Отдел разнообразия и эволюции геномов

Лаборатория сравнительной геномики

Трифонов Владимир Александрович
Ведущий научный сотрудник
Заведующий лабораторией
тел: 363-90-62

Сотрудники: 
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Трифонов Владимир Александрович внс / зав. лаб. кбн vladatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Воробьева Надежда Валентиновна снс кбн vornatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Билтуева Лариса Семеновна снс кбн bilaratmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg   Кливер Сергей Федорович нс    
  scopus_logo.jpg     Побединцева Мария Алексеевна ст. лаб.-иссл.   mapobatmcb [dot] nsc [dot] ru
        Попова Ксения Олеговна ст. лаб.   popova [dot] kseniaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Андреюшкова Дарья Александровна мнс  совм.   adaatmcb [dot] nsc [dot] ru

Бывшие сотрудники:

Дементьева Полина Владимировна, кбн
Кичигин Илья Геннадьевич
Сарачаков Александр Евгеньевич

Направления исследований: 
  • Структура добавочных хромосом
  • Хромосомные системы определения пола

 

ПОПУЛЯРНОЕ ИЗЛОЖЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ ИССЛЕДОВАНИЙ И ПУБЛИЧНЫЕ ЛЕКЦИИ:

Эволюционируешь? Удваивайся!
Половые хромосомы ящериц
Как и когда курицы попали на север Европы
Секвенирование ДНК вымершей лошади
Определение пола: хромосомы от X до Z
Скрестить хомяка с уткой не получится
Геномный зоопарк
Исследование осетровых рыб
Рыба мечты… осётр!
Любой вид животных - совокупность решения разных биохимических проблем

you_tube.jpg Полногеномные дупликации и эволюция позвоночных. Публичная лекция кбн ВА Трифонова
you_tube.jpg Мифы и факты об осетровых рыбах. Публичная лекция МА Побединцевой

Публикации: 

  1. Lisachov AP, Galkina SA, Saifitdinova AF, Romanenko SA, Andreyushkova DA, Trifonov VA, Borodin PM. Identification of sex chromosomes in Eremias velox (Lacertidae, Reptilia) using lampbrush chromosome analysis. (doi: 10.3897/CompCytogen.v13i2.34116) Comp Cytogenet 13(2): 17-28, 2019

  2. Bulatova NS, Biltueva LS, Pavlova SV, Zhdanova NS, Zima J. Chromosomal differentiation in the common shrew and related species. Shrews, Chromosomes and Speciation (eds. Searle J, Polly P, Zima J), 476 p,  Cambridge University Press, Cambridge, UK, 2019, pp. 134-185 (doi: 10.1017/9780511895531.006)

  3. Houben A, Jones N, Martins C, Trifonov V. Evolution, composition and regulation of supernumerary B chromosomes. (doi: 10.3390/genes10020161) Genes 10(2): 161, 2019

  4. Barby FF, Bertollo LAC, Oliveira EA, Yano CF, Hatanaka T, Rab P, Sember A, Ezaz T, Artoni RF, Liehr T, Al-Rikabi AB, Trifonov VA, Oliveira EHC, Molina WF, Jegede OI, Tanomtong A, Cioffi MB. Emerging patterns of genome organization in Notopteridae species (Teleostei, Osteoglossiformes) as revealed by Zoo-FISH and Comparative Genomic Hybridization (CGH). (doi: 10.1038/s41598-019-38617-4) Sci Reports 9: 1112, 2019

  5. Kichigin IG, Lisachov AP, Giovannotti M, Makunin AI, Kabilov MR, O’Brien PCM, Ferguson-Smith MF, Graphodatsky AS, Trifonov VA. First report on B chromosome content in a reptilian species: the case of Anolis carolinensis. (doi: 10.1007/s00438-018-1483-9) Mol Genet Genomics 294(1): 13-21, 2019 

  6. Pobedintseva MA, Makunin AI, Kichigin IG, Kulemzina AI, Serdyukova NA, Romanenko SA, Vorobieva NV, Interesova EA, Korentovich MA, Zaytsev VF, Mischenko AV, Zadelenov VA, Yurchenko AA, Sherbakov DYu, Graphodatsky AS, Trifonov VA. Population genetic structure and phylogeography of sterlet (Acipenser ruthenus, Acipenseridae) in the Ob and Yenisei river basins. (doi: 10.1080/24701394.2018.1467409) Mitochondrial DNA Part A 30(1): 156-164, 2019

  7. Lemskaya NA, Kulemzina AI, Beklemisheva VR,  Biltueva LS, Proskuryakova AA,  Hallenbeck JM, Perelman PP, Graphodatsky AS. A combined banding method that allows the reliable identification of chromosomes as well as differentiation of AT- and GC-rich heterochromatin.  (doi: 10.1007/s10577-018-9589-9) Chromosome Res 26(4): 307-315, 2018

  8. Romanenko S, Serdyukova N, Perelman P, Trifonov V, Golenishchev F, Bulatova N, Stanyon R, Graphodatsky A. Multiple intrasyntenic rearrangements and rapid speciation in voles. (doi: 10.1038/s41598-018-33300-6) Sci Reports 8: 14980, 2018

  9. Komissarov A, Vij S, Yurchenko A, Trifonov V, Thevasagayam N, Saju J, Sridatta PSR, Purushothaman K, Graphodatsky A, Orbán L, Kuznetsova I. B chromosomes of the Asian seabass (Lates calcarifer) contribute to genome variations at the level of individuals and populations. (doi: 10.3390/genes9100464) Genes 9(10): 464, 2018

  10. Pavlova SV, Biltueva LS, Romanenko SA, Lemskaya NA, Shchinov AV, Abramov AV, Rozhnov VV. First cytogenetic analysis of lesser gymnures (Mammalia, Galericidae, Hylomys) from Vietnam. (doi: 10.3897/CompCytogen.v12i3.27207) Comp Cytogenet 12(3): 361-372, 2018

  11. Makunin AI, Romanenko SA, Beklemisheva VR, Perelman PL, Druzhkova AS, Petrova KO, Prokopov DY, Chernyaeva EN, Johnson JL, Kukekova AV, Yang F, Ferguson-Smith MA, Graphodatsky AS, Trifonov VA. Sequencing of supernumerary chromosomes of red fox and raccoon dog confirms a non-random gene acquisition by B chromosomes. (doi: 10.3390/genes9080405) Genes 9(8): 405, 2018

  12. Makunin AI, Rajičić M, Karamysheva TV, Romanenko SA, Druzhkova AS, Blagojević J, Vujošević M, Rubtsov NB, Graphodatsky AS, Trifonov VA. Low-pass single-chromosome sequencing of human small supernumerary marker chromosomes (sSMCs) and Apodemus B chromosomes. (doi: 10.1007/s00412-018-0662-0) Chromosoma 127(3): 301–311, 2018

  13. Evdokimov A, Kutuzov M, Petruseva I, Lukjanchikova N, Kashina E, Kolova E, Zemerova T, Romanenko S, Perelman P, Prokopov D, Seluanov A, Gorbunova V, Graphodatsky A, Trifonov V, Khodyreva S, Lavrik O. Naked mole rat cells display more efficient excision repair than mouse cells. (doi: 10.18632/aging.101482) Aging (Albany NY) 10: 1454-1473, 2018

  14. Guselnikov SV, Baranov KO, Najakshin AM, Mechetina LV, Chikaev NA, Makunin AI, Kulemzin SV, Andreyushkova DA, Stöck M, Wuertz S, Gessner J, Warren WC, Schartl M,  Trifonov VA, Taranin AV. Diversity of immunoglobulin light chain genes in non-teleost ray-finned fish uncovers IgL subdivision into five ancient isotypes. (doi: 10.3389/fimmu.2018.01079) Front Immunol 9: 1079, 2018

  15. Sangpakdee W, Tanomtong A, Chaveerach A, Pinthong K, Trifonov V, Loth K, Hensel C, Liehr T, Weise A, Fan X. Molecular cytogenetic analysis of one african and five asian macaque species reveals identical karyotypes as in mandrill. (doi: 10.2174/1389202918666170721115047) Curr Genomics 19(3): 207-215, 2018

  16. de Oliveira EA, Sember A, Bertollo LAC, Yano CF, Ezaz T, Moreira-Filho O, Hatanaka T, Trifonov V, Liehr T, Al-Rikabi ABH, Ráb P, Pains H, de Bello Cioffi M. Tracking the evolutionary pathway of sex chromosomes among fishes: characterizing the unique XX/XY1Y2 system in Hoplias malabaricus (Teleostei, Characiformes). (doi: 10.1007/s00412-017-0648-3) Chromosoma 127(1): 115-128, 2018

​Публикации за предыдущие годы

Финансирование: 

Программа фундаментальных научных исследований

0310-2019-0002 Изучение разнообразия геномов человека и животных. Графодатский АС

Гранты РНФ

18-44-04007 Полиплоидная организация геномов и эволюция осетровых (Acipenseridae). Трифонов ВА

Завершенные гранты

Материалы конференций: 

  1. Guselnikov S, Baranov K, Chikaev N, Najakshin A, Kulemzin S, Makunin A, Trifonov V, Taranin A. Mining of non-teleost fish transcriptomes and genomes uncovers the evolutionary history of Immunoglobulin light chains. Proceedings of the Eleventh international conference "Bioinformatics of genome regulation and structure\systems biology" (BGRS\SB-2018), Novosibirsk, 2018, p. 44

  2. Попова КО. Изучение древней ДНК ископаемых представителей рода Alces. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 160

  3. Побединцева МА, Макунин АИ, Кичигин ИГ, Кулемзина АИ, Сердюкова НА, Романенко СА, Воробьева НВ, Интересова ЕА, Корентович МА, Зайцев ВФ, Мищенко АВ, Заделенов ВА, Юрченко АА, Щербаков ДЮ, Графодатский АС, Трифонов ВА. Популяционная генетика осетровых Сибири. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 156-157

  4. Андреюшкова ДА, Макунин АИ, Романенко СА, Билтуева ЛС, Беклемишева ВР, Дружкова АС, Гусельников СВ, Сердюкова НА, Графодатский АС, Трифонов ВА. Выявление паралогичных районов в геноме стерляди (Acipenser ruthenus). Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 93

  5. Trifonov VA, Andreyushkova DA, Romanenko SA, Pobedintseva MA, Prokopov DYu, Biltueva LS, Beklemisheva VR, Druzhkova AS, Makunin AI, Graphodatsky AS. Polyploidy and genome evolution of ray-finned fishes. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 81

  6. Kichigin IG, Makunin AI, Graphodatsky AS, Trifonov VA. Studying iguanid and gekkonid sex chromosomes by isolated chromosome sequencing. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 33

  7. Druzhkova AS, Makunin AI, Kichigin IG, Vorobieva NV, Vasiliev SK, Shunkov MV, Tishkin AA, Grushin SP, Anijalg P, Tammeleht E, Keis M, Boeskorov G, Mamaev N, Ochlopkov I, Kryukov A, Lyapunova E, Kholodova M, Salomashkina V, Seryodkin I, Saarma U, Trifonov VA, Graphodatsky AS. The phylogeographical history of the brown bear (Ursus arctos Linnaeus) in Northeast Eurasia. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 18-19

  8. Bernegossi AM, Silva DMZA, Tomazella IM, Trifonov VA, Romanenko SA, Serdukova NA, Duarte JMB. Generation of translocated chromosome probes of the Mazama gouazoubira species by microdissection. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 8-9

  9. Prokopov DY, Makunin AI, Biltueva LS, Komissarov AS, Sarachakov AE, Graphodatsky AS, Trifonov VA. Identification and annotation of repetitive DNA in the genome of sterlet (Acipenser ruthenus). Bioinformatics: from algorithms to applications (16-19 July 2018, St Petersburg). Conference proceedings. p. 44-45

  10. Побединцева МА. Генетическое разнообразие древней и современной стерляди (Acipenser ruthenus) в бассейне Волги. Материалы Международного молодежного научного форума "Ломоносов-2018". М.: МАКС Пресс, 2018. ISBN 978-5-317-05800-5

  11. Trifonov VA, Lisachov AP, Kichigin IG, Makunin AI, Pereira JC, Druzhkova AS, Ferguson-Smith MA, Giovannotti M. Evolutionary sex chromosome translocations in amniotes. (doi: 10.3897/CompCytogen.v12i3.27748) Comp Cytogenet 12(3): 304-305, 2018

​Материалы конференций за предыдущие годы

Доклады: 

  1. Trifonov VA. Polyploidy and genome evolution of ray-finned fishes. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  2. Kichigin IG. Studying anolis and gekkota sex chromosomes by isolated chromosome sequencing. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  3. Trifonov V. Evolutionary sex chromosome translocations in amniotes. 23rd International Colloquium on Animal Cytogenetics and Genomics, June 9-12, 2018, Saint-Petersburg, Russia

  4. Трифонов ВА. Курс лекций "Фундаментальные и прикладные аспекты сравнительной геномики". Красноярский государственный медицинский университет им. проф. ВФ Войно-Ясенецкого Минздрава России, май 2018

  5. Побединцева МА. Генетическое разнообразие древней и современной стерляди (Acipenser ruthenus) в бассейне Волги. XXV Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых "Ломоносов", 9-13 апреля 2018, Москва

  6. Trivonof V. Whole genome duplications in vertebrate evolution. 11th European Cytogenetics Conference, 1-4 July 2017, Florence, Italy

  7. Трифонов В. Секвенирование и анализ генома и транскриптома стерляди (Acipenser ruthenus). II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике", 18-23 июня 2017, Новосибирск

  8. Андреюшкова Д. Анализ микродиссекционных библиотек хромосом стерляди (Acipenser ruthenus) с использованием данных высокопроизводительного секвенирования. II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике", 18-23 июня 2017, Новосибирск

  9. Побединцева М. Молекулярная филогения гаплогрупп стерляди Acipenser ruthenus и сибирского осетра A. baerii, основанная на анализе полных митохондриальных геномов. II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике", 18-23 июня 2017, Новосибирск

  10. Трифонов ВА. Сравнительная геномика осетровых: эволюционный и прикладной аспекты. Международная конференция "Водные экосистемы Сибири и перспективы их использования", 22-24 ноября 2016, Томск

  11. Побединцева МА. Генетическое разнообразие осетровых (Acipenseridae) в Обь- Иртышском бассейне. Международная конференция "Водные экосистемы Сибири и перспективы их использования", 22-24 ноября 2016, Томск

  12. Trifonov V. Evolutionary plasticity of sturgeon genomes. 21st International Chromosome Conference. 10-13 July 2016, Foz do Iguaçu, Brazil

Доклады за предыдущие годы

Международное сотрудничество: 

  • Cambridge Resource Centre for Comparative Genomics, University of Cambridge, UK
    Эволюция кариотипов и половых хромосом рептилий

  • National Cancer Institute at Frederick, MD, USA
    Сравнительная геномика млекопитающих

  • Cornell University, Ithaca, NY, USA
    Сравнительная геномика

  • University of North Carolina at Chapel Hill, NC, USA
    Сравнительная геномика

  • Institut für Humangenetik, Jena, Germany
    Сравнительная геномика

  • Muséum national d'histoire naturelle, Paris, France
    Сравнительная геномика

  • Università degli Studi di Firenze, Florence, Italy
    Сравнительная геномика

  • Università Politécnica delle Marche, Ancona, Italy
    Исследование половых хромосом

  • Kunming Institute of Zoology, China
    Сравнительная геномика

  • Zhejiang Ocean University, China
    Исследование половых хромосом

  • Universidade de São Paulo, Câmpus de Rio Claro, Brasil
    Цитогенетика неотропических рыб

  • Julius-Maximilians-Universität Würzburg, Germany
    Организация геномов и эволюция осетровых

  • Institute for Biological Research "Siniša Stanković", Belgrade, Serbia
    Исследование добавочных хромосом

  • Universidade Estadual Paulista, São Paulo, Brazil
    Сравнительная геномика

Награды: 

Звание “Лучший аспирант РАН”

Дементьева ПВ (2011)

Медаль и премия Европейской академии (Academia Europaea) для молодых ученых

Трифонов ВА (2008)

Премия СО РАН для молодых ученых им. ДК Беляева

Трифонов ВА (2007)

Премия РАН для молодых ученых им. ВЕ Соколова

Трифонов ВА (2005)

Отдел регуляции генетических процессов