019

  6. de Jong TV, Moshkin YuM, Guryev V. Gene expression variability: the other dimension in transcriptome analysis. (doi: 10.1152/physiolgenomics.00128.2018) Physiol Genomics 51(5): 145–158, 2019

  7. Хорошко ВА, Похолкова ГВ, Зыкова ТЮ, Осадчий ИС, Жимулев ИФ. Локализация гена dunce в большой серии близлежащих структур политенной хромосомы Drosophila melanogaster. (doi: 10.31857/S0869-56524844507-510) Доклады Академии Наук 484(4): 507-510, 2019

  8. Maslennikova SO, Gerlinskaya LA, Kontsevaya GV, Anisimova MV, Nedospasov SA,  Feofanova NA, Moshkin MP, Moshkin YM. TNFα is responsible for the canonical offspring number-size trade-off. (doi: 10.1038/s41598-019-38844-9) Sci Reports 9(1): 4568, 2019

  9. Andreyenkova NG, Starikov IJ, Wink M, Karyakin IV, Andreyenkov OV, Zhimulev IF. The problems of genetic support of dividing the black kite (Milvus migrans) into subspecies. (doi: 10.18699/VJ19.486) Вавиловский журнал генетики и селекции 23(2): 226-231, 2019

  10. Andreyenkov OV, Volkova EI, Andreyenkova NG, Demakov SA. The study of the regulatory region of the Drosophila melanogaster Notch gene by new methods of directed genome editing. (doi: 10.18699/VJ19.482) Вавиловский журнал генетики и селекции 23(2): 199-202, 2019

  11. Sidorenko DS, Zykova TYu, Khoroshko VA, Pokholkova GV, Demakov SA, Larsson J, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Polytene chromosomes reflect functional organization of the Drosophila genome. (doi: 10.18699/VJ19.474) Вавиловский журнал генетики и селекции 23(2): 148-153, 2019

  12. Kolesnikova TD, Antonenko OV, Makunin IV. Replication timing in Drosophila and its peculiarities in polytene chromosomes. (doi: 10.18699/VJ19.473) Вавиловский журнал генетики и селекции 23(2): 140-147, 2019

  13. Андреенков ОВ, Андреенкова НГ. Обзор современных данных о состоянии популяции орлана-долгохвоста. (doi: 10.19074/1814-8654-2018-37-54-65) Пернатые хищники и их охрана 37: 54-65, 2018

  14. Зыкова ТЮ, Попова ОО, Хорошко ВА, Левицкий ВГ, Лавров СА, Жимулев ИФ. Генетическая организация доменов открытого типа, расположенных в междисках политенных хромосом дрозофилы. (doi: 10.31857/S086956520003420-5) Доклады Академии Наук 483(1): 98-102, 2018

  15. Андреенкова Н, Андреенков О, Карякин И, Жимулев И. Новые гаплотипы митохондриального гена CytB в гнездящейся популяции сибирского подвида черного коршуна Milvus migrans lineatus Gray, 1831 на территории республики Тыва. (doi: 10.31857/S086956520003206-9) Доклады Академии Наук 482(2): 217-219, 2018

  16. Хорошко ВА, Зыкова TЮ, Попова ОО, Жимулев ИФ. Структура границ дисков интеркалярного гетерохроматина политенных хромосом Drosophila melanogaster. (doi: 10.7868/S0869565218110257) Доклады Академии Наук 479(5): 589-592, 2018

  17. Колесникова ТД. Дисковый рисунок политенных хромосом как отражение универсальных принципов организации хроматина в топологические домены. (doi: 10.1134/S0006297918040053) Биохимия 83(4): 480-492, 2018

  18. Kolesnikova TD, Goncharov FP, Zhimulev IF. Similarity in replication timing between polytene and diploid cells is associated with the organization of the Drosophila genome. (doi: 10.1371/journal.pone.0195207) PLoS ONE 13(4): e0195207, 2018

  19. Pokholkova GV, Demakov SA, Andreenkov OV, Andreenkova NG, Volkova EI, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Tethering of CHROMATOR and dCTCF proteins results in decompaction of condensed bands in the Drosophila melanogaster polytene chromosomes but does not affect their transcription and replication timing. (doi: 10.1371/journal.pone.0192634) PLoS ONE 13(4): e0192634, 2018

  20. Zykova TYu, Levitsky VG, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Polytene chromosomes – a portrait of functional organization of the Drosophila genome. (doi: 10.2174/1389202918666171016123830) Curr Genomics 19(3): 179-191, 2018

  21. Maksimov DA, Laktionov PP, Posukh OV, Belyakin SN, Koryakov DE. Genome-wide analysis of SU(VAR)3-9 distribution in chromosomes of Drosophila melanogaster. (doi: 10.1007/s00412-017-0647-4) Chromosoma 127(1): 85-102, 2018 

  22. Захаренко ЛП, Петровский ДВ, Дранов ИГ, Федорова СА, Юдин НС, Пиндюрин АВ, Мошкин ЮМ. Связь между фенотипической робастностью и средней продолжительностью жизни у Drosophila melanogaster. Вавиловский журнал генетики и селекции 21(7): 816-824, 2017

  23. Posukh OV, Maksimov DA, Laktionov PP, Koryakov DE, Belyakin SN. Functional dissection of Drosophila melanogaster SUUR protein influence on H3K27me3 profile. (doi: 10.1186/s13072-017-0163-z) Epigenetics Chromatin 10: 56, 2017

  24. Rykova E, Sizikov A, Roggenbuck D, Antonenko O, Bryzgalov L, Morozkin E, Skvortsova K, Vlassov V, Laktionov P, Kozlov V. Circulating DNA in rheumatoid arthritis: pathological changes and association with clinically used serological markers. (doi: 10.1186/s13075-017-1295-z) Arthritis Res Ther 19: 85, 2017

  25. Andreyeva EN, Bernardo TJ, Kolesnikova TD, Lu X, Yarinich LA, Bartholdy BA, Guo X, Posukh OV, Healton S, Willcockson MA, Pindyurin AV, Zhimulev IF, Skoultchi AI, Fyodorov DV. Regulatory functions and chromatin loading dynamics of linker histone H1 during endoreplication in Drosophila. (doi: 10.1101/gad.295717.116) Genes Dev 31: 603-616, 2017

  26. Romashchenko AV, Kan T-W, Petrovski DV, Gerlinskaya LA, Moshkin MP, Moshkin YuM. Nanoparticles associate with intrinsically disordered RNA-binding proteins. (doi: 10.1021/acsnano.6b05992) ACS Nano 11(2): 1328-1339, 2017 

  27. Boldyreva LV, Goncharov FP, Demakova OV, Zykova TYu, Levitsky VG, Kolesnikov NN, Pindyurin AV, Semeshin VF, Zhimulev IF. Protein and genetic composition of four chromatin types in Drosophila melanogaster cell lines. (doi:  10.2174/1389202917666160512164913) Curr Genomics 18(2): 214-226, 2017

  28. Андреенков ОВ, Андреенкова НГ, Жимулёв ИФ, Фон Эйлер Ф. Первый факт гнездования сапсана на дереве в Сибири, Россия. (doi: 10.19074/1814-8654-2017-35-260-264) Пернатые хищники и их охрана 35: 260-264, 2017

Публикации за предыдущие годы

Финансирование: 

Программа фундаментальных научных исследований

0310-2019-0003 Организация интерфазных хромосом и структура генома. Жимулев ИФ

Гранты РНФ

19-14-00051 Функционирование генома в составе интерфазных хромосом дрозофилы и ржи. Жимулев ИФ

Гранты РФФИ

17-00-00284 Комплексный анализ организации промоторов повсеместно активных и тканеспецифичных генов Drosophila melanogaster. Жимулев ИФ

19-04-00352 Функциональное взаимодействие гистонметилтрансфераз SetDB1 и Su(var)3-9 в хромосомах дрозофилы. Коряков ДЕ

19-44-543017 Картирование белков открытого хроматина и их участие в организации и функционировании генома дрозофилы. Хорошко ВА

Завершенные гранты

Материалы конференций: 

  1. Kolesnikova TD, Pokholkova GV, Kolodyazhnaya AV, Schubert V. Ultrastructural investigation of early replication in Drosophila polytene chromosomes. Biopolymeres & Cell 35(3): 187-188, 2019

  2. Жимулев ИФ, Демаков СА. Хромосома 2018. Вавиловский журнал генетики и селекции 23(2): 127-128, 2019

  3. Андреенков ОВ, Андреенкова НГ, Волкова ЕИ, Демаков СА. Получение направленных делеций в регуляторной зоне гена Notch с использованием CRISPR/Cas-опосредованного метода редактирования геномов. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 92

  4. Zhimulev IF, Zykova TYu, Levitsky VG, Antonenko O, Belyaeva ES. A portrait of functional organization of the Drosophila genome – polytene chromosomes. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 88

  5. Zykova TYu, Levitsky VG, Zhimulev IF. Interband architecture in Drosophila polytene chromosomes. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с.89

  6. Sidorenko DS, Sidorenko IA, Zykova TYu, Kolesnikova TD, Goncharov FP, Zhimulev IF. Molecular and genetic organization of bands and interbands in the dot chromosome of Drosophila melanogaster. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 75

  7. Pokholkova GV, Demakov SA, Andreenkov OV, Andreenkova NG, Volkova EI, Antonenko OV, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Tethering of insulator proteins results in decompaction of condensed bands in the Drosophila melanogaster polytene chromosomes. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 60

  8. Maksimov DA, Laktionov PP, Posukh OV, Belyakin SN, Koryakov DE. Genome-wide analysis of SU(VAR)3-9 distribution in chromosomes of Drosophila melanogaster. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 49

  9. Kolesnikova TD, Goncharov FP, Zhimulev IF. Spatial-temporal organization of replication in polytene chromosomes of Drosophila. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 38

  10. Khoroshko V, Pokholkova G, Zykova T, Zhimulev I. Gene location in intercalary heterochromatin bands of Drosophila melanogaster polytene chromosomes. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 32

  11. Andreyenkova NG, Andreyenkov OV, Karyakin IV, Popova OO, Zhimulev IF. Рhylogeography of the black kite (Milvus migrans) based on mitochondrial cytochrome b gene polymorphism. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 1

  12. Ступак ЕВ, Титов СЕ, Ступак ВВ, Веряскина ЮА, Ахмерова ЛГ, Иванов МК, Жилулев ИФ, Колесников НН, Рабинович СС. МикроРНК как генетические маркеры в диагностике глиом головного мозга. Российский нейрохирургический журнал им. профессора АЛ Поленова X(S): 235, 2018

  13. Веряскина ЮА, Катанян ГА, Жимулев ИФ, Титов СЕ, Малек АВ, Козорезова ЕС, Шевченко СП, Иванов МК. Молекулярно-генетический анализ смывов с цитологических препаратов узлов щитовидной железы для повышения точности и информативности дооперационной диагностики. Материалы IV Петербургского международного онкологического форума. 2018, с. 173, ISBN 978-5-9908557-7-9

  14. Stupak EV, Veryaskina YA, Titov SE, Achmerova LG, Stupak VV, Dolzhenko DA, Rabinovich SS, Narodov AA, Ivanov MK, Zhimulev IF, Kolesnikov NN. Studying the MicroRNA role as a survival predictor and revealing its part in malignancy level determination in patients with supratentorial gliomas of brain. (doi: 10.1063/1.5001652) AIP Conf Proc 1882: 020073, 2017

  15. Ступак ЕВ, Титов СЕ, Ступак ВВ, Веряскина ЮА, Ахмерова ЛГ, Иванов МК, Жимулев ИФ, Пустаханов ВВ, Петрова ЮВ, Колесников НН. Исследование микроРНК как прогностических маркеров типирования глиом головного мозга человека и степени их злокачественности. Российский нейрохирургический журнал им. профессора АЛ Поленова IX(S): 236, 2017

Материалы конференций за предыдущие годы

Доклады: 

  1. Kolesnikova T. The organization of replication in Drosophila polytene chromosomes. 14th International conference on Drosophila heterochromatin, 9-15 June 2019, Spoleto, Italy

  2. Kolesnikova T. Ultrastructural investigation of early replication in Drosophila polytene chromosomes. 26th Wilhelm Bernhard Workshop, 20-23 May 2019, Dijon, France

  3. Zhimulev IF. Polytene chromosomes – a portrait of functional organization of the Drosophila genome. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  4. Kolesnikova TD. Spatial-temporal organization of replication in polytene chromosomes of Drosophila. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  5. Koryakov DE. Genome-wide analysis of Su(var)3-9 distribution in chromosomes of Drosophila melanogaster. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  6. Колесникова ТД. Особенности эволюции районов поздней репликации в геноме дрозофилы. III международная конференция "Современные проблемы биологической эволюции", 16-20 октября 2017, Москва

  7. Хорошко ВА. Диски интеркалярного гетерохроматина в политенных хромосомах дрозофилы. Всероссийская конференция "Дрозофила в генетике и медицине", 4-6 октября 2017, Санкт-Петербург

  8. Kolesnikova T. Similarity in replication timing between polytene and diploid cells is associated with the organization of the Drosophila genome. 25th Wilhelm Bernhard Workshop on the Cell Nucleus, June 19-22, 2017, Nizhny Novgorod, Russia

  9. Kolesnikova T. Similarity in replication timing between polytene and diploid cells is associated with the organization of the Drosophila genome. 13th International conference on Drosophila heterochromatin, June 4-10, 2017, Cagliari, Italy

  10. Khoroshko V. Gene location in intercalary chromatin bands in polytene chromosomes of Drosophila melanogaster. 13th International conference on Drosophila heterochromatin, June 4-10, 2017, Cagliari, Italy

  11. Kolesnikova TD. Similarity in replication timing between polytene and diploid cells is associated with the organization of the Drosophila genome. International mini-conference "Chromosomes and Mitosis – 2016", November 25, 2016, Novosibirsk

  12. Жимулев ИФ. Drosophila genome and polytene chromosomes: correlations in organization. Международная конференция Хромосома-2015, 24-28 августа 2015, Новосибирск

  13. Колесникова ТД. Chromatin states and replication patterns in polytene chromosomes of Drosophila melanogaster. Международная конференция Хромосома-2015, 24-28 августа 2015, Новосибирск

  14. Kolesnikova T. Chromatin states and replication patterns in polytene chromosomes of Drosophila melanogaster. Twelfth International Conference on Drosophila Heterochromatin, May 24-30, 2015, Palermo, Italy

  15. Kolesnikova TD. Chromatin states and replication patterns in polytene chromosomes of Drosophila melanogaster. BIT's 5th Annual World Congress of Molecular & Cell Biology-2015, April 25-28, 2015, Nanjing, China

Доклады за предыдущие годы ​

Международное сотрудничество: 

  • The University of California, Berkeley, CA, USA
    Исследование прицентромерного гетерохроматина дрозофилы

  • Netherlands Cancer Institute, Amsterdam, Netherlands
    Микрочиповый анализ данных по экспрессии генов

  • Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Halle, Germany
    Исследование прицентромерного гетерохроматина дрозофилы

  • Università di Roma “Sapienza”, Italy
    Исследование прицентромерного гетерохроматина дрозофилы

  • Universidad Autónoma de Madrid, Spain
    Исследование прицентромерного гетерохроматина дрозофилы

  • Harvard University, Boston, MA, USA
    Исследование системы дозовой компенсации дрозофилы

Патенты: 

  • Колесников НН, Титов СЕ, Ахмерова ЛГ, Веряскина ЮА, Иванов МК, Ступак ВВ, Ступак ЕВ, Мишинов СВ, Жимулев ИФ. Cпособ дифференциальной диагностики глиом головного мозга человека. Патент на изобретение №2583871. Зарегистрирован в Государственном реестре изобретений Российской Федерации 14.04.2016

  • Колесников НН, Титов СЕ, Ахмерова ЛГ, Веряскина ЮА, Иванов МК, Цивликова ЕС, Полоз ТЛ, Шевченко СП, Карпинская ЕВ, Жимулев ИФ. Cпособ дифференциальной диагностики новообразований щитовидной железы человека. Патент на изобретение №2569154. Зарегистрирован в Государственном реестре изобретений Российской Федерации 26.10.2015

  • Колесников НН, Титов СЕ, Ахмерова ЛГ, Веряскина ЮА, Иванов МК, Шевченко СП, Карпинская ЕВ, Жимулев ИФ. Способ определения доброкачественных и злокачественных новообразований щитовидной железы человека. Патент на изобретение №2548773. Зарегистрирован в Государственном реестре изобретений Российской Федерации 24.03.2015

  • Гончаров ФП, Болдырева ЛВ, Демакова ОВ, Жимулев ИФ. Программа для ЭВМ HMM4Band. Свидетельство №2014618888. Зарегистрирована в Государственном реестре программ для ЭВМ 01.09.2014

Награды: 

Государственные награды

Медаль ордена “За заслуги перед Отечеством” II степени

Беляева ЕС (1999)

Жимулев ИФ (2008)

Звание “Заслуженный деятель науки Российской Федерации”

Беляева ЕС (2007)

Государственная премия Российской Федерации

Жимулев ИФ, Беляева ЕС, Семешин ВФ (2002)

Премия РАН имени Н.К. Кольцова

Жимулев ИФ, Беляева ЕС, Семешин ВФ (2000)

Премия Президиума СО АН СССР

Жимулев ИФ, Беляева ЕС, Семешин ВФ (1984)

Медаль и премия РАН для молодых ученых

Коряков ДЕ (2002)

Колесникова ТД (2006)

Медаль и премия Европейской академии (Academia Europaea) для молодых ученых

Коряков ДЕ (1999)

Колесникова ТД (2008)

Императорский и Царский Орден Святого Станислава 3 степени

Жимулев ИФ (2012) (фото) (фото)

Памятная медаль в честь 60-летия СО РАН

Жимулев ИФ (2017)

Отдел регуляции генетических процессов