Лаборатория структурной, функциональной и сравнительной геномики

Лаборатория структурной, функциональной и сравнительной геномики создана 21 апреля 2014 года для реализации проекта по созданию совместных лабораторий НГУ - ННЦ СО РАН

Жимулев Игорь Федорович
Заведующий лабораторией

Curriculum vitae

Состав лаборатории: 

        ФИО Ученая степень Контакты
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Жимулев Игорь Федорович дбн zhimulevatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Графодатский Александр Сергеевич дбн grafatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Таранин Александр Владимирович дбн taraninatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Трифонов Владимир Александрович кбн vladatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Горчаков Андрей Александрович кбн gorchakovatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Романенко Светлана Анатольевна кбн rosaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Перельман Полина Львовна кбн  
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Коряков Дмитрий Евгеньевич кбн koryakovatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Шлома Виктор Владимирович кбн shlomaatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Пиндюрин Алексей Валерьевич кбн a [dot] pindyurinatmcb [dot] nsc [dot] ru
thomson_logo.gif scopus_logo.jpg eLIBRARY_logo.png Белякин Степан Николаевич кбн belyakinatmcb [dot] nsc [dot] ru
Направления исследований: 

Одной из наиболее актуальных и динамически развивающихся областей биологии в последние годы стало направление сравнительного изучения геномов и хромосом. Это направление может получить дальнейшее развитие за счет создания в НГУ Лаборатории структурной, функциональной и сравнительной геномики на базе сотрудничества с лабораториями ИМКБ СО РАН. В Лаборатории будут проведены работы по следующим направлениям:

  • структурно-функциональная организация хромосом
  • кластерная организация генов
  • молекулярная организация гетерохроматина животных и растений
  • разработка системы для внесения направленных модификаций в геном
  • организация и эволюция хромосом и геномов позвоночных
  • палеогеномика
  • структура добавочных хромосом
  • хромосомные системы определения пола
  • функциональный и эволюционный анализ геномной компоненты иммунной системы

В рамках проекта были выпущены следующие статьи:

2018

  1. Kulemzin SV, Gorchakov AA, Chikaev AN, Kuznetsova VV, Volkova OY, Matvienko DA, Petukhov AV, Zaritskey AY, Taranin AV. VEGFR2-specific FnCAR effectively redirects the cytotoxic activity of T cells and YT NK cells. Oncotarget 9(10): 9021-9029, 2018
    (IF = 5.168)

  2. Makunin AI, Rajičić M, Karamysheva TV, Romanenko SA, Druzhkova AS, Blagojević J, Vujošević M, Rubtsov NB, Graphodatsky AS, Trifonov VA. Low-pass single-chromosome sequencing of human small supernumerary marker chromosomes (sSMCs) and Apodemus B chromosomes. Chromosoma, 2018, doi: 10.1007/s00412-018-0662-0
    (IF = 4.414)

  3. Perelman PL, Pichler R, Gaggl A, Larkin DM, Raudsepp T, Alshanbari F, Holl HM, Brooks SA, Burger PA, Periasamy K. Construction of two whole genome radiation hybrid panels for dromedary (Camelus dromedarius): 5000RAD and 15000RAD. (doi: 10.1038/s41598-018-20223-5) Sci Reports 8: 1982, 2018
    (IF = 4.259)

2017

  1. Ilyin AA, Ryazansky SS, Doronin SA, Olenkina OM, Mikhaleva EA, Yakushev EY, Abramov YA, Belyakin SN, Ivankin AV, Pindyurin AV, Gvozdev VA, Klenov MS, Shevelyov YY. Piwi interacts with chromatin at nuclear pores and promiscuously binds nuclear transcripts in Drosophila ovarian somatic cells. Nucleic Acids Res 45(13): 7666-7680, 2017
    (IF = 10.162)

  2. Andreyeva EN, Bernardo TJ, Kolesnikova TD, Lu X, Yarinich LA, Bartholdy BA, Guo X, Posukh OV, Healton S, Willcockson MA, Pindyurin AV, Zhimulev IF, Skoultchi AI, Fyodorov DV. Regulatory functions and chromatin loading dynamics of linker histone H1 during endoreplication in DrosophilaGenes Dev 31: 603-616, 2017
    (IF = 9.413)

  3. Posukh OV, Maksimov DA, Laktionov PP, Koryakov DE, Belyakin SN. Functional dissection of Drosophila melanogaster SUUR protein influence on H3K27me3 profile. Epigenetics Chromatin 10: 56, 2017
    (IF = 5.189)

  4. Giovannotti M, Trifonov VA, Paoletti A, Kichigin IG, O’Brien PCM, Kasai F, Giovagnoli G, Ng BL, Ruggeri P, Nisi Cerioni P, Splendiani A, Pereira JC, Olmo E, Rens W, Caputo Barucchi V, Ferguson-Smith MA. New insights into sex chromosome evolution in anole lizards (Reptilia, Dactyloidae). Chromosoma 126(2): 245–260, 2017
    (IF = 4.414)

  5. Maksimov DA, Laktionov PP, Posukh OV, Belyakin SN, Koryakov DE. Genome-wide analysis of SU(VAR)3-9 distribution in chromosomes of Drosophila melanogaster. Chromosoma, 2017, doi: 10.1007/s00412-017-0647-4
    (IF = 4.414)

  6. Romanenko SA, Serdyukova NA, Perelman PL, Pavlova SV, Bulatova NS, Golenishchev FN, Stanyon R, Graphodatsky AS. Intrachromosomal rearrangements in rodents from the perspective of comparative region-specific painting. Genes 8(9): 215, 2017
    (IF = 3.600)

  7. Proskuryakova AA, Kulemzina AI, Perelman PL, Makunin AI, Larkin DM, Farré M, Kukekova AV, Johnson JL, Lemskaya NA, Beklemisheva VR, Roelke-Parker ME, Bellizzi J, Ryder OA, O’Brien SJ, Graphodatsky AS. X chromosome evolution in Cetartiodactyla. Genes 8(9): 216, 2017
    (IF = 3.600)

  8. Andreyushkova DA, Makunin AI, Beklemisheva VR, Romanenko SA, Druzhkova AS, Biltueva LB, Serdyukova NA, Graphodatsky AS, Trifonov VA. Next generation sequencing of chromosome-specific libraries sheds light on genome evolution in paleotetraploid sterlet (Acipenser ruthenus). Genes 8(11): 318, 2017
    (IF = 3.600)

  9. Moskalev AА, Kudryavtseva AV, Graphodatsky AS, Beklemisheva VR, Serdyukova NA, Krutovsky KV, Sharov VV, Kulakovskiy IV, Lando AS, Kasianov AS, Kuzmin DA, Putintseva YuA, Feranchuk SI, Shaposhnikov MV, Fraifeld VE, Toren D, Snezhkina AV, Sitnik VV. De novo assembling and primary analysis of genome and transcriptome of gray whale Eschrichtius robustusBMC Evol Biol 17(Suppl 2): 258, 2017
    (IF = 3.221)

  10. Boldyreva LV, Goncharov FP, Demakova OV, Zykova TYu, Levitsky VG, Kolesnikov NN, Pindyurin AV, Semeshin VF, Zhimulev IF. Protein and genetic composition of four chromatin types in Drosophila melanogaster cell lines. Curr Genomics, 18(2): 214-226, 2017
    (IF = 1.835)

  11. Zykova TYu, Levitsky VG, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Polytene chromosomes – a portrait of functional organization of the Drosophila genome. Curr Genomics 19, 2018, doi: 10.2174/1389202918666171016123830
    (IF = 1.835)

  12. Dymova MA, Zadorozhny AV, Mishukova OV, Khrapov EA, Druzhkova AS, Trifonov VA, Kichigin IG, Tishkin AA, Grushin SP, Filipenko ML. Mitochondrial DNA analysis of ancient sheep from Altai. Anim Genet 48(5): 615-618, 2017
    (IF=1.815)

  13. Кулемзин СВ, Кузнецова ВВ, Мамонкин М, Таранин АВ, Горчаков АА. Основы дизайна химерных антигенных рецепторов. Acta Naturae 9(1): 6-15, 2017
    (IF = 1.667)

  14. Trifonov VA, Makunin AI, Romanenko SA, Biltueva LS, Beklemisheva VR, Pobedintseva MA, Prokopov DYu, Andreyushkova DA, Graphodatsky AS. Whole genome duplications in vertebrate evolution. Mol Cytogenet 10(Suppl 1): 20(L17), 2017
    (IF = 1.455)

  15. Telepova AS, Romanenko SA, Lemskaya NA, Maksimova YuV, Shorina AR, Yudkin DV. X-derived marker chromosome in patient with mosaic Turner syndrome and Dandy-Walker syndrome: a case report. Mol Cytogenet 10: 43, 2017
    (IF = 1.455)

  16. Biltueva LS, Prokopov DY, Makunin AI, Komissarov AS, Kudryavtseva AV, Lemskaya NA, Vorobieva NV, Serdyukova NA, Romanenko SA, Gladkikh OL, Graphodatsky AS, Trifonov VA. Genomic organization and physical mapping of tandemly arranged repetitive DNAs in sterlet (Acipenser ruthenus). Cytogenet Genome Res 152: 148-157, 2017
    (IF = 1.354)

  17. Lisachov AP, Trifonov VA, Giovannotti M, Ferguson-Smith MA, Borodin PM. Heteromorphism of “homomorphic” sex chromosomes in two Anole species (Squamata, Dactyloidae) revealed by synaptonemal complex analysis.  Cytogenet Genome Res  151: 89-95, 2017
    (IF = 1.354)

  18. Poplavskaya NS, Romanenko SA, Serdyukova NA, Trifonov VA, Yang F, Nie W, Wang J, Bannikova AA, Surov AV, Lebedev VS. Karyotype evolution and phylogenetic relationships of Cricetulus sokolovi Orlov et Malygin 1988 (Cricetidae, Rodentia) inferred from chromosomal painting and molecular data. Cytogenet Genome Res 152: 65-72, 2017
    (IF = 1.354)

  19. Lisachov AP, Trifonov VA, Giovannotti M, Ferguson-Smith MA, Borodin PM. Immunocytological analysis  of  meiotic  recombination  in  two  anole  lizards  (Squamata,  Dactyloidae).  Comp Cytogen 11(1): 129–141, 2017
    (IF = 1.151)

  20. Кулемзин СВ, Кузнецова ВВ, Мамонкин М, Таранин АВ, Горчаков АА. CAR T-клеточная терапия: баланс эффективности и безопасности. Молекулярная биология 51(2): 274–287, 2017
    (IF = 0.799)

  21. Кулемзин СВ, Чикаев НА, Волкова ОЮ, Кузнецова ВВ, Таранин АВ, Горчаков АА. Модульная система лентивирусных векторов для работы с химерными антигенными рецепторами. Биоорганическая химия 43(2): 124-132, 2017
    (IF = 0.690)
  22. Druzhkova AS, Makunin AI, Vorobieva NV, Vasiliev SK, Ovodov ND, Shunkov MV, Trifonov VA, Graphodatsky AS. Complete mitochondrial genome of an extinct Equus (Sussemionusovodovi specimen from Denisova cave (Altai, Russia). Mitochondrial DNA Part B 2(1): 79-81, 2017

  23. Гайнер ТА, Карамышева ТВ, Каримова ОГ, Корень ОЛ, Шлома ВВ, Шорина АР, Богомолов АГ, Рубцов НБ. Комплексная диагностика хромосомной патологии - деривата хромосомы 4 и малой сверхчисленной маркерной хромосомы. Медицинская генетика 16(12): 9-17, 2017

Статьи за 2014-2016