Отдел разнообразия и эволюции геномов

Лаборатория сравнительной геномики

Трифонов Владимир Александрович
Заведующий лабораторией
тел: 363-90-62

Сотрудники: 
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Трифонов Владимир Александрович зав. лаб. дбн vladatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Воробьева Надежда Валентиновна снс кбн vornatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Билтуева Лариса Семеновна снс кбн bilaratmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg   Кливер Сергей Федорович нс    
  scopus_logo.jpg     Побединцева Мария Алексеевна ст. лаб.-иссл.   mapobatmcb [dot] nsc [dot] ru
        Румянцев Александр Васильевич ст. лаб.-иссл.    

Бывшие сотрудники:

Андреюшкова Дарья Александровна
Бишани Али
Дементьева Полина Владимировна, кбн
Кичигин Илья Геннадьевич
Попова Ксения Олеговна
Сарачаков Александр Евгеньевич

Направления исследований: 
  • Структура добавочных хромосом
  • Хромосомные системы определения пола
IMCB_DNA_Zoo.JPG

Сотрудники лаборатории составляют филиал международного консорциума DNA Zoo – DNA Zoo Novosibirsk. Задача консорциума - это сборка и исследование трехмерной организации геномов млекопитающих, птиц, рептилий и беспозвоночных

 

ПОПУЛЯРНОЕ ИЗЛОЖЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ ИССЛЕДОВАНИЙ И ПУБЛИЧНЫЕ ЛЕКЦИИ:

Обская стерлядь генетически более разнообразна, чем енисейская
Добавочные хромосомы – фабрика для образования новых генов
Эволюционируешь? Удваивайся!
Половые хромосомы ящериц
Как и когда курицы попали на север Европы
Секвенирование ДНК вымершей лошади
Определение пола: хромосомы от X до Z
Скрестить хомяка с уткой не получится
Геномный зоопарк
Исследование осетровых рыб
Рыба мечты… осётр!
Любой вид животных - совокупность решения разных биохимических проблем

gutenberg.jpg Половое размножение. Публичная лекция дбн ВА Трифонова в Просветительском проекте Курилка Гутенберга
you_tube.jpg Полногеномные дупликации и эволюция позвоночных. Публичная лекция дбн ВА Трифонова
you_tube.jpg Мифы и факты об осетровых рыбах. Публичная лекция МА Побединцевой

Публикации: 

  1. Tamazian G, Dobrynin P, Zhuk A, Zhernakova DV, Perelman PL, Serdyukova NA, Graphodatsky AS, Komissarov A, Kliver S, Cherkasov N, Scott AF, Mohr DW, Koepfli K-P, O’Brien SJ, Krasheninnikova K. Draft de novo genome assembly of the elusive jaguarundi, Puma yagouaroundi. J Heredity, 2021, doi: 10.1093/jhered/esab036

  2. Кливер СФ. Полногеномный подход в природоохранной биологии и его перспективы. (doi: 10.17816/ecogen65152) Экологическая генетика 19(3): 281-298, 2021

  3. Sharakhova M, Trifonov V. Chromosome-centric view of genome organization and evolution. (doi: 10.3390/genes12081237) Genes 12(8): 1237, 2021

  4. Totikov A, Tomarovsky A, Prokopov D, Yakupova A, Bulyonkova T, Derezanin L, Rasskazov D, Wolfsberger WW, Koepfli K-P, Oleksyk TK, Kliver S. Chromosome-level genome assemblies expand capabilities of genomics for conservation biology. (doi: 10.3390/genes12091336) Genes 12(9): 1336, 2021

  5. Hempel E, Westbury MV, Grau JH, Trinks A, Paijmans JLA, Kliver S, Barlow A, Mayer F, Müller J, Chen L, Koepfli K-P, Hofreiter M, Bibi F. Diversity and paleodemography of the addax (Addax nasomaculatus), a Saharan antelope on the verge of extinction. (doi: 10.3390/genes12081236) Genes 12(8): 1236, 2021

  6. Romanenko SA, Smorkatcheva AV, Kovalskaya YM, Prokopov DY, Lemskaya NA, Gladkikh OL, Polikarpov IA, Serdyukova NA, Trifonov VA, Molodtseva AS, O’Brien PCM, Golenishchev FN, Ferguson-Smith MA, Graphodatsky AS. Complex structure of Lasiopodomys mandarinus vinogradovi sex chromosomes, sex determination, and intraspecific autosomal polymorphism. In: Ruiz-Herrera A, Farré-Belmonte M (eds) Mechanisms Driving Karyotype Evolution and Genomic Architecture, MDPI, Switzerland, 2021, pp 193-209 (doi: 10.3390/books978-3-0365-0157-4)

  7. Buggiotti L, Yurchenko AA, Yudin NS, Vander Jagt CJ, Vorobieva NV, Kusliy MA, Vasiliev SK, Rodionov AN, Boronetskaya OI, Zinovieva NA, Graphodatsky AS, Daetwyler HD, Larkin DM. Demographic history, adaptation, and NRAP convergent evolution at amino acid residue 100 in the world northernmost cattle from Siberia. (doi: 10.1093/molbev/msab078) Mol Biol Evol 38(8): 3093-3110, 2021

  8. Lisachov AP, Tishakova KV, Romanenko SA, Molodtseva AS, Prokopov DYu, Pereira JC, Ferguson-Smith MA, Borodin PM, Trifonov VA. Whole-chromosome fusions in the karyotype evolution of Sceloporus (Iguania, Reptilia) are more frequent in sex chromosomes than autosomes. (doi: 10.1098/rstb.2020.0099) Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 376(1833): 20200099, 2021

  9. Karamysheva T, Romanenko S, Makunin A, Rajičić M, Bogdanov A, Trifonov V, Blagojević J, Vujošević M, Orishchenko K, Rubtsov N. New data on organization and spatial localization of B-chromosomes in cell nuclei of the yellow-necked mouse Apodemus flavicollis. (doi: 10.3390/cells10071819) Cells 10(7): 1819, 2021

  10. Volleth M, Khan FAA, Müller S, Baker RJ, Arenas-Viveros D, Stevens RD, Trifonov V, Liehr T, Heller K-G, Sotero-Caio CG. Cytogenetic investigations in Bornean Rhinolophoidea revealed cryptic diversity in Rhinolophus sedulus entailing classification of Peninsular Malaysia specimens as a new species. (doi: 10.3161/15081109ACC2021.23.1.001) Acta Chiropterologica 23(1): 1-20, 2021

  11. Romanenko SA, Malikov VG, Mahmoudi A, Golenishchev FN, Lemskaya NA, Pereira JC, Trifonov VA, Serdyukova NA, Ferguson-Smith MA, Aliabadian M, Graphodatsky AS. New data on comparative cytogenetics of the mouse-like hamsters (Calomyscus Thomas, 1905) from Iran and Turkmenistan. (doi: 10.3390/genes12070964) Genes 12(7): 964, 2021

  12. Höhne C, Prokopov D, Kuhl H, Du K, Klopp C, Wuertz S, Trifonov V, Stöck M. The immune system of sturgeons and paddlefish (Acipenseriformes): a review with new data from a chromosome‐scale sturgeon genome. (doi: org/10.1111/raq.12542) Rev Aquacult 13(3): 1709-1729, 2021

  13. Lisachov A, Andreyushkova D, Davletshina G, Prokopov D, Romanenko S, Galkina S, Saifitdinova A, Simonov E, Borodin P, Trifonov V. Amplified fragments of an autosome-borne gene constitute a significant component of the W sex chromosome of Eremias velox (Reptilia, Lacertidae). (doi: 10.3390/genes12050779) Genes 12(5): 779, 2021

  14. Bishani A, Prokopov DYu, Romanenko SA, Molodtseva AS, Perelman PL, Interesova EA, Beklemisheva VR, Graphodatsky AS, Trifonov VA. Evolution of tandemly arranged repetitive DNAs in three species of Cyprinoidei with different ploidy levels. (doi: 10.1159/000513274) Cytogenet Genome Res 161: 32-42, 2021

  15. Kolchanova S, Komissarov A, Kliver S, Mazo-Vargas A, Afanador Y, Velez-Valentín J, de la Rosa RV, Castro-Marquez S, Rivera-Colon I, Majeske AJ, Wolfsberger WW, Hains T, Corvelo A, Martinez-Cruzado J-C, Glenn TC, Robinson O, Koepfli K-P, Oleksyk TK. Molecular phylogeny and evolution of Amazon parrots in the Greater Antilles. (doi: 10.3390/genes12040608) Genes 12(4): 608, 2021

  16. Трифонов ВА Шаймуратова ДН, Асылгараева ГШ, Монахов СП, Молодцева АС, Аськеев АО, Аськеев ИВ, Аськеев ОВ. Археогеномика доместикации животных Евразии. (doi: 10.24852/pa2021.1.35.179.186) Поволжская Археология 1(35): 179-186, 2021

  17. Kusliy MA, Vorobieva NV, Tishkin AA, Makunin AI, Druzhkova AS, Trifonov VA, Iderkhangai T-O, Graphodatsky AS. Traces of late Bronze and early Iron Age Mongolian horse mitochondrial lineages in modern populations. (doi: 10.3390/genes12030412) Genes 12(3): 412, 2021

  18. Побединцева МА, Решетникова СН, Сердюкова НА, Бишани А, Трифонов ВА, Интересова ЕА. Генетическая гетерогенность серебряного карася Carassius gibelio (Cyprinidae) в бассйне средней Оби. (doi: 10.31857/S0016675821040111) Генетика 57(4): 429-436, 2021

  19. Evdokimov A., Popov A., Ryabchikova E., Koval O., Romanenko S., Trifonov V., Petruseva I., Lavrik I., Lavrik O. Uncovering molecular mechanisms of regulated cell death in the naked mole rat. (doi: 10.18632/aging.202577) Aging (Albany NY) 13(3): 3239-3253, 2021

  20. Pan Q, ..., Trifonov V, ..., Guiguen Y. The rise and fall of the ancient northern pike master sex determining gene. (doi: 10.7554/eLife.62858) eLife 10: e62858, 2021

  21. Iannucci A, Makunin AI, Lisachov AP, Ciofi C, Stanyon R, Svartman M, Trifonov VA. Bridging the gap between vertebrate cytogenetics and genomics with single-chromosome sequencing (ChromSeq). (doi: 10.3390/genes12010124) Genes 12(1): 124, 2021

  22. Jevit MJ, Davis BW, Castaneda C, Hillhouse A, Juras R, Trifonov VA, Tibary A, Pereira JC, Ferguson-Smith MA, Raudsepp T. An 8.22 Mb assembly and annotation of the alpaca (Vicugna pacos) Y chromosome. (doi: 10.3390/genes12010105) Genes 12(1): 105, 2021

  23. Fofanov MV, Prokopov DY, Kuhl H, Schartl M, Trifonov VA. Evolution of microRNA biogenesis genes in the sterlet (Acipenser ruthenus) and other polyploid vertebrates. (doi: 10.3390/ijms21249562) Int J Mol Sci 21(24): 9562, 2020

  24. Biltueva LS, Prokopov DY, Romanenko SA, Interesova EA, Schartl M, Trifonov VA. Chromosome distribution of highly conserved tandemly arranged repetitive DNAs in the Siberian sturgeon (Acipenser baerii). (doi: 10.3390/genes11111375) Genes 11(11): 1375, 2020

  25. Vorobieva NV, Makunin AI, Druzhkova AS, Kusliy MA, Trifonov VA, Popova KO, Polosmak NV, Molodin VI, Vasiliev SK, Shunkov MV, Graphodatsky AS. High genetic diversity of ancient horses from the Ukok Plateau. (doi: 10.1371/journal.pone.0241997) PLoS ONE 15(11): e0241997, 2020

  26. Rayko M, Komissarov A, Kwan JC, Lim-Fong G, Rhodes AC, Kliver S, Kuchur P, O’Brien SJ, Lopez JV. Draft genome of Bugula neritina, a colonial animal packing powerful symbionts and potential medicines. (doi: 10.1038/s41597-020-00684-y) Sci Data 7: 356, 2020

  27. Du K, … Prokopov D, Makunin A, Kichigin I, … Trifonov V, … Schartl M. The sterlet sturgeon genome sequence and the mechanisms of segmental rediploidization. (doi: 10.1038/s41559-020-1166-x) Nat Ecol Evol 4: 841–852, 2020

  28. Martins C, Trifonov V, Houben A. Addressing long-standing questions with advanced approaches: The 4th B chromosome conference. (doi: 10.1159/000506695) Cytogenet Genome Res 160: 111-117, 2020

  29. Lisachov AP, Giovannotti M, Pereira JC, Andreyushkova DA, Romanenko SA, Ferguson-Smith MA, Borodin PM, Trifonov VA. Chromosome painting does not support a sex chromosome turnover in Lacerta agilis Linnaeus, 1758. (doi: 10.1159/000506321) Cytogenet Genome Res 160: 134-140, 2020

  30. Билтуева ЛС, Перельман ПЛ, Проскурякова АА, Лемская НА, Сердюкова НА, Графодатский АС. Хромосомы индийского мунтжака (Muntiacus muntjak). Возвращение. (doi: 10.31857/S0041377120050016) Цитология 62(5): 316–321, 2020

  31. Romanenko SA, Smorkatcheva AV, Kovalskaya YM, Prokopov DY, Lemskaya NA, Gladkikh OL, Polikarpov IA, Serdyukova NA, Trifonov VA, Molodtseva AS, O’Brien PCM, Golenishchev FN, Ferguson-Smith MA, Graphodatsky AS. Complex structure of Lasiopodomys mandarinus vinogradovi sex chromosomes, sex determination, and intraspecific autosomal polymorphism.(doi: 10.3390/genes11040374) Genes 11(4): 374, 2020

​Публикации за предыдущие годы

Финансирование: 

Программа фундаментальных научных исследований

0246-2021-0015 Изучение разнообразия геномов человека и животных. Графодатский АС

Гранты РФФИ

19-54-26017 Сравнительные и геномные аспекты кариотипической эволюции рептилий. Трифонов ВА

20-04-00213 (АААА-А20-120013190042-5) Палеогеномика плейстоценовой фауны Сибири. Воробьева НВ

Завершенные гранты

Материалы конференций: 

  1. Куслий МА, Тишкин АА, Воробьева НВ, Семибратов ВП, Кирюшин КЮ, Ковалев АА, Эрдэнэбаатар Д, Графодатский АС. Палеогенетические определения мастей и пола у лошадей из древних памятников Алтая. С. 323-328. В кн.: Материалы XI Международной научной конференции "Древние культуры Монголии, Южной Сибири и Северного Китая" (doi: 10.31600/978-5-907298-19-4.323-328). Абакан, 2021

  2. Popov A, Evdokimov A, Ryabchikova E, Koval O, Romanenko S, Trifonov V, Petruseva I, Lavrik I, Lavrik O. Regulated cell death in the naked mole rat. (doi: 10.1002/2211-5463.13205) FEBS Open Bio 11(Suppl. 1): 466 (P-08.4-13), 2021

  3. Totikov A, Tomarovsky A, Derezanin L, Dudchenko O, Lieberman-Aiden E, Koepfli K, Kliver S. Chromosome-level genome assemblies: expanded capabilities for conservation biology research. (doi: 10.3390/IECGE-07149) Proceedings 76(1): 10, 2021

  4. Румянцев АВ, Тишакова КВ. Получение и характеристика хромосомспецифичных зондов йеменского хамелеона (Chamaeleo calyptratus). Сборник тезисов VII Международной конференции молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов. Новосибирск, 2020. с. 544-545. ISBN 978-5-4437-1114-0

  5. Tishakova K, Prokopov D, Kichigin I, Molodtseva A, Kratochvil L, Lisachov A, Trifonov V. Analysis of sequenced chromosome-specific libraries of gekkonids sheds light to large scale genome reshuffling in reptiles. The Twelfth International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS/SB-2020). Abstracts book. (doi: 10.18699/BGRS/SB-2020-164) Novosibirsk, 2020, p. 260

  6. Popov A, Evdokimov A, Petruseva I, Romanenko S, Trifonov V, Koval O, Lavrik I, Ryabchikova E, Lavrik O. Regulated cell death in Hetherocephalus glaber. The Twelfth International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS/SB-2020). Abstracts book. (doi: 10.18699/BGRS/SB-2020-365) Novosibirsk, 2020, p. 597

  7. Davletshina G, Kliver S, Prokopov D, Interesova E, Trifonov V. Application of ITS1 and ITS2 for population genetic studies of sturgeons (Acipenseridae). The Twelfth International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS/SB-2020). Abstracts book. (doi: 10.18699/BGRS/SB-2020-133) Novosibirsk, 2020, p. 209

  8. Fofanov M, Sheglova T, Trifonov V, Schartl M. Bioinformatic methods applied to the analysis of the genes retained after the whole genome duplication events in the sterlet genome (Acipenser ruthenus). (doi: 10.1109/CSGB51356.2020.9214587) Proceedings - 2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics, pp 53-56

  9. Воробьева НВ, Куслий МА, Дружкова АС, Макунин АИ, Попова КО, Трифонов ВА, Графодатский АС, Васильев СК, Полосьмак НВ, Молодин ВИ. Филогеография древних лошадей из курганов плато Укок. C. 232-235. В кн.: Экология древних и традиционных обществ. Материалы VI Международной научной конференции (ISBN 978-5-89181-072-3) (doi: 10.20874/978-5-89181-072-3). Тюмень: Изд-во ТюмНЦ СО РАН, 2020. Вып 6. 438 с. 

  10. Куслий МА, Хан Н, Тишкин АА, Кирюши КЮ, Фаж А, Воробьева НВ, Графодатский АС, Орландо Л. Предварительные результаты молекулярно-генетического анализа остеологических материалов от древних лошадей из поселений Новоильинеп-III и VI (Кулундинская степь). Труды VI (XXII) Всероссийского археологического съезда в Самаре. В 3-х томах. Том. III. с. 253-255. Самара, 2020, ISBN: 978-5-8428-1171-7

​Материалы конференций за предыдущие годы

Доклады: 

  1. Trifonov VA. Лекция “Evolution of Sex determination”. Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil, 26 July 2019

  2. Trifonov V. Origin and evolution of mammalian B chromosomes. 4th B Chromosome Conference. 20-23 July 2019, Botucatu, Brazil

  3. Трифонов ВА. Параллелизм и конвергенция в эволюции половых хромосом позвоночных. VII съезд ВОГиС, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, 18-22 июня 2019, Санкт-Петербург

  4. Trifonov VA. Polyploidy and genome evolution of ray-finned fishes. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  5. Kichigin IG. Studying anolis and gekkota sex chromosomes by isolated chromosome sequencing. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  6. Trifonov V. Evolutionary sex chromosome translocations in amniotes. 23rd International Colloquium on Animal Cytogenetics and Genomics, June 9-12, 2018, Saint-Petersburg, Russia

  7. Трифонов ВА. Курс лекций "Фундаментальные и прикладные аспекты сравнительной геномики". Красноярский государственный медицинский университет им. проф. ВФ Войно-Ясенецкого Минздрава России, май 2018

  8. Побединцева МА. Генетическое разнообразие древней и современной стерляди (Acipenser ruthenus) в бассейне Волги. XXV Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых "Ломоносов", 9-13 апреля 2018, Москва

  9. Трифонов ВА. Эволюционная пластичность геномов. Научная школа по молекулярной и клеточной биологии. 5-6 октября 2017, Новосибирск

  10. Trivonof V. Whole genome duplications in vertebrate evolution. 11th European Cytogenetics Conference, 1-4 July 2017, Florence, Italy

  11. Трифонов В. Секвенирование и анализ генома и транскриптома стерляди (Acipenser ruthenus). II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике", 18-23 июня 2017, Новосибирск

  12. Андреюшкова Д. Анализ микродиссекционных библиотек хромосом стерляди (Acipenser ruthenus) с использованием данных высокопроизводительного секвенирования. II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике", 18-23 июня 2017, Новосибирск

  13. Побединцева М. Молекулярная филогения гаплогрупп стерляди Acipenser ruthenus и сибирского осетра A. baerii, основанная на анализе полных митохондриальных геномов. II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике", 18-23 июня 2017, Новосибирск

Доклады за предыдущие годы

Международное сотрудничество: 

  • Cambridge Resource Centre for Comparative Genomics, University of Cambridge, UK
    Эволюция кариотипов и половых хромосом рептилий

  • National Cancer Institute at Frederick, MD, USA
    Сравнительная геномика млекопитающих

  • Cornell University, Ithaca, NY, USA
    Сравнительная геномика

  • University of North Carolina at Chapel Hill, NC, USA
    Сравнительная геномика

  • Institut für Humangenetik, Jena, Germany
    Сравнительная геномика

  • Julius-Maximilians-Universität Würzburg, Germany
    Организация геномов и эволюция осетровых

  • Muséum national d'histoire naturelle, Paris, France
    Сравнительная геномика

  • Università degli Studi di Firenze, Florence, Italy
    Сравнительная геномика

  • Università Politécnica delle Marche, Ancona, Italy
    Исследование половых хромосом

  • Kunming Institute of Zoology, China
    Сравнительная геномика

  • Zhejiang Ocean University, China
    Исследование половых хромосом

  • Universidade de São Paulo, Câmpus de Rio Claro, Brasil
    Цитогенетика неотропических рыб

  • Universidade Estadual Paulista, São Paulo, Brazil
    Сравнительная геномика

  • Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brasil
    Исследование неоцентромер

  • Institute for Biological Research "Siniša Stanković", Belgrade, Serbia
    Исследование добавочных хромосом

  • Univerzita Karlova, Praha, Czech Republick
    Сравнительная геномика

Награды: 

Звание “Лучший аспирант РАН”

Дементьева ПВ (2011)

Медаль и премия Европейской академии (Academia Europaea) для молодых ученых

Трифонов ВА (2008)

Премия СО РАН для молодых ученых им. ДК Беляева

Трифонов ВА (2007)

Премия РАН для молодых ученых им. ВЕ Соколова

Трифонов ВА (2005)

Памятный знак "За труд на благо города"

Воробьева НВ (2013, 2018)

Отдел регуляции генетических процессов