Публикации и материалы конференций Лаборатории молекулярной цитогенетики

2015

  • Zykova T, Demidova D, Levitsky V, Khoroshko V, Belyaeva E, Kokoza E, Zhimulev I. Molecular and genetic structure of polytene chromosome banding pattern in Drosophila melanogasterAthens: ATINER'S Conference Paper Series, No: BIO2015-1700: 4-15, 2015

  • Posukh OV, Maksimov DA, Skvortsova KN, Koryakov DE, Belyakin SN. The effects of SUUR protein suggest its role in repressive chromatin renewal during replication in Drosophila. (doi: 10.1080/19491034.2015.1074366Nucleus 6: 249-253, 2015

  • Hoskins RA,... Demakova OV, Andreyeva EN, Boldyreva LV,... Zhimulev IF,... Celniker SE. The Release 6 reference sequence of the Drosophila melanogaster genome. (doi: 10.1101/gr.185579.114Genome Res 25: 445-458, 2015

  • Okotrub KA, Surovtsev NV, Semeshin VF, Omelyanchuk LV. Raman spectroscopy for DNA quantification in cell nucleus. (doi: 10.1002/cyto.a.22585Cytometry A 87: 68-73, 2015

  • Koryakov DE, Zhimulev IF. DNA replication in nurse cell polytene chromosomes of Drosophila melanogaster otu mutants. (doi: 10.1007/s00412-014-0487-4Chromosoma 124: 95-106, 2015

  • Pokholkova GV, Koryakov DE, Pindyurin AV, Kozhevnikova EN, Belyakin SN, Andreyenkov OV, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Tethering of SUUR and HP1 proteins results in delayed replication of euchromatic regions in Drosophila melanogaster polytene chromosomes. (doi: 10.1007/s00412-014-0491-8Chromosoma 124: 209-220, 2015

  • Веряскина ЮА, Титов СЕ, Родионов ВВ, Генинг ТП, Абакумова ТВ, Кометова ВВ, Торосян МХ, Жимулев ИФ, Колесников НН. Экспрессия микроРНК в молекулярно-генетических подтипах рака молочной железы. Современные проблемы науки и образования 5, 2015

  • Веряскина ЮА, Какурина ГВ, Журавлев ЕС, Титов СЕ, Кондакова ИВ, Черемисина ОВ, Шишкин ДА, Жимулев ИФ, Чойнзонов ЕЛ, Колесников НН. Экспрессионный профиль микроРНК при плоскоклеточном раке головы и шеи. Сибирский онкологический журнал 6: 33-38, 2015

  • Zhimulev IF, Zykova TYu, Goncharov FP, Khoroshko VA, Demakova OV, Semeshin VF, Pokholkova GV, Boldyreva LV, Demidova DS, Levitsky VG, Demakov SA, Belyaeva ES. Genetic organization of interphase chromosome bands and interbands in Drosophila melanogaster. (doi: 10.1007/s10577-014-9447-3Chromosome Res 23: 409-410, 2015

  • Колесников НН, Титов СЕ, Малахина ЕС, Полоз ТЛ, Иванов МК, Ахмерова ЛГ, Веряскина ЮА, Шевченко СП, Журавлев ЕС, Жимулев ИФ. Молекулярные технологии в цитологической диагностике материала пункционной биопсии узловых образований щитовидной железы. Новости клинической цитологии России 19(1-2): 43, 2015

2014

  • Palchikova IG, Ivankina EA, Semeshin VF, Omelyanchuk LV, Zhimulev IF, Smirnov ES. DNA Feulgen cytophotometry and chromatin diminution. In: International Multidisciplinary Microscopy Congress: Proceedings of InterM, Antalya, Turkey, October 10-13, 2013 (eds. Polychroniadis EK, Oral AY, Ozer M). Springer-Verlag Berlin Heidelberg, pp 233-239, 2014 (doi: 10.1007/978-3-319-04639-6_33)

  • Nordman JT, Kozhevnikova EN, Verrijzer CP, Pindyurin AV, Andreyeva EN, Shloma VV, Zhimulev IF, Orr-Weaver TL. DNA copy-number control through inhibition of replication fork progression. (doi: 10.1016/j.celrep.2014.10.005Cell Reports 9: 841–849, 2014

  • Makunin IV, Kolesnikova TD, Andreyenkova NG. Under-replicated regions in D. melanogaster are enriched with fast evolving genes and highly conserved noncoding sequences. (doi: 10.1093/gbe/evu156Genome Biol Evol 6: 2050-2060, 2014

  • Zhimulev IF, Zykova TYu, Goncharov FP, Khoroshko VA, Demakova OV, Semeshin VF, Pokholkova GV, Boldyreva LV, Demidova DS, Babenko VN, Demakov SA, Belyaeva ES. Genetic organization of interphase chromosome bands and interbands in Drosophila melanogaster. (doi: 10.1371/journal.pone.0101631PLoS ONE 9(7): e101631, 2014

  • Basquin D, Spierer A, Begeot F, Koryakov DE, Todeschini A-L, Ronsseray S, Vieira C, Spierer P, Delattre M. The Drosophila Su(var)3–7 gene is required for oogenesis and female fertility, genetically interacts with piwi and aubergine, but impacts only weakly transposon silencing. (doi: 10.1371/journal.pone.0096802PLoS ONE 9(5): e96802, 2014

  • Maksimov DA, Koryakov DE, Belyakin SN. Developmental variation of the SUUR protein binding correlates with gene regulation and specific chromatin types in D. melanogaster. (doi: 10.1007/s00412-013-0445-6Chromosoma 123: 253-264, 2014

  • Похолкова ГВ, Коряков ДЕ, Пиндюрин АВ, Андреенков ОВ, Белякин СН, Беляева ЕС, Жимулев ИФ. Искусственное привлечение гетерохроматиновых белков SUUR и HP1 в районы открытого хроматина приводит к замедлению движения репликационной вилки. Цитология 56: 677, 2014

2013

  • Andreyenkova NG, Kolesnikova TD, Makunin IV, Pokholkova GV, Boldyreva LV, Zykova TYu, Zhimulev IF, Belyaeva ES. Late replication domains are evolutionary conserved in the Drosophila genome. (doi: 10.1371/journal.pone.0083319PLoS ONE 8(12): e83319, 2013

  • Kolesnikova TD, Posukh OV, Andreyeva EN, Bebyakina DS, Ivankin AV, Zhimulev IF. Drosophila SUUR protein associates with PCNA and binds chromatin in a cell cycle-dependent manner. (doi: 10.1007/s00412-012-0390-9Chromosoma 122: 55-66, 2013

  • Колесникова ТД. Механизмы пространственно-временной регуляции репликации. Молекулярная биология 47: 12–37, 2013

  • Иванкина ЕА, Алексеева АЛ, Семешин ВФ, Омельянчук ЛВ, Пальчикова ИГ, Шевелева НГ, Кирильчик СВ, Жимулев ИФ. Цитофотометрическое определение размера генома в онтогенезе трех видов циклопов озера Байкал (Crustacea: Copepoda: Cyclopoida). Цитология 55: 52-59, 2013

  • Жимулев ИФ, Беляева ЕС, Зыкова (Ватолина) ТЮ, Семешин ВФ, Демаков СА, Демакова ОВ, Гончаров ФП, Хорошко ВА, Болдырева ЛВ, Кокоза ЕБ. Хромосомная организация генома у дрозофилы. Цитология 55: 144-147, 2013

  • Колесников НН, Титов СЕ, Веряскина ЮА, Карпинская ЕВ, Шевченко CП, Ахмерова ЛГ, Иванов МК, Козлов ВВ, Елисафенко ЕА, Гуляева ЛФ, Жимулев ИФ. МикроРНК, эволюция и рак. Цитология 55: 159-164, 2013

  • Колесникова ТД, Андреенкова НГ, Беляева ЕС, Гончаров ФП, Зыкова ТЮ, Болдырева ЛВ, Похолкова ГВ, Жимулев ИФ. Районы поздней репликации политенных хромосом слюнных желез Drosophila melanogaster. Цитология 55: 178-180, 2013

  • Лактионов ПП, Максимов ДА, Андреева ЕН, Шлома ВВ, Белякин СН. Генетическая система для мечения соматических и герминальных клеточных линий в гонадах Drosophila melanogaster. Цитология 55: 185-189, 2013

  • Андреенков ОВ, Волкова ЕИ, Семешин ВФ, Жимулев ИФ, Демаков СА. Структурные особенности организации хроматина междиска 3С6/С7 политенных хромосом Drosophila melanogaster. Цитология 55: 198-203, 2013

  • Kershengolts BM, Zhimulev IF, Goncharov NP, Zhang RV, Filippova GV, Shein AA, Prokopiev IA. Preservation of the gene pool of plants under permafrost conditions: State, advantages, and prospects. Rus J Genetics: Applied Research 3: 35-39, 2013

  • Колесников Н, Титов С, Жимулев И. МикроРНК в диагностике рака. Наука в России 6: 27-33, 2013

2012

  • Zhimulev IF, Belyaeva ES, Vatolina TYu, Demakov SA. Banding patterns in Drosophila melanogaster polytene chromosomes correlate with DNA-binding protein occupancy. BioEssays 34: 498-508, 2012

  • Belyaeva ES, Goncharov FP, Demakova OV, Kolesnikova TD, Boldyreva LV, Semeshin VF, Zhimulev IF. Late replication domains in polytene and non-polytene cells of Drosophila melanogasterPLoS ONE 7(1): e30035, 2012

  • Koryakov DE, Pokholkova GV, Maksimov DA, Belyakin SN, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Induced transcription results in local changes in chromatin structure, replication timing, and DNA polytenization in a site of intercalary heterochromatin. Chromosoma 121: 573-583, 2012

  • Горчаков АА, Демакова ОВ, Брусенцова ИВ. Дозовая компенсация у дрозофилы: механизм и эпигенетические аспекты. В кн: ред. Закиян СМ, Власов ВВ, Дементьева ЕВ. Эпигенетика. Новосибирск: Изд-во СО РАН, 2012, С. 359-384

  • Иванкина ЕА. Диминуция хроматина с точки зрения эпигенетики. Механизм РНК-опосредованной перестройки генома в ходе элиминации у инфузорий. В кн: ред. Закиян СМ, Власов ВВ, Дементьева ЕВ. Эпигенетика. Новосибирск: Изд-во СО РАН, 2012, С. 465-479

  • Колесникова ТД. Механизмы эпигенетического наследования. В кн: ред. Закиян СМ, Власов ВВ, Дементьева ЕВ. Эпигенетика. Новосибирск: Изд-во СО РАН, 2012, С. 89-106

  • Колесникова ТД. Пространственно-временная программа репликации ДНК. Эпигенетические механизмы регуляции в клеточном цикле и в развитии. В кн: ред. Закиян СМ, Власов ВВ, Дементьева ЕВ. Эпигенетика. Новосибирск: Изд-во СО РАН, 2012, С. 107-142

  • Коряков ДЕ. Нуклеосомная организация хроматина. В кн: ред. Закиян СМ, Власов ВВ, Дементьева ЕВ. Эпигенетика. Новосибирск: Изд-во СО РАН, 2012, С. 7-30

  • Козлов ВВ, Веряскина ЮА, Ахмерова ЛГ, Буренкова НН, Титов СЕ, Иванов МК, Войцицский ВЕ, Сидоров СВ, Гуляева ЛФ, Колесников НН, Жимулев ИФ. Изменение экспрессии и структурно-функциональная организация генов микроРНК, участвующих в онкогенезе молочной железы человека. Злокачественные опухоли 2(2): 132-133, 2012

2011

  • Vatolina TYu, Boldyreva LV, Demakova OV, Demakov SA, Kokoza EB, Semeshin VF, Babenko VN, Goncharov FP, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Identical functional organization of cell line interphase and polytene chromosomes in Drosophila melanogaster. PLoS ONE 6(10): e25960, 2011

  • Demakov SA, Vatolina TYu, Babenko VN, Semeshin VF, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Protein composition of interband regions in polytene and cell line chromosomes of Drosophila melanogaster. BMC Genomics 12: 566, 2011

  • Koryakov DE, Walther M, Ebert A., Lein S., Zhimulev IF, Reuter G. The SUUR protein is involved in binding of SU(VAR)3-9 and methylation of H3K9 and H3K27 in chromosomes of Drosophila melanogaster. Chromosome Res 19: 235-249, 2011

  • Baxley RM, Soshnev AA, Koryakov DE, Zhimulev IF, Geyer PK. The role of the Suppressor of Hairy-wing insulator protein in Drosophilaoogenesis. Dev Biol 356: 398-410, 2011

  • Tchurikov NA, Kretova OV, Sosin DV, Zykov IA, Zhimulev IF, Kravatsky YuV. Genome-wide profiling of forum domains in Drosophila melanogaster. Nucleic Acids Res 39: 3667-3685, 2011

  • Kolesnikova TD, Semeshin VF, Andreyeva EN, Zykov IA, Kokoza EB, Kalashnikova DA, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Induced decondensation of heterochromatin in Drosophila melanogaster polytene chromosomes under condition of ectopic expression of the Supressor of underreplication gene. Fly 5:3; 181-190, 2011

  • Ватолина ТЮ, Демаков СА, Семешин ВФ, Макунин ИВ, Бабенко ВН, Беляева ЕС, Жимулев ИФ. Идентификация и молекулярно-генетическая характеристика междисков политенных хромосом Drosophila melanogaster. Генетика 47: 597-609, 2011

  • Квон ЕЗ, Демаков СА, Жимулев ИФ. Декомпактизация хроматина в междисках политенных хромосом дрозофилы не коррелирует с высоким уровнем транскрипции. Генетика 47: 765-773, 2011

  • Семешин ВФ, Омельянчук ЛВ, Алексеева АЛ, Иванкина ЕА, Шевела НГ, Жимулев ИФ. Содержание ДНК в ядрах Cyclops kolensis и C. insignis (Crustacea, Copepoda). Цитология 53: 285-289, 2011

  • Иванкин АВ, Колесникова ТД, Демаков СА, Андреенков ОВ, Бильданова ЕР, Андреенкова НГ, Жимулев ИФ. Метод молекулярного комбинга в исследовании параметров репликации ДНК в изолированных органах Drosophila melanogaster. Цитология 53: 75-82, 2011

  • Бабенко ВН, Матвиенко ВФ, Зыков ИА. Геном Drosophila melanogaster: Связь состояния хроматина с регуляцией сплайсинга и транскрипции. Вавиловский журнал генетики и селекции 15: 579-594, 2011

2010

  • Belyakin SN, Babenko VN, Maksimov DA, Shloma VV, Kvon EZ, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Gene density profile reveals the marking of late replicated domains in the Drosophila melanogaster genome. Chromosoma 119: 589-600, 2010

  • Babenko VN, Makunin IV, Brusentsova IV, Belyaeva ES, Maksimov DA, Belyakin SN, Maroy P, Vasil'eva LA, Zhimulev IF. Paucity and preferential suppression of transgenes in late replication domains of the D. melanogaster genome. BMC Genomics 11: 318, 2010

  • Sharakhova MV, George P, Brusentsova IV, Leman SC, Bailey JA, Smith CD, Sharakhov IV. Genome mapping and characterization of the Anopheles gambiae heterochromatin. BMC Genomics 11: 459, 2010

  • Jung C-H, Makunin IV, Mattick JS. Identification of conserved Drosophila-specific euchromatin-restricted non-coding sequence motifs. Genomics 96: 154-166, 2010

  • Jung C, Hansen MA, Makunin IV, Korbie DJ, Mattick JS. Identification of novel non-coding RNAs using profiles of short sequence reads from next generation sequencing data. BMC Genomics 11: 77, 2010

  • Бабенко ВН, Айтназаров РБ, Гончаров ФП, Жимулев ИФ. Ландшафт альтернативного сплайсинга в геноме Drosophila melanogaster. Генетика 46: 1168-1170, 2010

  • Демаков СА, Андреенков ОВ, Беркаева МБ, Ватолина ТЮ, Волкова ЕИ, Квон ЕЗ, Семешин ВФ, Жимулев ИФ. Функциональная организация междисков политенных хромосом дрозофилы. Генетика 46: 1421-1423, 2010

  • Жимулев ИФ, Беляева ЕС, Андреева ЕН, Андреенкова НГ, Бабенко ВН, Белякин СН, Болдырева ЛВ, Брусенцова ИВ, Демаков СА, Демакова ОВ, Зыков ИА, Кокоза ЕБ, Колесникова ТД, Максимов ДА, Макунин ИВ, Пиндюрин АВ, Семешин ВФ, Хорошко ВА. Интеркалярный гетерохроматин в геноме дрозофилы. Генетика 46: 1405-1408, 2010

  • Колесникова ТД, Демаков СА, Иванкин АВ, Жимулев ИФ. Метод молекулярного комбинга в исследовании организации геномов и репликации ДНК. Адаптация метода для исследований на дрозофиле. Генетика 46: 1409-1412, 2010

  • Андреенков ОВ, Волкова ЕИ, Демаков СА, Семешин ВФ, Жимулев ИФ. Декомпактное состояние хроматина междиска из района 3С6/С7 политенных хромосом D. melanogaster определяется короткой последовательностью ДНК. Доклады Академии Наук 431: 119-122, 2010

  • Медведев СП, Малахова АА, Григорьева ЕВ, Шевченко АИ, Дементьева ЕВ, Соболев ИА, Лебедев ИН, Шилов АГ, Жимулев ИФ, Закиян СМ. Получение индуцированных плюрипотентных стволовых клеток из фибробластов кожи плода человека. Acta naturae 2: 108-110, 2010

  • Омельянчук ЛВ, Семешин ВФ, Алексеева АЛ, Пальчикова ИГ, Жимулев ИФ. Интегральный метод измерения количества ДНК в клетке с использованием цифровой микрофотографии. Цитология 52: 349-353, 2010

2009

  • Andreyenkova NG, Kokoza EB, Semeshin VE, Belyaeva ES, Demakov SA, Pindyurin AV, Andreyeva EN, Volkova EI, Zhimulev IF. Localization and characteristics of DNA underreplication zone in the 75C region of intercalary heterochromatin in Drosophila melanogaster polytene chromosomes. Chromosoma 118: 747-761, 2009

  • Berkaeva MB, Demakov SA, Schwartz YB, Zhimulev IF. Functional analysis of Drosophila polytene chromosomes decompacted unit: the interband. Сhromosome Res 17: 745-754, 2009

  • Solda G, Makunin IV, Sezerman OU, Corradin A, Corti G, Guffanti A. An Ariadne’s thread to the identification and annotation of noncoding RNAs in eukaryotes. Brief Bioinform 10: 475-489, 2009

  • Yurlova AA, Makunin IV, Kolesnikova TD, Posukh OV, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Conservation of domain structure in a fast-evolving heterochromatic SUUR protein in drosophilids. Genetics 183: 119-129, 2009

  • Бабенко ВН, Похолкова ГВ, Кокоза ЕБ, Андреенкова НГ, Белякин СН, Беляева ЕС, Жимулёв ИФ. Особенности молекулярно-генетической организации диска интеркалярного гетерохроматина 10А1-2 Х хромосомы Drosophila melanogaster. Доклады Академии наук 424: 407-410, 2009

  • Кокоза ЕБ, Колесникова ТД, Зыков ИА, Беляева ЕС, Жимулев ИФ. Обратимая деконденсация гетерохроматиновых районов политенных хромосом D. melanogaster при эктопической экспрессии гена SuUR. Доклады Академии наук 425: 421-423, 2009

  • Колесникова ТД, Демаков СА, Иванкин АВ, Андреенкова НГ, Жимулев ИФ. Скорость движения репликационных вилок в политенных хромосомах слюнных желез Drosophila melanogaster не зависит от мутации Suppressor of UnderReplication. Доклады Академии наук 427: 122-125, 2009

2008

  • Pindyurin AV, Boldyreva LV, Shloma VV, Kolesnikova TD, Pokholkova GV, Andreyeva EN, Kozhevnikova EN, Ivanoschuk IG, Zarutskaya EA, Demakov SA, Gorchakov AA, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Interaction between the Drosophila heterochromatin proteins SUUR and HP1. J Cell Sci 121: 1693-1703, 2008

  • Belyaeva ES, Andreyeva EN, Belyakin SN, Volkova EI, Zhimulev IF. Intercalary heterochromatin in polytene chromosomes of Drosophila melanogaster. Chromosoma 117: 411-418, 2008

  • Andreyeva EN, Kolesnikova TD, Belyaeva ES, Glaser RL, Zhimulev IF. Local DNA underreplication correlates with accumulation of phosphorylated H2Av in the Drosophila melanogaster polytene chromosomes. Chromosome Res 16: 851-862, 2008

  • Semeshin VF, Demakov SA, Shloma VV, Vatolina TY, Gorchakov AA, Zhimulev IF. Interbands behave as decompacted autonomous units in Drosophila melanogaster polytene chromosomes. Genetica 132: 267-279, 2008

  • Волкова ЕИ, Белякин СН, Беляева ЕС, Жимулев ИФ. Распределение разрывов индуцированных хромосомных перестроек по длине хромосом и проблема интеркалярного гетерохроматина Drosophila melanogaster. Генетика 44: 746-751, 2008

  • Зоткевич ЕА, Бойкова ТВ, Акифьев АП, Тереза ЕП, Помазкова ГИ, Мельник НГ, Тимошкин ОА, Жимулев ИФ. Консерватизм в структуре повторенной избыточной ДНК у двух видов рода Cyclops. Доклады Академии Наук 420: 691-694, 2008

  • Жимулёв ИФ, Беляева ЕС, Андреенкова НГ, Андреева ЕН, Белякин СН, Болдырева ЛВ, Брусенцова ИВ, Волкова ЕИ, Демаков СА, Демакова ОВ, Заруцкая ЕА, Зыков ИА, Кокоза ЕБ, Колесникова ТД, Комор УА, Коряков ДЕ, Макунин ИВ, Пиндюрин АВ, Похолкова ГВ, Семешин ВФ, Шлома ВВ, Юрлова АА. Ген SuUR – уникальный инструмент для изучения структуры и организации хромосом и генома дрозофилы. Информацинный Вестник ВОГиС 12(1/2): 127-149, 2008

2007

  • Pindyurin AV, Moorman C, de Wit E, Belyakin SN, Belyaeva ES, Christophides GK, Kafatos FC, van Steensel B, Zhimulev IF. SUUR joins separate subsets of PcG, HP1 and B-type lamin targets in Drosophila. J Cell Sci 120: 2344-2351, 2007

  • Demakova OV, Pokholkova GV, Kolesnikova TD, Demakov SA, Andreyeva EN, Belyaeva ES, Zhimulev IF. The SU(VAR)3-9/HP1 complex differentially regulates the compaction state and degree of underreplication of X chromosome pericentric heterochromatin in Drosophila melanogaster. Genetics 175: 609-620, 2007

  • Andreyeva EN, Kolesnikova TD, Demakova OV, Mendez-Lago M, Pokholkova GV, Belyaeva ES, Rossi F, Corradini N, Dimitri P, Villasante A, Zhimulev IF. High-resolution analysis of Drosophila heterochromatin organization using SuUR Su(var)3-9 double mutants. Proc Natl Acad Sci USA 104: 12819-12824, 2007

  • Посух ОВ, Юрлова АА, Беляева ЕС, Жимулев ИФ. Система для выделения комплексов хромосомного белка SUUR Drosophila melanogaster. Доклады Академии Наук 416: 550-554, 2007