Отдел структуры и функции хромосом

Лаборатория молекулярной цитогенетики

Жимулев Игорь Федорович
Заведующий отделом
Заведующий лабораторией

Curriculum vitae

Сотрудники: 
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Жимулев Игорь Федорович зав. лаб. дбн zhimulevatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg   eLIBRARY_logo.png Похолкова Галина Витальевна внс дбн galinaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Колесникова Татьяна Дмитриевна внс дбн kolesnikovaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg   eLIBRARY_logo.png Демакова Ольга Викторовна внс кбн demakovaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Коряков Дмитрий Евгеньевич внс кбн koryakovatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Зыкова Татьяна Юрьевна внс кбн vatolinaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg   eLIBRARY_logo.png Антоненко Оксана Викторовна нс кбн ovantatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Хорошко Варвара Андреевна мнс   vicernaatmcb [dot] nsc [dot] ru
        Мальцева Мария Витальевна ст. лаб.-иссл.    
        Довгань Виктория Викторовна ст. лаб.   dovganatmcb [dot] nsc [dot] ru
        Веселова Ольга Валерьевна ст. лаб.    
        Графодатская Виктория Евгеньевна ст. лаб.   vikaatmcb [dot] nsc [dot] ru
        Долбак Евгения Александровна ст. лаб.   eugenyatmcb [dot] nsc [dot] ru
        Татаринов Михаил Васильевич инженер совм.    

Бывшие сотрудники:

Беляева Елена Сергеевна, дбн
Гончаров Фёдор Павлович
Иванов Роман Артемович
Колодяжная Александра Владимировна
Макунин Игорь Васильевич, кбн
Мошкин Юрий Михайлович, кбн		 Нерушева (Кокоза) Елена Борисовна, кбн
Семешин Валерий Федорович, дбн
Скворцова Татьяна Эвальдовна
Шмакова Маргарита Алексеевна
Шулуткова Алена Евгеньевна
 

Направления исследований: 
  • Организация хроматина в интерфазных хромосомах
  • Гетерохроматин
  • Политенные хромосомы в питающих клетках ооцитов
BDGP_logo.jpg

Сотрудники лаборатории участвовали в создании Release 6 reference sequence of the Drosophila melanogaster genome

 

ПУБЛИЧНЫЕ ЛЕКЦИИ:

knowledge__logo.jpg Могу ли я изменить свой эпигенотип.
Лекция кбн Колесниковой ТД для Российского общества “Знание”
you_tube.jpg Борьба с эпидемиями в России.
Публичная лекция академика ИФ Жимулева
you_tube.jpg Эпигенетика и полифенизм насекомых.
Публичная лекция кбн ТД Колесниковой
you_tube.jpg Эпигенетика. Новая парадигма?
Публичная лекция кбн ТД Колесниковой

Публикации: 

  1. Kolesnikova TD, Pokholkova GV, Dovgan VV, Zhimulev IF, Schubert V. Super-resolution microscopy reveals stochastic initiation of replication in Drosophila polytene chromosomes. Chromosome Res, 2022, doi: 10.1007/s10577-021-09679-w

  2. Veryaskina YA, Titov SE, Zhimulev IF. Reference genes for qPCR-based miRNA expression profiling in 14 human tissues. (doi: 10.1159/000524283) Med Princ Pract 31: 322-332, 2022

  3. Veryaskina YuA, Titov SE, Kovynev IB, Pospelova TI, Zhimulev IF. The profile of microRNA expression in bone marrow in non-Hodgkin’s lymphomas. (doi: 10.3390/diagnostics12030629) Diagnostics 12(3): 629, 2022

  4. Veryaskina YuA, Titov SE, Ivanov MK, Ruzankin PS, Tarasenko AS, Shevchenko SP, Kovynev IB, Stupak EV, Pospelova TI, Zhimulev IF. Selection of reference genes for quantitative analysis of microRNA expression in three different types of cancer. (doi: 10.1371/journal.pone.0254304) PLoS ONE 17(2): e0254304, 2022

  5. Das S, Caballero M, Kolesnikova T, Zhimulev I, Koren A, Nordman J. Replication timing analysis in polyploid cells reveals Rif1 uses multiple mechanisms to promote underreplication in Drosophila. (doi: 10.1093/genetics/iyab147) Genetics 219(3): iyab147, 2021

  6. Andreyenkova NG, Karyakin IV, Starikov IJ, Sauer-Gürth H, Literák I, Andreyenkov OV, Shnayder EP, Bekmansurov RH, Alexeyenko MN, Wink M, Zhimulev IF. Phylogeography and demographic history of the black kite Milvus migrans, a widespread raptor in Eurasia, Australia and Africa. (doi: 10.1111/jav.02822) J Avian Biol 52(10): e02822, 2021 

  7. Zykova T, Maltseva M, Goncharov F, Boldyreva L, Pokholkova G, Kolesnikova T, Zhimulev I. The organization of pericentromeric heterochromatin in polytene chromosome 3 of the Drosophila melanogaster line with the Rif11; SuURES Su(var)3-906 mutations suppressing underreplication. (doi: 10.3390/cells10112809) Cells 10(11): 2809, 2021

  8. Веряскина ЮА, Титов СЕ, Ковынев ИБ, Федорова СС, Поспелова ТИ, Жимулёв ИФ. микроРНК при миелодиспластическом синдроме. (doi: 10.32607/actanaturae.11209) Acta Naturae 13(2): 4-15, 2021

  9. de Jong TV, Guryev V, Moshkin YM. Estimates of gene ensemble noise highlight critical pathways and predict disease severity in H1N1, COVID-19 and mortality in sepsis patients. (doi: 10.1038/s41598-021-90192-9) Sci Rep 11: 10793, 2021

  10. Sabirov M, Kyrchanova O, Pokholkova GV, Bonchuk A, Klimenko N, Belova E, Zhimulev IF, Maksimenko O, Georgiev P. Mechanism and functional role of the interaction between CP190 and the architectural protein Pita in Drosophila melanogaster. (doi: 10.1186/s13072-021-00391-x) Epigenetics Chromatin 14: 16, 2021

  11. Kalashnikova DA, Maksimov DA, Romanov SE, Laktionov PP, Koryakov DE. SetDB1 and Su(var)3-9 play non-overlapping roles in somatic cell chromosomes of Drosophila melanogaster. (doi: 10.1242/jcs.253096) J Cell Sci 134(2): jcs253096, 2021

  12. Андреенков ОВ, Андреенкова НГ, Жимулёв ИФ, Богомолова ИН, Равкин ЮС, Цыбулин СМ, Кашинская ЮО, Штоль ДА. Инвазии ястребиной совы в лесостепь Западной Сибири. (doi: 10.19074/1814-8654-2020-40-116-124) Пернатые хищники и их охрана 40: 116-124, 2020

  13. Kovynev IB, Titov SE, Ruzankin PS, Agakishiev MM, Veryaskina YA, Nedel’ko VM, Pospelova TI, Zhimulev IF. Profiling 25 bone marrow microRNAs in acute leukemias and secondary nonleukemic hematopoietic conditions. (doi: 10.3390/biomedicines8120607) Biomedicines 8(12): 607, 2020

  14. Levitsky VG, Zykova TYu, Moshkin YuM, Zhimulev IF. Nucleosome positioning around transcription start site correlates with gene expression only for active chromatin state in Drosophila interphase chromosomes. (doi: 10.3390/ijms21239282) Int J Mol Sci 21(23): 9282, 2020

  15. Жимулев ИФ, Антоненко ОВ, Деева ЕА, Андреенков ОВ, Андреенкова НГ, Цыбулин СМ, Богомолова ИН, Равкин ЮС, Зыкова ТЮ, Кашинская ЮО, Романов КВ, Сысоев БА, Шнайдер ЕП, Штоль ДА, Машков ВЕ, Жимулев ЕИ, Карякин ИВ. Встречи птиц, редких для Новосибирского Академгородка и его окрестностей на Правобережье Оби (Новосибирская область). Русский орнитологический журнал 29(1959): 3611-3631, 2020

  16. Бияшева ЗМ, Зарипова ЮА, Демакова ОВ, Журалиева АА. Некоторые вопросы антирадоновой защиты в Казахстане. (doi: 10.26577/JAPJ.2020.v95.i3.03) Вестник КазНУ (серия юридическая) №3(95): 24-33, 2020

  17. Veryaskina YuA, Titov SE, Kovynev IB, Pospelova TI, Zhimulev IF. The miRNA profile in non-Hodgkin’s lymphoma patients with secondary myelodysplasia. (doi: 10.3390/cells9102318) Cells 9(10): 2318, 2020

  18. Veryaskina YuA, Titov SE, Kovynev IB, Pospelova TI, Zhimulev IF. Prognostic markers of myelodysplastic syndromes. (doi: 10.3390/medicina56080376) Medicina 56(8): 376, 2020

  19. Kolesnikova TD, Kolodyazhnaya AV, Pokholkova GV, Schubert V, Dovgan VV, Romanenko SA, Prokopov DYu, Zhimulev IF. Effects of mutations in the Drosophila melanogaster Rif1 gene on the replication and underreplication of pericentromeric heterochromatin in salivary gland polytene chromosomes. (doi: 10.3390/cells9061501) Cells 9(6): 1501, 2020 

  20. Veryaskina YuA, Titov SE, Kometova VV, Rodionov VV, Zhimulev IF. Intratumoral heterogeneity of expression of 16 miRNA in luminal cancer of the mammary gland. (doi: 10.3390/ncrna6020016) Non-Coding RNA 6(2): 16, 2020

  21. Khoroshko VA, Pokholkova GV, Levitsky VG, Zykova TY, Antonenko OV, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Genes containing long introns occupy series of bands and interbands in Drosophila melanogaster polytene chromosomes. (doi: 10.3390/genes11040417) Genes 11(4): 417, 2020

  22. Веряскина ЮА, Титов СЕ, Агакишиев ММ, Забела АВ, Селиванов ВС, Мелихов СП, Ковынев ИБ, Поспелова ТИ, Жимулёв ИФ. Профилирование экспрессии микроРНК в клетках острого проимелоцитарного лейкоза при различном кариотипе. (doi: 10.31857/S0041377120050077) Цитология 62(4): 250-257, 2020

  23. Demakova OV, Demakov SA, Boldyreva LV, Zykova TYu, Levitsky VG, Semeshin VF, Pokholkova GV, Sidorenko DS, Goncharov FP, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Faint gray bands in Drosophila melanogaster polytene chromosomes are formed by coding sequences of housekeeping genes. (doi: 10.1007/s00412-019-00728-2) Chromosoma 129(1): 25-44, 2020

Публикации за предыдущие годы

Финансирование: 

Программа фундаментальных научных исследований

FWGZ-2021-0014 (122011400181-7) Организация и функционирование геномов в интерфазных хромосомах. Жимулев ИФ

Гранты РНФ

19-14-00051-П (продление на 2022-2023) Функционирование генома в составе интерфазных хромосом дрозофилы и ржи. Жимулев ИФ

Гранты РФФИ

20-54-12016 (АААА-А20-120013190007-4) Исследование репликации ДНК в политенных хромосомах Drosophila melanogaster при помощи микроскопии сверхвысокого разрешения. Колесникова ТД

Завершенные гранты

Материалы конференций: 

  1. Колесникова ТД, Довгань ВВ, Похолкова ГВ, Шуберт Ф. Взаимосвязь между особенностями инициации репликации и транскрипционной активностью в политенных хромосомах Drosophila melanogaster. III Объединенный научный форум физиологов, биохимиков и молекулярных биологов. Научные труды. Том 2. с. 11. ISBN 978-5-00189-678-4 М.: Издательство "Перо", 2021, 313 с. 

  2. Kolesnikova TD, Schubert V, Pokholkova GV, Dovgan VV. Structured illumination microscopy reveals the replication initiation dynamics in Drosophila polytene chromosomes. 62nd A Dros Res Conf 2021. 226A. USA (online) 

  3. Шальнова МА, Андреенкова НГ, Карякин ИВ, Шнайдер ЕП, Жимулев ИФ. Разработка морфометрических формул для полевого определения пола птенцов некоторых хищных птиц в Алтае-Саянском регионе. В сборнике Хищные птицы в ландшафтах северной Евразии. Современные вызовы и тренды. Материалы VIII Международной конференции Рабочей группы по хищным птицам Северной Евразии, посвященной памяти АИ Шепеля. Тамбов, 2020. с. 108-111. ISBN: 978-5-907349-09-4

  4. Андреенкова НГ, Андреенков ОВ, Карякин ИВ, Стариков ИЮ, Литерак И, Винк М, Жимулев ИФ. Распространение и демографическая история подвидов черного коршуна. В сборнике Хищные птицы в ландшафтах северной Евразии. Современные вызовы и тренды. Материалы VIII Международной конференции Рабочей группы по хищным птицам Северной Евразии, посвященной памяти АИ Шепеля. Тамбов, 2020. с. 126-129. ISBN: 978-5-907349-09-4

  5. Андреенков ОВ, Андреенкова НГ, Жимулев ИФ, Урусов ЛВ. Гнездование соколообразных и совообразных в искусственных гнездовьях в Новосибирской области. В сборнике Хищные птицы в ландшафтах северной Евразии. Современные вызовы и тренды. Материалы VIII Международной конференции Рабочей группы по хищным птицам Северной Евразии, посвященной памяти АИ Шепеля. Тамбов, 2020. с. 283-287. ISBN: 978-5-907349-09-4

  6. Kolesnikova TD, Pokholkova GV, Kolodyazhnaya AV, Dovgan VV, Schubert V, Zhimulev I. Super-resolution microscopy reveals the replication dynamics in Drosophila polytene chromosomes. International mini-conference "Chromosomes and Mitosis - 2019". Abstracts book (ISBN 978-5-4437-0971-0). Novosibirsk, 2019. p. 10-11

  7. Kolesnikova TD, Pokholkova GV, Kolodyazhnaya AV, Schubert V. Ultrastructural investigation of early replication in Drosophila polytene chromosomes. Biopolymeres & Cell 35(3): 187-188, 2019

  8. Жимулев ИФ, Демаков СА. Хромосома 2018. Вавиловский журнал генетики и селекции 23(2): 127-128, 2019

  9. Ступак ЕВ, Титов СЕ, Веряскина ЮА, Усмонов ДБ, Кылданов ИК, Жимулев ИФ, Рабинович СС, Ступак ВВ. миРНК как потенциальные предикторы выживания больных с супратенториальными глиомами головного мозга. Российский нейрохирургический журнал им. профессора АЛ Поленова 11(S): 210, 2019

  10. Ступак ЕВ, Титов СЕ, Веряскина ЮА, Жимулев ИФ, Рабинович СС, Ступак ВВ. Результаты профилирования микроРНК в глиомах головного мозга разной степени злокачественности. Цивьяновские чтения. Материалы ХI Всероссийской научно-практической конференции. 2019. с. 183-185

  11. Шевченко СП, Титов СЕ, Веряскина ЮА, Малахина ЕС, Копейкина ЕВ, Гуляева ЛФ, Жимулев ИФ. Использование нескольких типов молекулярных маркеров повышает точность дооперационной диагностики узлов щитовидной железы. Сборник тезисов VIII (XXVI) национального конгресса эндокринологов "Персонализированная медицина и практическое здравоохранение". 2019. с. 732-733

Материалы конференций за предыдущие годы

Доклады: 

  1. Колесникова ТД. Исследование репликационной динамики в политенных хромосомах слюнных желез при помощи микроскопии сверхвысокого разрешения. Международная конференция "Дрозофила в генетике и медицине", 30 сентября – 2 октября 2020, Гатчина, Ленинградская область

  2. Kolesnikova T. The organization of replication in Drosophila polytene chromosomes. 14th International conference on Drosophila heterochromatin, 9-15 June 2019, Spoleto, Italy

  3. Kolesnikova T. Ultrastructural investigation of early replication in Drosophila polytene chromosomes. 26th Wilhelm Bernhard Workshop, 20-23 May 2019, Dijon, France

  4. Zhimulev IF. Polytene chromosomes – a portrait of functional organization of the Drosophila genome. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  5. Kolesnikova TD. Spatial-temporal organization of replication in polytene chromosomes of Drosophila. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  6. Koryakov DE. Genome-wide analysis of Su(var)3-9 distribution in chromosomes of Drosophila melanogaster. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  7. Колесникова ТД. Особенности эволюции районов поздней репликации в геноме дрозофилы. III международная конференция "Современные проблемы биологической эволюции", 16-20 октября 2017, Москва

  8. Жимулев ИФ. Организация интерфазной хромосомы. Научная школа по молекулярной и клеточной биологии. 5-6 октября 2017, Новосибирск

  9. Колесникова ТД. Организация репликации в хромосомах дрозофилы. Научная школа по молекулярной и клеточной биологии. 5-6 октября 2017, Новосибирск

  10. Хорошко ВА. Диски интеркалярного гетерохроматина в политенных хромосомах дрозофилы. Всероссийская конференция "Дрозофила в генетике и медицине", 4-6 октября 2017, Санкт-Петербург

  11. Kolesnikova T. Similarity in replication timing between polytene and diploid cells is associated with the organization of the Drosophila genome. 25th Wilhelm Bernhard Workshop on the Cell Nucleus, June 19-22, 2017, Nizhny Novgorod, Russia

  12. Kolesnikova T. Similarity in replication timing between polytene and diploid cells is associated with the organization of the Drosophila genome. 13th International conference on Drosophila heterochromatin, June 4-10, 2017, Cagliari, Italy

  13. Khoroshko V. Gene location in intercalary chromatin bands in polytene chromosomes of Drosophila melanogaster. 13th International conference on Drosophila heterochromatin, June 4-10, 2017, Cagliari, Italy

  14. Kolesnikova TD. Similarity in replication timing between polytene and diploid cells is associated with the organization of the Drosophila genome. International mini-conference "Chromosomes and Mitosis – 2016", November 25, 2016, Novosibirsk

Доклады за предыдущие годы ​

Международное сотрудничество: 

  • The University of California, Berkeley, CA, USA
    Исследование прицентромерного гетерохроматина дрозофилы

  • Netherlands Cancer Institute, Amsterdam, Netherlands
    Микрочиповый анализ данных по экспрессии генов

  • Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Halle, Germany
    Исследование прицентромерного гетерохроматина дрозофилы

  • Università di Roma “Sapienza”, Italy
    Исследование прицентромерного гетерохроматина дрозофилы

  • Universidad Autónoma de Madrid, Spain
    Исследование прицентромерного гетерохроматина дрозофилы

  • Harvard University, Boston, MA, USA
    Исследование системы дозовой компенсации дрозофилы

  • Department of Molecular Biology, Umeå University, Umeå, Sweden
    Молекулярная организация хромосомы 4 дрозофилы

  • University of Veterinary and Pharmaceutical Science, Brno, Czech Republic
    Молекулярная генетика птиц

  • Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, Gatersleben, Germany
    Микроскопия сверхвысокого разрешения

Патенты: 

  • Ступак ЕВ, Рабинович СС, Ступак ВВ, Колесников НН, Титов СЕ, Ахмерова ЛГ, Веряскина ЮА, Жимулев ИФ. Способ интраоперационного забора биоптата глиомы и морфологически неизменной ткани головного мозга для молекулярно-генетических исследований. Патент на изобретение №2651749. Зарегистрирован в Государственном реестре изобретений Российской Федерации 23.04.2018

  • Колесников НН, Титов СЕ, Ахмерова ЛГ, Веряскина ЮА, Иванов МК, Ступак ВВ, Ступак ЕВ, Мишинов СВ, Жимулев ИФ. Cпособ дифференциальной диагностики глиом головного мозга человека. Патент на изобретение №2583871. Зарегистрирован в Государственном реестре изобретений Российской Федерации 14.04.2016

  • Колесников НН, Титов СЕ, Ахмерова ЛГ, Веряскина ЮА, Иванов МК, Цивликова ЕС, Полоз ТЛ, Шевченко СП, Карпинская ЕВ, Жимулев ИФ. Cпособ дифференциальной диагностики новообразований щитовидной железы человека. Патент на изобретение №2569154. Зарегистрирован в Государственном реестре изобретений Российской Федерации 26.10.2015

  • Колесников НН, Титов СЕ, Ахмерова ЛГ, Веряскина ЮА, Иванов МК, Шевченко СП, Карпинская ЕВ, Жимулев ИФ. Способ определения доброкачественных и злокачественных новообразований щитовидной железы человека. Патент на изобретение №2548773. Зарегистрирован в Государственном реестре изобретений Российской Федерации 24.03.2015

  • Гончаров ФП, Болдырева ЛВ, Демакова ОВ, Жимулев ИФ. Программа для ЭВМ HMM4Band. Свидетельство №2014618888. Зарегистрирована в Государственном реестре программ для ЭВМ 01.09.2014

Награды: 

Государственные награды

Медаль ордена “За заслуги перед Отечеством” II степени

Беляева ЕС (1999)

Жимулев ИФ (2008)

Звание “Заслуженный деятель науки Российской Федерации”

Беляева ЕС (2007)

Государственная премия Российской Федерации

Жимулев ИФ, Беляева ЕС, Семешин ВФ (2002)

Премия РАН имени НК Кольцова

Жимулев ИФ, Беляева ЕС, Семешин ВФ (2000)

Похолкова ГВ (2021)

Премия Президиума СО АН СССР

Жимулев ИФ, Беляева ЕС, Семешин ВФ (1984)

Медаль и премия РАН для молодых ученых

Коряков ДЕ (2002)

Колесникова ТД (2006)

Медаль и премия Европейской академии (Academia Europaea) для молодых ученых

Коряков ДЕ (1999)

Колесникова ТД (2008)

Зыкова ТЮ (2012)

Императорский и Царский Орден Святого Станислава 3 степени

Жимулев ИФ (2012) (фото) (фото)

Медаль Минобрнауки РФ
“За безупречный труд и отличие” III степени 

Коряков ДЕ (2021)

Премия СО РАН для молодых ученых им. ДК Беляева

Зыкова ТЮ (2012)

Памятная медаль в честь 60-летия СО РАН

Жимулев ИФ (2017)

Юбилейная медаль “80 лет Новосибирской области”

Жимулев ИФ, Беляева ЕС (2017)

Памятный знак "За труд на благо города"

Беляева ЕС (2013)

Жимулев ИФ (2003, 2013)

Коряков ДЕ (2003)

Похолкова ГВ (2013)

Семешин ВФ (2013)

Шмакова МА (2013)

Почетная грамота СО РАН

Коряков ДЕ (2007)

Отдел регуляции генетических процессов